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浙江河姆渡遗址发掘出的大量动植物药材，表明在7000年前我省已分布一定数量的药用动植物，并且先民们可能认识到这些动植物具有一定的治疗作用。传说黄帝时期，药学家桐君结庐于浙江桐庐县，撰《桐君采药录》，这说明当时桐庐一带盛产药材。战国时期，当时的浙江人民开展端午除五毒活动，用艾叶、菖蒲、木香、雄黄等药材健身洁室，也证明这些药材俯首可拾。
秦汉时期，浙江的药材主要有白术、丹参、甘菊、黄精等。东汉药物学家刘晨、阮肇攀登天台山采药，南北朝谢灵运在《山居赋》中记载了自己耕耘草药并加以研究的史实，说明彼时已开始人工种植药材。
隋唐五代时期，浙江地区的药材资源非常丰富，产地较广，品种也较多。如杭州、普陀山、天台山、湖州、绍兴等地，盛产黄连、干姜、牛膝、天冬、半夏、益母草、黄精、山药等。五代时，以杭州为都城的吴越国盛产药物、香药较多，与域外的药材贸易也颇为发达，每年朝贡北宋朝廷的香药数以万计。
两宋时期除原有的中药材外，杭州又出产了一些新品种，如桑白皮、白芷、白术、芍药、薄荷、紫苏子、麦冬等，开始出现举世闻名的“浙八味”。彼时瑞安出产的郁金、莪术、生姜、山药4种药材产量为全国之冠，是当时的主要产地。元代时，鄞县地产药材有山药、艾叶、蜀漆、天名精等31种，缙云地产178种药材。
明代杭州药材栽培面积有所扩大，药物品种也有增多，据统计地产药材122种，并已开设阜通药行，望仙桥河下有药船停泊处。余杭县大涤山百药俱有。富阳县内有乌药、瓜蒌、半夏等10余种药材。宁波有中药材94种、舟山65种、云和县62种。
清代前期，杭州仍是全省产药最多的地区，新增药物品种有玉白、千叶白、旱绯、缀露等。康熙年间，鄞县产药68种，后增至112种。上虞药用动植物有90余种，武义67种，松阳61种，平阳56种，庆元49种，龙游县可供药用野生中药材近千种，其余各州县中药资源亦十分丰富。
上述朝代，浙江所产药材十分丰富，尤以杭州地区为胜，并大量出口。如淳安、临安、桐庐三县交界处的萸肉，淳安县的前胡、木瓜、蕲蛇，临安县的於术（於术指产于临安於潜镇的白术，别名于术）、白芍等。此般药材盛出概因浙江自然环境优越，药用物种繁多，药材栽培历史悠久，以及社会相对安定，经济、科技、文化比较发达等因素，奠定了浙江药材生产经久不衰、日益昌荣。
秦汉时浙江已出现中药商业活动。东汉末年药学家蓟子训曾在会稽市都亭桥（今浙江绍兴一带）骑驴卖药，据现有文献史料来看，这可能是有关浙江地区最早的售药记载。东晋以来，中药商业逐渐增多。浙江规模较大的药栈、药店堂出现的时间较晚，先是以个体药摊的形式，后逐渐发展为格调清雅的药店堂。杭城内古老药店里，挂着“岐黄正传”和“韩康遗业”横匾，表明在唐以前，杭州已有药店（铺）问世，杭县出土的黄釉研钵进一步证实了这一点。唐宋时期，杭州药材商铺纷纷开张，药品库存增多，为更好地保管药材，延长贮藏时间，减少霉变、虫蛀、串味等情况，采用了瓦罐、瓷瓶等容器对药材进行保存。
南宋时期，临安（今浙江杭州）官办制销药品的局所，如太平惠民局、惠民和剂局、惠民局、施药局等，管理十分严格，为其他民间药店堂楷模，便利百姓，并起到一定的防治疾病作用。南宋临安药业生意兴隆，十分繁华，城内主要街市店铺林立，网络稠密，行规森严，独占商界鳌头。临安城内的炭桥药市，不仅有卖生药和熟药的药材店铺，还有眼药店、风药店等专门药店，以及出售一些稀有药品、卫生用具的。此外，茶店也参与买卖缩脾饮、香薷饮等本草饮料。彼时杭州医药商业的行会组织已出现，吴山看江亭内立有药王像，因其多验，看江亭逐渐改立药皇庙，后成为杭城国药业同仁每年聚会之所。其余如绍兴府、鄞县、嘉善县等地药铺亦不少，丸、散、膏、丹等中成药在民间多有出售。
至明代1524年，御医许某在杭州开设许广和国药号，生产精制丸膏成药达380余种之多，颇为齐全。1573年朱养心自余姚迁居杭州，开设一家蜚声江浙的百年老店朱养心药室。由于朱养心医术高、医德好，膏药灵验，每逢春季时节门庭若市，迄今传统产品有五灵五香膏、阿魏狗皮膏、三仙丹等15种。龙游药商帮等也重视自身发展，延请名医坐堂监制丸药，制药分工细密，配制成分及分量准确无误。其余如永康县应树德堂、上虞县惠民药局等均各有经营之道。
清初期，随着浙江经济的发展，各府州县药业越发兴隆，尤其是杭州的几家药店在全国范围内影响较大。慈溪人叶谱山于1808年，在杭州创办叶种德堂，这是当时杭州自制丸、散、膏、丹，开设最早、规模最大的国药号，闻名江南。1805年，慈溪人张梅盘进沈同泰国药号，改名为张同泰国药号，经营道地药材、参燕银耳、丸散膏丹等200余个品种，一举成为享誉杭城的药店。此外，方回春药店、太和堂药店、存仁堂药店、许广和药店，皆是彼时杭城有名的国药号。宁波有四大药店，即寿全斋、冯存仁堂、香山堂、德心堂，其中冯存仁堂在上海的分店亦是沪上四大药店之一，营业远及南洋一带。值得一提的是，浙江兰溪一带诸葛族人秉承“不为良相，便为良医”的祖训，从明代起，便以经营中医药业为主。诸葛族人以其自强不息精神，凭借地利之势，在外地广开药店，足迹遍布全国，从事药业者有5000余人，形成闻名遐迩的兰溪药业帮。其余如嘉兴兰台药局、衢州天福堂、丽水生生堂、金华童万森药店等亦有一定声誉。乾隆初年，杜景湘在绍兴创办震元堂，专业炮制丸、散、膏、丹等中成药品种达100余种、药酒30余种。因其质量上乘，经营有方，享誉江南，其产品远销港澳及东南亚各地。其余各府州县的药店对浙江药业的发展也做出了重要贡献。
纵观古代浙江药材资源及药店设置状况，发现浙江药材品种繁多、产量丰富，售药店堂出现较早，尤其南宋及清初叶是浙江药业发展的两个巅峰时期，全省各地药店星罗棋布，药商辐辏骈集，远涉海内外，医药学家人才辈出，掀起了药业发展的高潮，在中国药业发展史上留下了不可磨灭的痕迹。
在1840—1949年的近代史中，浙江处于灾难深重的半殖民地半封建时期，在医药界同仁的奋力抗争下，浙江中药业仍有明显发展。
近代杭州国药业中，较早的国药店铺有天禄堂、万承志药店、汤养元、天生堂、泰和堂等，但最具影响力的国药号首推胡庆余堂。清末著名红顶商人胡雪岩为左宗棠收复新疆的西征将士提供诸葛行军散、胡氏避瘟丹等大量药物，解决水土不服、疫毒等困难，提高了将士士气与战斗力，为收复新疆和祖国统一，功不可没！1874年，胡雪岩在杭州开创胡庆余堂国药号，其以地道药材闻名全国，与北京同仁堂齐名，素有“北同仁，南庆余”之说，成为名副其实的江南药王。胡雪岩在创办之初就极为注重药事文化，胡庆余堂的店堂里挂有两块牌匾，一块朝内挂“戒欺”匾额，传递“采办务真，修制务精”内涵；另一块朝外挂“真不二价”，意在学古人韩康，做到所卖之药货真、质好、价实、童叟无欺，体现了胡庆余堂企业文化的精华。丰厚深邃的企业文化积淀，为选药制药打下扎实基础，对浙江中医临床水平的提高也有着直接的推动作用。光绪年间，杭州城内出现万承志堂国药号，该店编写的《万承志堂丸散全集》，作为炮炙著作流传后世。清末时期杭州中药业经营出现分工细化特点，参燕行业开始从国药号中分离出来，单独成业，如益元参店等。
民国时期，中药商业更加发展。民国二十年（1931）杭州市区大中小型中药店、药行有151家；民国二十一年（1932）宁波市有药行64家，城区有中药店92家，乡镇有中药店80家；民国二十五年（1936）嘉兴、海宁、海盐、嘉善、桐乡（含崇德）、平湖城乡共有中药店517家；民国三十五年（1946）绍兴县有中药店137家。至1949年9月底，全省不完全统计有中药店5290家，其中在清代和清以前开设的有218家。可见在该时期内中药店、行等亦有明显增多，中药业得到显著发展。
在近百年沉重的历史背景下，浙江中药业仍独步前进，为死水一潭的浙江医药界掀起一阵涟漪。汇集在杭州、宁波、金华等地区的中药店琳琅满目，誉满海内外。因此，可以这么说，浙江近代中药店的规模、数量、药品质量、交易额诸多方面大有独执全国牛耳之势，为中国近代药业发展史谱写了新曲。
首先，中药材生产方面，规模有所扩大。从新中国成立初期，浙江省从事种药和采药的人数有400万人左右，药材收入在农村经济中占一定比重，到1957年全省中药材种植面积和总产量显著增加。1959—1961年因气候、土壤不适宜，缺乏生产技术和管理经验，药材种植成效大幅下跌，至1965年全省药材种植面积和野生药材采集量有所回升。“文化大革命”期间，药材生产也受到影响。1978年，省政府召开会议，明确了允许和鼓励种药社员利用自留地和房前屋后的零星土地，种植国家需要的药材，激发起社员种植生产药材的积极性。
其次，中药经营方面，总体来说销售规模有所提高。①中药材经营：1955年公私合营以后，中药材的调拨实行“统一领导，分级管理”原则，在一些紧缺药材分配上，按国家规定执行“先国内、后国外，先饮片、后成药，先治疗、后滋补”和“先人用、后兽用”的原则办法，同时针对性给出七条举措。②中成药经营：新中国成立初期，中成药销售约占中药经营额的25%，而在建立中成药专业公司后，20余年间全省中成药销售额大幅度增长。③中药零售：从全省经营中药批零业务的私商7299家，到1964年，共有5741个中药供应网点，其中设置中药饮片柜的2625个。进货渠道上，由建国初期的自由采购，转变为依靠国营公司。此外，中药零售店的经营模式也发生变化。建国初期，国营企业、机关及事业单位实行公费医疗，所在单位人员须去指定特约医院就诊配方，致使门售处方收益逐年减少，销售最多的是治疗性、防暑的中成药。70年代，随着人民群众自我保健意识增强，营养补品销售为之迅速增长。
党的十一届三中全会以来，始终把深化改革作为促进医药发展的主旋律，坚持“围绕效益搞改革，配套改革促效益”，比较早地打破计划经济时期分级设置机构、分层次调拨批发的旧模式的束缚，探索建立符合医药行业自身特点、适应社会主义市场经济流通的新模式，并取得令人瞩目的成就。
在此期间，杭州胡庆余堂国药号、叶同仁堂、方回春堂、冯存仁堂、寿全斋药店、鹤年堂、震元堂药店、兰台药局、张同泰药店、叶种德堂等一批名老药店历久弥新，随时代潮流不断发展，其中一些品牌药店的工艺、文化已被列入国家级、省级和市级非物质文化遗产传统医药名录中，至今熠熠生辉。另外，诸如胡庆余堂药业有限公司、杭州朱养心药业有限公司、正大青春宝药业有限公司、温州海鹤药业有限公司、杭州天目山药业股份有限公司、浙江东方制药有限公司、浙江新光药业有限公司、宁波立华制药有限公司、浙江天一堂药业有限公司、浙江康恩贝制药股份有限公司等中成药企业成绩斐然，为保障我国人民的生命健康做出了重要贡献。
2016年12月25日，《中华人民共和国中医药法》在十二届全国人大常委会第二十五次会议中被审议通过，该法于2017年7月1日起实施。中医药法的通过是中医药发展史上具有里程碑意义的大事，是对中医药人的一种极大鼓舞，产生深远而广泛的国内国际影响。它代表着“中医药振兴发展迎来天时、地利、人和的大好时机”。
自2019年新型冠状病毒（COVID-19）疫情发生以来，中医药在防治中发挥出显著作用，也进一步向世界证明了中医药的优势。尤其是我国对新冠肺炎诊疗方案的完善、优化，已经将多种中药列入新冠肺炎防治药物名单中，通过上万个临床试验，向世界证明中医药在新冠肺炎防治中的强大疗效。2022年12月，国家中医药管理局发布新冠病毒感染者居家中医药干预指引，给出了治疗方案、预防方案和康复方案。其中，比较典型的是药物干预方面，有玉屏风颗粒、黄芪银花藿香代茶饮等。中医药在新冠病毒肺炎防治中的作用、地位也被广大民众认可。我们相信始终秉承“传承精华，守正创新”理念，在未来的时间里，浙江中医药事业一定能肩负起时代使命，谱写新时代的青春之歌。