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从20世纪80年代后期至90年代，推进祖国统一大业，保证香港和澳门顺利回归，不断加强海峡两岸人员往来和经济文化交流，深入开展反对“台独”等各种分裂图谋的斗争，在党中央和中国政府的议事日程上占据着重要地位。
香港过渡时期开始后，中国政府的一件重要工作是着手制定香港特别行政区基本法，其根据是《中华人民共和国宪法》第三十一条的规定和中国政府在中英联合声明中阐明的对香港的方针政策。基本法的起草工作从1985年7月启动，到1990年2月完成。1990年4月4日，七届全国人大三次会议审议通过了《中华人民共和国香港特别行政区基本法》和三个附件，即《香港特别行政区行政长官的产生办法》《香港特别行政区立法会的产生办法和表决程序》《在香港特别行政区实施的全国性法律》，以及香港特别行政区区旗和区徽图案。全国人民代表大会通过基本法表明，按照“一国两制”方针处理香港问题以及中央对香港的各项政策已经被国家用法律形式固定下来。
然而，1989年后，英国政府错误地估计了形势，在香港问题上从与中方合作转变为与中方对抗，为香港的平稳过渡设置障碍。1990年前后，英方在不与中方磋商、不顾中方反对的情况下，连续打出四张牌：一是指使港英行政局、立法局通过一个加快推进立法局直接选举的方案，即所谓的“两局共识”；二是单方面决定给予香港5万个家庭共22.5万人完全英国公民地位，即所谓的“居英权计划”；三是强行制定凌驾于香港原有法律之上的所谓“人权法案”；最后是单方面决定跨越1997年的香港事务，不与中方磋商就提出“新机场建设”方案。1992年12月，英方又突然宣布更换香港总督。新任港督彭定康上任伊始，便公然在其施政报告中拋出要对香港现行政制进行重大改变的“宪制改革”方案，即所谓的“政改方案”。这一方案完全违反中英联合声明中的有关规定，其实质是试图制造一个既成事实，把香港变成独立或半独立的政治实体，以抗拒中国对香港恢复行使主权。
面对英方顽固的对抗政策，中国政府在反复努力毫无结果的情况下，从确保香港平稳过渡和维持香港长期繁荣稳定的大局出发，决定另起炉灶。1992年底，党中央提出“以我为主，两手准备”的方针。在这个方针指导下，中国政府加紧了对香港恢复行使主权和筹建香港特别行政区的有关工作。
针对英方在政治体制、法律等一系列重大问题上不合作的情况，1993年3月，八届全国人大一次会议决定授权全国人大常委会设立香港特别行政区筹委会的准备工作机构。7月2日，全国人大常委会通过决定，设立香港特别行政区筹备委员会预备工作委员会。预委会委员共计57人，包括香港委员30人。从1993年7月到1995年12月，预委会在成立后的两年半时间内，精诚团结，和衷共济，殚精竭虑，密切合作，进行了大量卓有成效的工作。在广泛征求港人和内地有关部门意见的基础上，就未来香港特区的政权建设、经济发展、文化和民生等各方面的问题提出了47项意见和建议，有些还形成了正式文件，为正式建立香港特别行政区筹备委员会打下了良好基础。预委会的成立以及两年半时间的有效运转，给港英当局以有力的回击，迫使英国调整了对抗政策。在香港过渡期最后几年，中国政府在重大问题上牢牢掌握了主动权。同时，预委会富有成果的工作，也为香港特别行政区筹备委员会的建立奠定了坚实的基础。
1996年1月26日，香港特别行政区筹备委员会成立。这是中国政府对香港恢复行使主权的准备工作进入具体实施阶段的标志。筹委会既是一个工作机构，也是全国最高权力机关授权设立的权力机构，它要就筹建香港特别行政区的有关事宜包括行政机关、立法机关、司法机关的筹建等作出决策，并组织执行和落实。筹委会成立后即开始就香港特别行政区第一届政府推选委员会的组建问题，在香港展开大规模的咨询活动。从1996年4月中旬起，筹委会推委会小组在香港召开了16场咨询会，共有363个社团、1071人次出席咨询会，还收到100多份书面意见。同年11月1日至2日，在广大香港同胞的积极支持和参与下，筹委会举行第六次全体会议，推选出400位推委会委员。推委会的成立，揭开了全面组建香港特别行政区政府的序幕。1996年12月11日，在充分民主的基础上，经过全体推委会委员以无记名方式投票，选举董建华为香港特别行政区第一任行政长官人选。16日，李鹏签署国务院第207号令，任命董建华为香港特别行政区第一任行政长官，于1997年7月1日就职。21日，推委会在深圳举行第四次全体会议，选举产生特别行政区临时立法会的60名议员。从此，香港进入一个港人自己拥有立法权的新时代。特首的推选和任命，临立会的产生，为全面组建香港特别行政区政府铺平了道路。此后，香港特别行政区行政会议、香港特别行政区终审法院首席法官人选也相继产生。香港回归的各项工作准备就绪。
1997年6月30日下午5时许，江泽民率领的中国政府迎接香港回归代表团到达香港。香港回归进入倒计时。6月30日午夜至7月1日凌晨，举世瞩目的中英两国政府香港政权交接仪式在香港会议展览中心新翼隆重举行。23时56分，象征中英两国政府香港政权交接的降旗、升旗仪式开始举行。随着英国国旗的降下，7月1日零时，在雄壮的中华人民共和国国歌声中，五星红旗和香港特别行政区区旗一起徐徐升起。香港的新时代开始了。
在这个中国人民企盼已久的时刻，中华人民共和国主席江泽民庄严宣告：“中国对香港恢复行使主权。中华人民共和国香港特别行政区正式成立。这是中华民族的盛事，也是世界和平与正义事业的胜利。”“经历了百年沧桑的香港回归祖国，标志着香港同胞从此成为祖国这块土地上的真正主人，香港的发展从此进入一个崭新的时代。”
香港特别行政区首任行政长官董建华，在国务院总理李鹏监誓下，面对中华人民共和国国旗和香港特别行政区区旗宣誓就职。接着，由董建华提名、中央人民政府任命的香港特别行政区第一届政府主要官员也先后宣誓就职。与此同时，中国人民解放军驻港部队根据中央军委的命令正式进入香港，接管了香港的防务。当天上午，中华人民共和国香港特别行政区隆重举行成立庆典。香港回归如期实现，标志着中国人民终于洗雪了香港被侵占的百年国耻。
在香港回归的各项准备工作紧张进行的时候，澳门回归的各项准备工作也开始了。
由于中葡双方一直保持着较好的合作关系，过渡期的主要工作——《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》的起草和贯彻执行总体顺利。澳门特别行政区基本法的起草工作从1989年5月开始，到1992年3月结束。1993年3月，八届全国人大一次会议审议通过了《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》《澳门特别行政区行政长官产生办法》《澳门特别行政区立法会产生办法》和《在澳门特别行政区实施的全国性法律》，以及澳门特别行政区区旗、区徽图案。
1998年4月20日，全国人大常委会委员长会议通过了全国人民代表大会澳门特别行政区筹备委员会组成人员名单草案。筹委会组成人员共100人，其中澳门委员60人。5月5日，澳门特别行政区筹委会在北京正式成立。从9月起，筹委会就推选委员会的具体产生办法在澳门开展了广泛的咨询活动，在充分吸纳澳门居民意见的基础上制定了《全国人民代表大会澳门特别行政区筹备委员会关于澳门特别行政区第一届政府推选委员会具体产生办法》。1999年4月9日，筹委会全体会议以无记名和差额选举的方式，选出了185名推选委员会委员，他们与4名澳门地区全国人大代表和经协商推举出来的11名澳门地区全国政协委员的代表一起，组成了澳门特别行政区第一届政府推选委员会。5月15日，推选委员会在澳门举行第三次全体会议，以无记名投票方式，选举何厚铧为澳门特别行政区首任行政长官人选。20日，国务院任命何厚铧为澳门特别行政区第一任行政长官。在中央政府的统一领导下，筹组澳门特别行政区的其他准备工作也有步骤、有计划地加快推进。澳门特别行政区筹委会经过一年多紧张高效的工作，顺利完成了澳门回归的各项准备工作。
1999年12月19日午夜至20日凌晨，中葡两国政府澳门政权交接仪式在位于澳门新口岸刚刚建成的澳门文化中心花园馆隆重举行。江泽民主席庄严宣布：“中国政府对澳门恢复行使主权。历史将永远记住这一举世关注的重要时刻。从这一刻起，澳门的发展进入了一个崭新的时代。”澳门的回归，标志着在中国国土上彻底结束了外国列强的占领。
香港和澳门如期回归，开创了港、澳两地和祖国内地共同发展的新纪元，中国在完成祖国统一大业的道路上迈出了重要步伐。通过外交谈判并以“一国两制”方式解决港、澳回归问题，这是中国人民为世界和平、发展与进步事业作出的新贡献。总的来看，这两个过程都相当顺利，不仅没有出现大的混乱，而且连原来准备应付的中等混乱，甚至看来是不可避免的小混乱都没有出现。
香港和澳门回归祖国后，在“一国两制”方针指导下，经济和社会生活的方方面面都保持了稳定和发展。港、澳回归后的成功实践再次证明，“一国两制”不仅是实现祖国统一最现实的途径，而且是回归地区稳定、繁荣和发展最重要的制度保障。
在香港和澳门回归之后，解决台湾问题已成为实现祖国完全统一的最后一步。
20世纪80年代，随着“和平统一、一国两制”方针的提出，海峡两岸关系明显趋于缓和。1987年，蒋经国宣布台湾地区自7月15日起解除戒严，随后又开放台湾同胞到祖国大陆探亲。至此，海峡两岸长期隔绝的状况终于被打破。台湾同胞大批来到祖国大陆探亲、旅游、经商，海峡两岸经贸关系迅速发展扩大。
20世纪90年代初，海峡两岸人民扩大交往的一个引人注目的方面是体育和文化交流的开展。1990年秋季，台北奥委会派团参加在北京举行的第十一届亚洲运动会，台北代表团受到祖国大陆同胞的热烈欢迎。1992年，海峡两岸科技界著名人士首次实现互访。5月，台湾地区著名物理学家吴大猷访问祖国大陆，与祖国大陆科学家进行交流，并受到江泽民、杨尚昆、李鹏等党和国家领导人的接见。6月，祖国大陆著名科学家谈家桢、吴阶平、邹承鲁、张存浩、卢良恕、华中一等应邀访问台湾，受到台湾地区各界人士的欢迎。同年9月，隔绝40多年的海峡两岸新闻界也实现了双向交流，由18名大陆记者组成的赴台采访团抵达台湾，受到台湾海峡交流基金会的热情接待。
以江泽民为核心的党中央第三代领导集体高度重视对台工作，积极推动两岸关系的进一步发展。1990年12月，中央召开全国对台工作会议，提出对台工作的当务之急，是加强两岸联系，进一步扩大人员交往和各种交流，特别是加强经贸往来，尽快实现双向的、直接的“三通”。1994年4月，国务院专门召开了对台经济工作会议，要求各地区、各部门高度重视对台经济工作，采取切实措施保护台商在祖国大陆的合法权益，改善台商在祖国大陆的投资环境，为台商投资创造更为有利和方便的条件。
为促进两岸关系的实质性进展，建立海峡两岸沟通的渠道，1991年12月16日，大陆方面成立了海峡两岸关系协会。这是一个以促进海峡两岸交往、发展两岸关系、实现祖国和平统一为宗旨的民间团体，由汪道涵担任会长。1992年8月4日，海协会会长汪道涵致函台湾海基会会长辜振甫，希望就两岸经济发展和两会会务等问题举行会谈。22日，台湾海基会回复大陆方面，接受了会谈邀请。经过多次预备性磋商，海协会与海基会在事务性商谈中达成共识，各自以口头方式表述“海峡两岸均坚持一个中国原则”，为会谈成功举行铺平了道路。
1993年4月27日至28日，大陆海协会会长汪道涵与台湾海基会董事长辜振甫在新加坡举行了首次会谈。这次由海峡两岸有关方面授权的民间团体最高负责人的会谈，虽然只是民间性、经济性、事务性、功能性的，但内容广泛，意义重大，为海内外瞩目。这次会谈气氛融洽，进展顺利，双方达成《汪辜会谈共同协议》《两会联系与会谈事宜协议》等文件。此后，为落实“汪辜会谈”达成的各项协议，从1993年8月至1995年1月，海协会和海基会先后在北京、台北、南京举行了6次副秘书长级的工作商谈，海协会常务副会长唐树备也赴台湾与海基会副董事长兼秘书长焦仁和商谈，就解决两岸海上渔事纠纷之处理、两岸劫机犯遣返协商和违反有关规定进入对方地区人员之遣返及相关问题等三项议题达成了具体共识。双方认为，加强两会多层次沟通，有利于进一步增进了解，消除误会，缩小分歧，培养互信。
为更明确地向海内外阐明中国政府在台湾问题上的方针政策，1995年春节前夕，江泽民发表《为促进祖国统一大业的完成而继续奋斗》的重要讲话，提出现阶段发展两岸关系、推动祖国和平统一进程的八项主张。
一、坚持一个中国原则。中国的主权和领土决不容许分割，任何制造“台湾独立”的言行和违背一个中国原则的主张，都应坚决反对。
二、对于台湾同外国发展民间性经济文化关系，我们不持异议。但是，反对台湾以搞“两个中国”“一中一台”为目的的所谓“扩大国际生存空间”的活动。
三、进行海峡两岸和平统一谈判。在一个中国的前提下，什么问题都可以谈，包括台湾当局关心的各种问题。作为第一步，双方可先就正式结束两岸敌对状态进行谈判，并达成协议。
四、努力实现和平统一，中国人不打中国人。我们不承诺放弃使用武力，决不是针对台湾同胞，而是针对外国势力干涉中国统一和搞“台湾独立”的图谋。
五、大力发展两岸经济交流与合作，以利于两岸经济共同繁荣，造福整个中华民族。应当采取实际步骤加速实现直接“三通”，促进两岸事务性商谈。
六、中华文化是维系全体中国人的精神纽带，也是实现和平统一的一个重要基础。两岸同胞要共同继承和发扬中华文化的优秀传统。
七、要充分尊重台湾同胞的生活方式和当家做主的愿望，保护台湾同胞的一切正当权益。
八、我们欢迎台湾当局的领导人以适当身份前来访问，我们也愿意接受台湾方面的邀请前往台湾，可以共商国是，也可以先就某些问题交换意见。中国人的事我们自己办，不需要借助任何国际场合。
江泽民提出的八项主张，进一步阐明了邓小平关于“和平统一、一国两制”的方针，提出了发展两岸关系的新建议和新思路，充分体现了中国共产党和中国政府在台湾问题上以国家和民族大义为重，尊重历史与现实，既坚持原则又求同存异的公正立场，是中国政府解决台湾问题，发展两岸关系，推动祖国统一的纲领性文件。
随着中国综合国力的增长、国际地位的提高，以及海峡两岸人员交流和经贸往来的扩大，祖国大陆对台湾的吸引力日趋明显；但与此同时，反对“台独”等各种分裂图谋的斗争也日趋尖锐。
20世纪80年代后期，台湾岛内政局发生变化，随着戒严令的解除和实行政权本土化，“台独”势力渐趋活跃。1988年初，李登辉接掌台湾政权。在肃清政敌巩固权力之后，他逐渐露出其主张“台独”的本来面目。1993年后，台湾当局加紧采取行动，如谋求“参与联合国”，搞所谓“度假外交”“过境外交”等，蓄意在国际社会制造“两个中国”“一中一台”。1995年5、6月间，在台湾当局的大力游说下，美国政府不顾中国方面的坚决反对和多次严正交涉，同意李登辉赴美进行所谓的“私人访问”。访美期间，李登辉公开发表讲话，强调“中华民国在台湾”或“台湾的中华民国”“中华民国未获国际社会应有的外交承认”等，气焰十分嚣张。与此相配合，台湾方面连续举行针对祖国大陆的“军事演习”，在两岸之间制造紧张气氛。
面对台湾当局不断加剧的分裂活动，中国共产党和中国政府坚持一个中国原则，坚定地开展了反“台独”、反分裂斗争。
1995年5月23日，中国外交部就美国政府允许李登辉对美进行所谓“私人访问”一事，发表严正声明并提出强烈抗议，指出美国政府的这种做法完全违反中美三个联合公报的根本原则，是损害中国主权、破坏中国和平统一大业的极为严重的行为。
10月11日，江泽民在会见美国《新闻周刊》高级代表团和《美国新闻与世界报道》周刊总编辑莫蒂默·朱克曼时再次申明，台湾问题是中国的内政。我们主张“和平统一、一国两制”，反对“两个中国”“一中一台”和“台湾独立”。我们不承诺放弃使用武力。我们下定了这个决心，万一出现分裂祖国的局面，不管是来自境外的国际敌对势力，还是台湾本身的分裂主义势力，我们可能不可避免地要用非和平的方式。当然，我们绝对不希望有这样的一天。
为促使台湾当局悬崖勒马，显示中国政府和中国人民反“台独”、反分裂和反对外来干涉的坚强决心，中国人民解放军于1995年7月、8月和1996年3月，先后在东海海域举行了大规模军事演习。
中国人民反分裂、反“台独”斗争震动了世界，打击了台湾分裂势力的气焰。世界上绝大多数国家重申，坚持一个中国原则，不同台湾发展官方往来。美国政府也作出继续奉行“一个中国”政策的承诺，并表示不支持台湾独立。迫于各方面压力，台湾领导人不得不表示，目前不会也没有必要立刻宣布“台湾独立”。
当海峡两岸关系初步获得稳定后，1997年9月，江泽民在中共十五大报告中再次向台湾当局发出举行政治谈判的倡议，表明了争取和平统一的诚意。1998年6月1日，海峡两岸关系协会致函台湾海峡交流基金会，表示欢迎海基会董事长辜振甫来祖国大陆参观访问。经过几个月的磋商，辜振甫一行于10月14日至19日访问了祖国大陆。海协会会长汪道涵会晤并宴请了辜振甫，汪、辜达成了多项共识，包括进行政治、经济等多方面对话，进一步加强两会之间的交流，对于涉及两岸同胞生命财产安全的事件加强个案协作等。江泽民会见了辜振甫一行，希望他们继续为两岸关系的发展作出贡献。
然而，就在祖国大陆方面和台湾岛内的有识之士积极推动两岸关系发展的时候，台湾当局却选择了走继续破坏和对抗的道路。1999年7月9日，李登辉在接受“德国之声”记者采访时拋出了所谓的“两国论”，声称两岸关系是“国家与国家，至少是特殊的国与国的关系”。
在2000年3月的选举中，国民党落败，台湾政权更迭。民进党领导人陈水扁上台之初虽然作出了所谓“四不一没有”的承诺，即不会宣布“台独”、不会推动“两国论入宪”、不会更改“国号”、不会推动“统独公投”，没有废除“国统纲领”和“国统会”问题，但在最核心的接受一个中国原则问题上却始终采取回避、模糊的态度。此后，他不仅否认“九二共识”的存在，蓄意阻挠恢复两岸谈判，还运用各种手段和借口，企图以渐进方式实施“台独”纲领。2002年8月3日，陈水扁向在日本东京举行的“世界台湾同乡联合会第二十九届年会”发表电视讲话，公然声称“台湾跟对岸中国一边一国”，鼓吹要用“公民投票”方式决定“台湾的前途、命运和现状”。这些言论暴露了他顽固坚持“台独”立场的本质。
不论是“两国论”还是“一边一国论”，都是不顾台湾人民福祉，将台湾引向灾难的言论。这些言论一出笼即受到包括台湾同胞在内的全体中国人民的坚决反对。全国各地各界人士以及旅居海外的华人、华侨纷纷集会，强烈谴责台湾当局分裂祖国的言论和行径。
中国政府明确指出坚持一个中国原则，是发展两岸关系和实现和平统一的基础。世界上只有一个中国，祖国大陆和台湾同属一个中国，中国的主权和领土完整不容分割。
尽管有台湾当局的种种限制和阻挠，但两岸关系的发展并没有停顿。随着两岸人民往来的增加，台湾人民对祖国大陆的情况有了更真切的了解，越来越多的民众开始认识和接受“一国两制”的主张。
经贸往来更是两岸关系中最积极、最活跃的因素和稳定两岸关系的重要力量。据我国海关统计，两岸贸易额已由1990年的25.75亿美元增至2000年的305.3亿美元，增长了近11倍。2001年，在全球经济不景气的情况下，两岸贸易仍维持一定幅度的增长。目前，两岸已互为重要贸易伙伴，台湾是祖国大陆的第二大进口市场，祖国大陆则是台湾的第二大出口市场，并且是台湾最大的顺差来源地区。祖国大陆还是台商投资设厂的最佳地区。在这种情况下，台湾民众迫切要求尽快实现直接“三通”。随着祖国大陆和台湾共同加入世贸组织，祖国大陆与台、港、澳之间必将建立更为密切的经济关系。这种趋势无疑会进一步增加两岸人民在经济上的共同利益，促进两岸经济的共同繁荣，并将成为维系和稳定两岸关系、实现祖国统一的重要力量。
台湾的前途系于祖国，台湾问题不能无限期地拖延下去。台湾同胞具有光荣的爱国主义传统，台湾分裂势力的分裂活动不得人心。在新世纪里，通过全体中华儿女的共同努力，祖国的完全统一一定能够早日实现。