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十一届三中全会后，在进行工作重点转移的同时，平反冤假错案的工作也全面展开。
“文化大革命”的十年，造成了大量的冤假错案。据中共中央组织部当时的统计，全国脱产干部约1700万人，立案审查的竟占17%。其中，中央和国家机关副部级以上和地方副省级以上的高级干部，被立案审查的高达这类干部总数的75%。此外，军队系统也有8万多人受诬陷，1100多人被迫害致死；文化部所属单位有2600余人受诬陷；教育部所属单位在17个省、市有142万余人受到诬陷；中国科学院直属单位在17个省、市有5万多人受诬陷；等等。再加上被审查的基层干部、工人以及他们亲属中受波及者，都需要平反冤假错案，以求在政治上精神上得到解放。
“文化大革命”结束后，由于“两个凡是”方针的推行，平反冤假错案工作进展缓慢。据有关统计，到中共十一届三中全会召开前夕，辽宁省在“文化大革命”中和“文化大革命”前被错定为敌我矛盾的50多万人中，尚有80%没有得到纠正；广东省“文化大革命”以来被定为“反革命”的案件也只复查了24%。冤假错案给亿万人民造成的身心伤害，在党群关系、人与人关系上造成的严重后果，已成为危害安定团结、影响工作重点转移的重要因素。因此，十一届三中全会之后，党中央大大加快了平反冤假错案的步伐。
1979年1月，中央纪律检查委员会第一次全体会议强调提出，冤案、假案、错案一经发现，就要坚决纠正。一切不实之词，一切不正确的结论，一切错误的处理，不论是什么时候、什么情况下作出的，不论是哪一级组织、哪个领导人批准的，都要纠正过来。此后，平反冤假错案工作全面展开。
这一时期在各级党组织的努力下，不仅平反了“文化大革命”中的冤假错案，而且还纠正了一批“文化大革命”前乃至新中国成立前的冤假错案。
其一，为“文化大革命”中和“文化大革命”前受诬陷的党和国家及军队各部门的一些领导人平反。十一届三中全会刚一结束，1978年12月24日，党中央就为彭德怀和陶铸举行了隆重的追悼大会，为他们公开平反，恢复名誉。此后，又陆续为在“文化大革命”中遭受迫害的贺龙、乌兰夫、彭真、谭震林、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆、萧劲光、萧华、杨成武、余立金、傅崇碧等同志平反。还先后为在“文化大革命”前受到错误批判的谭政、习仲勋、黄克诚、邓子恢等同志平了反。一些蒙冤多年的党的早期领导人瞿秋白、张闻天、李立三等，也先后得到了平反昭雪，恢复了名誉。
1980年2月，中共十一届五中全会决定，为刘少奇平反，撤销中共八届十二中全会强加给刘少奇的一切罪名和所作出的错误决议，恢复刘少奇作为伟大的马克思主义者和无产阶级革命家、党和国家主要领导人之一的名誉，纠正了这一“文化大革命”中最大的冤案。
从1979年到1982年，被平反的党和国家各部门负责人还有周扬、夏衍、田汉、阳翰笙、周小舟、张琴秋、邓拓、廖沫沙、徐冰、张经武、吴溉之、邹大鹏、伍云甫、章汉夫、赖若愚、董昕、冯雪峰、马明方、王维舟、贾拓夫、张子意、安子文、陈昌浩、李德生、杨献珍等。
1980年9月19日，中共中央发出通知，对“文化大革命”中在中央、地方以及军队的报刊、文电上被错误点名批判的同志，一律平反，强加给他们的诬蔑不实之词统统予以推倒。
其二，为“文化大革命”中受到错误批判或遭受诬陷的中央一些部门平反。主要有撤销曾对中共中央对外联络部所作的实行“三和一少、三降一灭”
的错误结论；为所谓“中宣部阎王殿”彻底平反；为全国统战、民族、宗教工作部门摘掉“执行投降主义路线”的帽子；为把原文化部说成是“帝王将相部、才子佳人部、外国死人部”的错案彻底平反；为解放军总政治部被诬为“阎王殿”的冤案彻底平反，撤销了1966年2月的《部队文艺工作座谈会纪要》；推翻了教育战线被强加的所谓“执行了修正主义路线”的结论，撤销了1971年的《全国教育工作会议纪要》；等等。
其三，对“文化大革命”中全国各地发生的影响较大的冤假错案进行复查平反。继为“天安门事件”平反之后，中央和部分地方党委又先后为武汉“七二〇事件”、宁夏青铜峡“反革命暴乱事件”、云南“沙甸事件”、北京的“三家村”冤案、内蒙古的“新内人党”冤案、“内蒙古二月逆流”冤案等进行了复查平反。
其四，对在“文化大革命”中被错判的反革命案件、刑事案件进行复查平反或改判。据不完全统计，在“文化大革命”十年中，以反革命罪判处死刑的有10402人，加上其他案件，共判处死刑23921人。在这些死刑案中，凡属于冤假错案的，都实事求是地予以纠正、平反。一批在“文化大革命”中因同林彪、“四人帮”进行英勇斗争而遭杀害的优秀共产党员如张志新、史云峰等人，相继被平反昭雪，并得到党和人民的应有评价。
其五，为在历次政治运动特别是“文化大革命”中受到打击、诬陷和迫害的党外人士平反。从1979年到1982年，陆续被平反的著名党外人士有马寅初、曾昭抡、费孝通、黄药眠、陶大镛、钱伟长、吴景超等人。还为在“文化大革命”中因受迫害而逝世的一批著名民主人士举行了追悼会。在此期间，根据中共中央的决定，还平反了国民党起义投诚人员中的冤假错案，共为45.4万名国民党起义投诚人员落实了政策。
其六，根据“实事求是、有错必纠”的方针，中共中央对“文化大革命”以前的冤假错案也进行了清理和纠正。如为1955年的“胡风反革命集团”
一案平反，为1958年青海省平叛斗争扩大化而受株连的人平反，为全总党组第三次扩大会议被错误处理的同志平反，为“华北山头主义”一案平反，为潘汉年一案平反，等等。在基本解决了新中国成立以来的冤假错案的平反工作后，又集中精力继续对20世纪30年代、40年代的历史遗案进行了实事求是的复查和纠正，平反了一批冤假错案。如关于地下党问题上的错案，根据地的肃反问题、肃托问题上的错案，等等。在平反冤假错案的过程中，各级领导根据中共中央的要求，不断克服“左”的阻力，排除派性的干扰，对阻挠甚至破坏平反工作的组织和个别领导人采取坚决的组织措施，推动了各地的平反冤假错案工作。在平反冤假错案过程中，中央组织部还多次发布文件，进行督促和指导，为排除“左”的思想阻力，解除人们的思想顾虑，推动这项工作尽快完成，作出了突出的贡献。
经过大量艰苦细致的工作，到1982年底，全国大规模的平反冤假错案工作基本结束。据不完全统计，在此期间，经中共中央批准平反的影响较大的冤假错案有30多件，全国共平反纠正了约300万名干部的冤假错案，有47万多名被错误处理的共产党员恢复了党籍，数以千万计的无辜受株连的干部和群众得到了解脱。在大规模的平反工作基本结束后，各地区又继续进行了大量的善后工作，认真落实党的各项政策。这样，经过4年大规模有成效的平反冤假错案，解放了数以千万计的干部和群众，也解放了数目更多的受到牵连的家属，从而调动起他们投身于改革开放和社会主义现代化建设的积极性，巩固了来之不易的安定团结的政治局面。
在大规模平反冤假错案的同时，党中央对一些历史遗留问题也实事求是地进行了研究和处理，调整了社会关系，落实了各方面的政策。
早在1978年4月5日，中共中央即批准中央统战部、公安部呈送的《关于全部摘掉右派分子帽子的请示报告》，决定全部摘掉右派分子的帽子。这一工作，到1978年11月全部完成。接着，党中央又按照实事求是、有错必纠的精神，领导各地区各部门对1957年反右派严重扩大化中划定的右派分子进行甄别平反。当年划定的右派分子为55万名，其中有一小部分人已于1962年调整政策时，经甄别摘掉了右派帽子，但绝大多数人未获平反。中央指出，对于过去错划了的人，尽管事隔多年，也要本着“有反必肃、有错必纠”的原则，做好改正工作。全国各地区各部门根据这一原则，认真进行了对错划右派的平反改正工作。到1980年6月，共改正错划右派54万多人，为他们恢复了政治名誉，对他们的生活和工作也作了重新安排。
改正错划右派，获得了广大干部群众的拥护，不仅解除了几十万人的精神负担，而且调动了广大群众建设社会主义的积极性，取得了很好的效果。有的群众说，只有共产党才能有这样的勇气，实事求是，改正错误。有的人在被平反后作诗言志：“冬寒喜睹腊梅花，老树逢春发嫩芽。欲献余年效微力，添砖加瓦建中华。”
1979年1月11日，根据十一届三中全会原则通过的《农村人民公社工作条例（试行草案）》的有关规定，中共中央作出《关于地主、富农分子摘帽问题和地富子女成分问题的决定》。《决定》宣布，凡是多年来遵守政府法令，老实劳动，不做坏事的地主、富农分子以及反革命分子、坏分子，经过群众评审，县革命委员会批准，一律摘掉帽子，给予农村人民公社社员待遇。地主、富农家庭出身的社员，他们本人的成分一律定为公社社员，享有同其他社员一样的待遇。今后，他们在入学、招生、参军、入团、入党和分配工作等方面，主要应看本人的政治表现，不得歧视。地主、富农家庭出身的子女，他们的家庭出身应一律为社员，不应再作为地主、富农家庭出身。《决定》还要求，从党内到党外，组织广大干部和群众认真学习党的政策，做好思想教育工作。
这一决定使至少2000万人结束了政治上受歧视的处境，享受到公民应有的权利，开始了政治上的新生。据新华社报道，到1984年11月，全国最后一批地、富、反、坏分子摘帽的工作顺利完成。属于错戴四类分子帽子的人，也予以纠正。各地还对已经出国、出境的四类分子，也全部摘掉帽子，并通知了他们的家属。
1979年7月13日，中共中央发出通知，对在1959年以来的“反右倾”运动中，因反映实际情况或在党内提出不同意见，被定为“右倾机会主义分子”或“右倾机会主义”错误的，一律予以平反、改正。在本人及家属子女的档案中，有关“反右倾”斗争的材料，一律销毁。凡是一切搞错了的人和事，都必须毫不动摇地加以纠正。
同年11月12日，中共中央批转中央统战部等六部门《关于把原工商业者中的劳动者区别出来问题的请示报告》，《报告》明确指出，1956年对私营工商业实行按行业公私合营时，有一大批小商小贩、小手工业者以及其他劳动者被带进公私合营企业，把他们统称为私方人员，按资产阶级工商业者对待，这是不妥当的。应该把他们从原资产阶级工商业者中区别出来，明确他们本来的劳动者成分。按照这一文件精神，经过一年多的工作，全国共有70多万名小商、小贩、小手工业者及其他劳动者被从原工商业者中区别出来，恢复了劳动者的成分，从而妥善地解决了这一社会主义改造中遗留下来的历史问题，纠正了当时的错误。各地在开展区别工作的同时，根据中央《关于原工商业者的若干具体政策的规定》，对原工商业者也摘掉了资本家或资本家代理人的帽子。
1980年5月15日，中共中央书记处对在“三支两军”中犯错误的干部的处理问题作出指示，指出在“文化大革命”的历史条件下，部队的一些人在“三支两军”工作中犯错误是难免的，对他们犯错误的原因要进行历史分析，还要看本人对错误的认识和态度。根据这一指示精神，各地均慎重地处理了“三支两军”中遗留的问题，比较妥善地解决了这一人民内部矛盾。
1980年至1981年，中共中央书记处先后召开西藏、云南、新疆和内蒙古等省区的会议，认真解决落实党的民族政策等方面的问题。中央和一些地方党委还先后为被定为“地方民族主义分子”的同志摘了帽子。
1982年3月，中共中央书记处发出关于社会主义时期宗教问题的文件，阐明党在宗教问题上的基本观点和基本政策。在这前后，爱国宗教组织的活动得到恢复，各地的寺堂庙宇陆续修复和开放，党的宗教政策得到落实。
上述历史遗留问题的解决和党的各项政策的落实，有效地调动了社会各阶层的积极性，巩固和发展了爱国统一战线，对全党和全国人民同心同德进行社会主义现代化建设，起了重要促进作用。