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在胃肠道内，结肠中的细菌浓度最高。结肠菌群主要通过产生短链脂肪酸（short-chain fatty acid, SCFA）发挥重要作用。进入胃肠道内的主要纤维发酵底物包括纤维素、半纤维素和果胶，这些底物通常无法被胰酶或肠酶消化。在结肠内产生的SCFA里，乙酸、丙酸和丁酸的量占到了85%以上，在犬和猫结肠中的浓度可高达150 mmol/L。SCFA能被结肠黏膜迅速吸收，容易被结肠上皮细胞代谢，具有各种生理作用，包括能促进结肠细胞的分化和增殖，促进结肠细胞吸收水和电解质，其能为动物提供的能量占动物总能量需求的10%～14%，并能影响或改变胃肠道的动力学 [16] 。