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吴福铭的死，对应桂馨而言，是心头一块重石骤然落地死无对证，他暗自思忖，即便是神仙下凡，也难以抓住他的把柄。于是，当他再次被押上法庭时，态度愈发嚣张，甚至反咬一口，声称自己被人诬陷，高声要求恢复名誉。
这时，孙中山先生从日本匆匆回到上海。得知宋案真相的他，双手紧握，指尖发白，心中怒火燃烧。当初，他在重重压力下被迫妥协，将临时大总统的职位让给了袁世凯。他原以为，袁世凯虽有野心，但若能以《约法》约束，再以自己的人格感化，或许能实现合作。然而，眼前的残酷现实让他彻底醒悟——袁世凯的所谓民主共和，不过是一场精心编织的谎言，他的贪婪与野心永无止境。
满腔悲愤的孙中山迅速在同福路21号召集国民党领导干部召开紧急会议。会上，他揭露了宋案内幕，痛斥袁世凯的种种罪行，提议在南方五省重新组织革命军，发动“二次革命”，以武力讨伐袁世凯。
但是，会议室内鸦雀无声，无人响应。孙中山转头看向黄兴，轻声问道：“克强，你怎么看？”
黄兴眉头紧锁，沉吟片刻，缓缓说道：“此事谈何容易。袁世凯上台后，北洋军一再扩编，如今已有十三师之众。而南方却屡屡裁军，即便集中全部兵力，也难以与之抗衡。我不主张武力讨袁。眼下，国民党在国会中占多数席位，不如组织特别法庭审理此案，通过法律手段逼袁世凯下台。”
孙中山又分别询问胡汉民和陈其美的意见，两人也认为兵力悬殊，武装讨袁难以成功。见众人对国会和袁世凯仍抱有幻想，孙中山一时也无计可施。会议最终决定，组织特别法庭审理宋案，并要求程德全、应德闳立即公布宋案所有证据。同时，孙中山亲自联络江西、安徽、广东、福建、湖南等五省军队，要求他们作好迎战准备，随时应对外敌。
会后，孙中山与黄兴亲自拜访程德全，晓之以理，动之以情，恳请他公布宋案全部证据，并在上海成立特别法庭。程德全是个胆小如鼠的旧官僚，但宋案由公共租界总巡卜罗斯侦破，铁证如山，加之革命党人在上海的势力强大，他最终顺水推舟，同意将宋案证据在报上公开，并将案情核心内容载入公文，电告中央政府。
但电文发出后，如同石沉大海，袁世凯一方装聋作哑，毫无回应。
上海审判庭继续传审应桂馨。应桂馨早已有所准备，面对质询，他始终抵赖，甚至反咬一口，声称这是有人蓄意栽赃，高声叫冤。原告律师金泯澜见状，强烈要求洪述祖、赵秉钧来沪对质。上海检察厅认为有理，正式向北京发出传票，要求洪、赵二人到上海受审。然而，洪述祖早已溜到青岛，躲进德租界逍遥自在，无人能奈何。至于赵秉钧，作为堂堂国务总理，更无人能够动他。
4月26日，宋案证在上海《民立报》上公布，如同一场大地震，全国轰动。人们震惊地发现，此案的总后台竟是贼喊捉贼的临时大总统袁世凯，国务总理赵秉钧等人也牵涉其中。袁政府的狰狞面目逐渐暴露，各地纷纷以追悼宋教仁为名，在挽词与演说中痛斥政府。上海报纸更是长篇累牍，痛批洪述祖、赵秉钧，声讨袁世凯。
不久，袁世凯未通过国会，擅自签署善后大借款，企图发动内战。孙中山忍无可忍，仓促发动了以武力讨伐袁世凯为目标的“二次革命”。
此时的应桂馨已在狱中关押了三个多月，心中怨气渐生。他心想，这件差事明明是那些大人物指使的，如今却只有自己身陷囹圄，而那些幕后主使依旧高官厚禄，养尊处优。他不禁暗自咒骂，却又怀着一丝希望——只要袁世凯在位，总会有办法救他出去。
一天晚上，应桂馨正对着一钩弯月借酒消愁，远处突然响起隆隆炮声和密集的枪声。他吓得一头钻到床下，生怕飞来一颗子弹要了他的性命。不久，枪炮声逐渐平息。翌日上午，隔壁关进了二十多个逃兵，他才得知昨晚是陈其美带兵攻打江南制造局，而孙中山已发动“二次革命”，武力讨伐袁世凯。
应桂馨恍然大悟，难怪袁世凯一时救不了他。中午时分，枪炮声再次响起，监狱内人心惶惶。应桂馨抓住机会，一面暗中指使人煽动逃兵放火闹事，一面用重金收买看守，趁乱逃出监狱。
他潜至市郊隐藏数日，随后辗转逃到苏北威灵镇。不久，轰轰烈烈的“二次革命”以失败告终。革命党人纷纷逃亡，孙中山、黄兴、陈其美等人也不得不漂洋过海，逃至日本避祸。
10月6日，国会在军警戒备下举行“选举”。由于中票者不足法定比例，议员们被迫饿着肚子连续“选举”三次，最终，袁世凯以九牛二虎之力“当选”为大总统。