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笛卡尔的哲学引出许多难题，使后来几百年的哲学家忙于讨论。神与自然若是两个判然独立的实在，二者当然没有关系。神既不能印入他的观念于人心之中，人也无从知神是什么。且而神怎样能使物质运动，也难晓得了。笛卡尔有时想避免此种复杂难题，就分别神之实体及灵魂与身体之实体为两种东西，把神认为唯一的实体，其他的万事万物皆依赖于神，而为其原因之结果，为其创造品。笛卡尔有名无实的抛弃了他的思想系统中所固有的二元论，而为斯宾罗撒的泛神论辟了一个途径。他还于人神之间创立了一种二元论，因为他说人秉有自由意志，但依他的学说，不能解释这个大迷。还有人与自然，或精神与物体间之二元论。如精神与物体是完全不同的，二者之间如何能生关系呢？按照假定，二者之间不能有交互作用，然事实上实有交互作用。所以这个地方有二重的矛盾：灵魂与物体是独立的实体，然而是神所创造的，惟神是真正的实体。物体和灵魂是独立的实体，然而彼此能互相作用。再者，动物的身体是机械，为什么人类的身体又不是机械呢？
新的哲学目的在调和不可忽略的近世科学的机械论与由基督教而来之唯心论的神学和玄学。笛卡尔的困难几乎尽是由这种调和的工夫而起的。继他而起者的工夫，或是在指出这些困难，或是在找出逃避这些困难的途径。能够逃避二元论的方法有三种：（一）不认自然为独立的实在，主张绝对的唯心论（absolute idealism），如麦尔伯兰基（Malebranche）就是这一派；（二）不认精神为独立的实在，而采取唯物论，如霍布斯、拉美脱里（la Mettrie）及法国的唯物派；（三）认精神和物体为绝对的实体之表示，如斯宾罗撒就是这一派。如欲维持二元论，则须显然排斥交互作用，而承认平行论（Parallelism），也可能的。这些玄学问题之外，如知识之起源、性质以及方法诸问题，都需要注意。对这问题下工夫的，当以英国的经验论派与法国的感觉论派为最多。
笛卡尔的哲学曾在荷兰遭耶稣会（Jesuits）及克尔文派（Calvinists）之激烈的反对，并且德国与法国的诸大学也曾禁止过。然而荷兰的各新的大学中之神学派及法国耶教会中之演说家（the oratary of Jesus）深好之。他们这些人对于笛卡尔的玄学的问题，如精神与身体之关系之问题，尤爱好之。勒吉斯（Regis，1632—1707）、德拉福尔（De la Foge）、珂底摩依（Cordemoy）、克劳伯（Claubery）、柏克（Bekku）及格林克斯都是这种人。柏克并想以笛卡尔的哲学证明妖怪学（Demology）、巫术（Witchcraft）、幻术（Magic）以及别的迷信之不可能。克劳伯说灵魂不能使身体发生运动，然能指导这些运动，犹如御者之御马。《思想之技术》之著者Antoine Arnauld亦承认笛卡尔之哲学。
笛卡尔派多半反对交互作用说，而借助于神之意志以解释心身的关系。身体与精神有区别，意志不运动身体。外界发生了心身间的变动，乃是一种机会，是神使之而然。自然的变动也不能产生观念于我们的心中，那不过是神产生于我们心中的偶然之因。这种见解叫作机会论（Occasionalism）。这也就是平行论（Parallelism），以精神与物质两种作用不是因果的关系，乃是彼此平行的。这是批评因果概念之发端，到了休谟之怀疑论中，而达于极点。这种批评就是：精神的原因何以能产生物理的结果，物理的原因何以能产生精神的结果？
格林克斯（Geulincx）解释物质稍有不同。他说，我们不能作用于物理界，物理界亦不能作用于我们，这本来是实。然而我们的意志不是借神的特别行动创造运动之机会，运动也不是借神的特别行动创造观念之机会。神也未尝豫先立定身体及与心灵间之调和。我们的意志虽然是自由的，但神知道我们之意志之向往；全体宇宙都是根据神的知识安排的。“神依他的无限的智慧制定了运动之法则，而使独立于我们的意志及权力之外之运动，与我们的自由意志符合的。”格林克斯之知识论也与笛卡尔哲学不同：他说，我们不能知事物之真象；唯有神知道他们，我们只知道自己的自我。
他的著作：
Saturnalia，1653 ；Logica，1662 ；Ethica，1664，ff. Physica vera，1688 ；Metaphysica，1691 ；Edition of works by Land，3 vols. Monographs by Land，van der Haeghen，E. Pfleiderer，Crimm，Samtleben.
麦尔伯兰基（Nicolas Malebranche，1638—1715）由另一方面观察笛卡尔所提出来的问题。他是耶教会中的一个演说家。耶教会中盛行奥古斯丁的学说，而麦尔伯兰基又很嗜好笛卡尔的学说。他读了笛卡尔的《论人》（Traite de I,homme）之著作，遂使他专心致力于读笛卡尔的全部著作。他的目的在调和宗教与哲学——调和奥古斯丁与笛卡尔的学说。
麦尔伯兰基说，如果思想与运动是完全有别的，运动怎样能发生感觉，心理如何认识真的体积。这似乎是不能的事。心理的东西，唯心理认识之，因相同的东西唯相同的东西能认识之。我们所见的，不是真世界或真体积，乃是观念之世界，理智之世界，或理智的空间。观念是在神之心中，只有神具有精神的属性。实在的物体或创造的空间不能影响精神；除了精神的物体——观念之物体——不能影响精神。我们所见的万事万物都是观念，不是有体积的物象本身。照这样看来，麦尔伯兰基的学说乃是唯心论的泛神论（An ldealistic Pantheism），若他的学说到此为止，哲学史批评他为基督教的斯宾罗撒（Christian Spinoza），确有一部分的真理。然而他未曾主张只有一种普遍的实体，只有一种最高的理性（supreme reason），包含一切可能的事物观念。物质的世界是属于不可知之数（terra in cognita）；其存在与否，不得而知。物质的世界之观念，是我们心理之直接的对象，不是物质的本身。若不由自然的或超自然的启示，我们不能认识物质的本身之存在。如果神毁坏这个创造的世界并且依然继续的像现在影响我，我将继续的见着现在所见的东西；我将相信这个创造的世界存在，因为感触我的心理之世界并不是现在的世界。我们所以相信这种世界的，是因为启示告诉我们有这种世界。如果麦尔伯兰基反对这种不可知的世界，他的学说就是泛神论，但是唯心论的泛神论，并不是斯宾罗撒的泛神论。麦尔伯兰基对于因果问题的讨论，与后世休谟对于因果问题之批评相似。他说我们不能由内外的经验引出因果间必然关系，假定有此必然关系的是理性，必然的因果概念是包涵在普遍的实体之概念中。
巴斯噶（Blaise Pascal）是一个有天才的数学家、物理学家。他的神秘论渗合有一部分的怀疑论。他表同情于冉森会（The Jansenists of Port Royal）之旧教改革运动，而采用笛卡尔之二元论之机械论的自然观。他又承认空间、时间、运动、数目、物质等第一原理之确实性。他说事物之根底及目的，皆非人所能知；究竟的知识也不是我们所能得到的。人不能证实神之存在，也不能证实灵魂之不灭，哲学的论证也许可以使我们得到真理之神，然而永不能得到爱情之神。所以理性终于怀疑，一到我们寻味最深之时，便发生困难。然而在宗教的感情中，我们直接经验着神而认识和平：“心有其自己的理性，为理性所不知。”然而自然的事物——人类的本性与人类的社会——既然是罪恶的，其能救济我们的，只有神圣的思想、默示与教会的权力了。
波勒（Perre Poiret，1646—1719）采取柏麦（Jacob Bohme）的神秘主义。吓尔梦特（Francis Van Helmont，1618—1619）主张原子论（Monadology），为莱布尼兹（Leibniz）之先趋，受有柏拉图及旧犹太教的教训（cabalistic）的影响。
贝尔（Pierre Bayle，1647—1706，著作Dictionaire histoque et critique，1695 ；Systeme de la Philosophie，1737）采取笛卡尔的判然明了的知识之标准，以作他锐利的批评哲学上神学上的独断论之标准。他以精密的辨证法指出宗教中事实与理性之矛盾，而注意于理性和默示——科学与宗教之冲突。宗教只限于默示，而默示必须从理性；默示所根据的历史事实，必须加以批评的考查。然而宗教与玄学都不能影响人类的道德。
莱布尼兹与休谟都受有贝尔的影响，有一与哥特瑟德（Gottsched）齐名的人曾把他的《辞典》（Dictionary）译成德文。他的破坏的批评主义，对于十八世纪法国启蒙时代的哲学颇有影响。据近代某一个学者说，那时的哲学家所讲的学说，有许多是取自他的，不过未曾指明而已。一七一七年，腓特烈大王（Frederick the Great）给福尔特尔（Voltaire）一封信说：“贝尔首先发此论战，许多英国人闻风响应，你是应该来结束这个论战的。”