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浙江本草学派学者注重引经据典，重视中医传承，提倡“尊经重典”，视《本经》为药学本源，并通过对《黄帝内经》《伤寒论》《金匮要略》等经典的研究，着力阐发药物产生疗效的机制。
明代钱塘名医卢复费时14载研究本草，最后辑成《神农本草经》，这是我国现存最早的《神农本草经》辑本。清初医家张志聪对《素问》《本经》研究甚深，善以经解经，他运用五运六气之法，创立药气理论，将药物生成、性味形色、主治功效等内容与病因病机联系起来，对《本经》药物躬身考证，并结合临证心得予以发挥，著有《本草崇原》一书。此书是历史上第一部注释《神农本草经》的药学专著，承《本经》而引发后世之论。余杭仲学辂，取以为纲，撷取《神农本草经读》（简称《本草经读》）、《神农本草经经解》（简称《本草经解》）、《神农本草经百种录》、《侣山堂类辩》、《医学真传》等“尊经”派诸书药论精义，间夹自己评议，编为《本草崇原集说》。
晚清莫枚士以训诂之长综合明清名家辑本与校本，对《本经》正文予以勘定，案语其下，对其中部分药物进行专题论述，所撰《神农本（草）经校注》是一部有特色的本草专著，对研究本草的文字学及地域性特征等方面具有重要意义。山阴“尊经”派学者周岩，著有《本草思辨录》，他认为中医之弊，不在守旧而在弃旧，指出读仲景书须先辨本草，“辨本草者，医学之始基”，力倡以《伤寒论》《金匮要略》二书之义印于本草，提出以经为始、博思明辨的观点。浙江本草学派学者注重传承、尊经重典的学风，对清代中医学者重视经典的研习有一定导向作用。
另外，浙江本草学派医家还注重学术上的继承，常常开堂授徒。如清初张志聪，集同学友生及诸门弟子数十人，在侣山堂讲学，开中医教育民间授徒之新范。不少本草医家还编著了入门本草，以供新生阅读。如吴兴潘旭的《分经药性赋》、绍兴何廉臣的《药学汇讲》《实验药物学》《药物学讲义》、瑞安陈虬的《利济医药讲义》、绍兴祝味菊的《和汉医药实验录》等，博而有要，深入浅出，对于中医药的学习传承大有裨益。
“融古通今，开拓创新”是浙派中医本草学派的思想之一。
首先，浙江本草学者“博古以寓今，立言以激后”，理论创新十分活跃。他们不仅具有渊博的中医药学识，熟谙传统文化，而且善于独立思考，敢于超越传统，开创新说，提倡勇为第一，如桐君、范蠡、魏伯阳等。唐代陈藏器首创“宣、通、补、泄、轻、重、滑、涩、燥、湿”十剂理论，对临床合理用药具有划时代意义，至今仍为中医界广泛运用，并首提“本草茶疗”概念，被唐玄宗赐以“茶疗鼻祖”，奠定了其在我国本草茶疗领域的杰出地位。药物性味方面，《日华子本草》除继承传统的四气五味外，亦有新发展，丰富了药性药味方面内容；明代卢复、卢之颐善以儒理、佛理阐释药理，对中药药性理论进行完善；嘉兴贾九如创造性地构建了“药母八法”理论，并以此指导临床用药。还有清代赵学敏于1769年通过观察白术因所种之地不同，疗效性状亦各有异，进而提出物种演变之说，此论比达尔文1842年第一次写出《物种起源》的简要提纲要早七十多年。另外余姚人严西亭编《得配本草》，详述不同药物之间的配合使用，进一步创新本草配伍学。近代绍兴人何廉臣著《实验药物学》，他以中医传统药物学理论为主，旁参西医实验研究成果，结合临床用药心得，中西兼论，新义殊多。
其次，新增药物的创新。《本草拾遗》所引资料广博，收载新增药物近700种，较《新修本草》多出六倍有余，极大地丰富了本草学内容，其中还有许多博物学内容，如石油、碱的发现等。《本草纲目拾遗》是继《本草拾遗》后的又一部“拾遗”巨著，所参文献600余种，新增药品达716种，为历代本草“拾遗”之最，其中许多为国外药物，如金鸡勒、日精油等均首载于该书。
再次，本草制药的实践创新。《本草拾遗》中记载了飞法、升华法等实验方法。宋代钱塘人沈括与苏轼的《苏沈良方》首载秋石（激素结晶）的制备方法，这被英国学者李约瑟评价为中国古代科技的26项发明之一。后王逊在《药性纂要》中亦首次收录与阴炼、阳炼不同的另一种秋石制法。
从次，书籍及目录分类的创新。北宋浙江籍裴宗元、陈师文等人奉命校正撰写我国现存最早之官修成药药典——《校正太平惠民和剂局方》，该书对后世影响颇大，现今临床常用方剂多来源于此。元代周天锡撰《图经备要本草诗诀》，是我国现存最早的一部七言歌诀本草书籍。明代王纶《本草集要》在对药物进行分类时，其书中、下部采用双重分类法：即中部按草、木、菜、果、谷、石、兽、禽、虫、鱼、人分类；下部按气、寒、血、热、痰、湿、风、燥、疮、毒、妇人、小儿分类；且于下部分类之中，又按功效细分，形成二级分类，颇有特色，受到当时临床医生的普遍好评。清代姚澜以经络为纲，药品为目，编《本草分经》，其分类独具一格，在同类著作中有一定影响。
最后，浙江本草学者博采众长，厚积薄发，在继承前人智慧的基础上做出一系列的创造、发明，为中医药学的创新与发展提供新的活力和生机。
从唐代起，浙江本草学派学者学术上反虚就实，倡导“以实为宗”的新学风和经世致用的真学问，注重药物的临床应用与实地考察，著书立说，讲求实事求是，切合实际。
浙江本草学派医家所撰本草书籍，以实用为本，收录方药直指临床。五代末期，《日华子本草》便从临床实效出发，主要记载诸药之性味功效和附方，总结了当时许多医者的临床用药经验，可靠性强，对后世用药影响甚大，是一部著名的临床中药学专著。南宋王硕《易简方》因简、便、验的实用特点，流传颇广。同时期陈衍一改历代本草著作层层包裹、先后堆积之状，著节要性本草专著《宝庆本草折衷》，以满足临床用药需要，精练充实，为南宋本草佳作。张介宾《本草正》中所选之药皆为临床常用之品，尤重审辨用药宜忌，其药中“四维”观点，为后世医者提供重要参考。倪朱谟“遍游遐方，登堂请教”，博采彼时诸家用药经验和资料，撰成《本草汇言》，书中许多方药颇为实用。清代吴仪洛认为古之医家对药物主治以统言为主，析言较少，不近实用，故在《本草从新》中多有发明，而对一些常用药的特点，予以删繁就简地说明，以便后学。赵学敏《本草纲目拾遗》注重调查研究，收集了较多民间单方、验方、治法和当时传入的西方医药资料。张山雷深明药性，熟谙药理，见解独到，在《本草正义》中可窥见其辨证用药的指导思想，如张氏言《本经》《别录》中均无白术、黄芩为安胎圣药记载，自李东垣谓白术主安胎、张洁古有黄芩安胎之说后，后人误以白术、黄芩为安胎之必用，但两味药安胎机理各有不同，白术可益气健脾，黄芩能清热凉血，二者有别，不可一概而用。
此外，本学派医家还注重本草辨认之实用。《履巉岩本草》为现存最早的彩绘本草图谱，也是杭州地区第一部草药书，具有很强的地域性和实用性。该书一药一图，先图后文，绘图精美逼真、栩栩如生，野外辨认药物极为方便；书中之药皆生于杭州慈云岭一带，用药之时，无须旁求，随手可用，并附以单方百只，使“园丁野妇，皮肤小疾，无昏暮叩市之劳”。书中文字部分所载用法，或捣烂，或为细末，或茶清送服，皆是便民之法。
综上可知，浙江本草学派医家尤重药物临床应用，讲求实事求是，学以致用。
浙江本草学派学者善于从实践出发，独立思考，严于求证，对历代本草有选择性地进行吸收采纳，对其中尚有疑问或存有不同意见的观点，提出异议，去伪存真。
唐代陈藏器《本草拾遗》特列“解纷”3卷，以审辨真伪，纠正前代本草之误。如有关“桂”的药物品种讨论，提出“箘桂、牡桂、桂心，以上三种，并同是一物。板薄者即牡桂也，筒卷者即箘桂也。古方有筒桂，字似箘字，后人误而书之，习而成俗”；在纠正前代本草著作错误方面，如云“姜黄性热不冷，《本经》云寒，误也”。因该书在药物辨别上的突出成就，李时珍赞曰“历代本草唯陈藏器辨物最精审，尤当信之”。
清代吴仪洛《本草从新》非常重视药物真伪之辨析，加以细注，他针对当时药肆中盛行以假乱真，而数百年来无人起而指摘的现象，大胆指出此断不可行，并利用自己丰富的辨药经验，对易作假、易混乱的药物详尽地予以剖析鉴别，去伪存真，去劣留优。他主要从产地、形态、品种、炮制四个方面鉴别药物。如产地上，“人参，宁古台出者红光结实，船厂出者空松铅塞……而大戟，杭产紫者为上，北产白者伤人等”，即使同种药物，因产地不同，药性亦各有异，不可混合。
赵学敏重视药用植物的品种考证，他专举“正误”一文，对李时珍《本草纲目》中某些药物形态、主治禁忌等有误的记载进行改正。其或参诸家之论，或实地考察，或走访同行及普通百姓，认真考证。如对金锁匙的品种讨论，他指出：“草药有金锁匙，俗称金锁银开，乃藤本蔓延之小草也。土人取以疗喉症极验。又名马蹄草，非马蹄细辛也；马蹄细辛即杜衡。濒湖于杜衡条后附方，引《急救方》中之金锁匙，认为杜衡，误矣。”赵氏若对某药有疑，则悬而置之，不下断语，如“八角连”条下，按曰：“濒湖《纲目》有鬼臼，亦治毒蛇伤。郑樵《通志》云：八角盘，即鬼臼。今人所谓独脚连是也。或《粤语》类举其名，呼为八角连。未可知，附存俟考。”
清末民初，医药大家曹炳章对当时药肆为图盈利，以假乱真、以紫乱朱现象深恶痛绝，故在郑肖岩《伪药条辨》的基础上结合他自己的药物鉴别经验，编写了《增订伪药条辨》，以期纠弊。此外，曹炳章另有《规定药品考正》一书亦为纠正时弊而撰，该书六章内容皆旨在阐明辨别药物真伪的重要性，以及重视药物的修制与贮藏，这对中药的发展起到积极的推动作用。这些均体现出浙江本草学派学者实事求是，从严求证的学术作风。
浙江本草学派学者才思敏捷，广博多学，善采前人优秀成果，融入己意，赋予新说，因此学术争鸣较为活跃，但又有兼收并蓄态势。
首先，浙江本草学者既有对历代本草的精粹继承，又有对当代时贤的吸取采纳。如明代倪朱谟采集参引《本经》《别录》《唐本草》等40余种书籍，详加考订，发挥己见，独辟蹊径，汇集当时医药人士140余人的药学言论，其中多为一方名医的用药经验或其独到的理论见解，较之一般本草古籍更具生命气息，这在本草书籍中仅此一家。
其次，浙江本草学者既有对“某药主治某病”的继承，又有对药性、药理的探讨。金元之前，《新修本草》《日华子本草》《宝庆本草折衷》等皆以药物主治应用为主，几乎不言药理，不做深入理论探讨。然金元以后的本草学者不囿于此，进一步深入研究药物产生疗效之机理，常借他家之说进行阐释、论述。朱震亨《本草衍义补遗》除借助寻常性味以外，尤其重视各药的阴阳及五行属性，并以此推演药理，如“香薷，属金与水，而有彻上彻下之功，治水甚捷。肺得之，则清化行而热自下”。卢之颐《本草乘雅半偈》常以儒理、佛理、易理等以释药理，如玄参，“玄，正子半一阳将复之时也。非动非静，若显若匿，一点微芒，万钧之力。其味苦，已向乎阳；其气寒，未离乎阴，俨似少阴之枢象。参赞化育之元始，具备少阴之体用者也。主治功力与芍药相似……故令目明。”似上述对药性、药理讨论者，还有贾九如《药品化义》、张志聪《本草崇原》、仲学辂《本草崇原集说》等。
再次，既重视对经方、时方的继承和发扬，又强调对单方、验方、秘方的收录与应用。清代周岩《本草思辨录》、莫文泉《经方例释》，皆本《伤寒论》《金匮要略》，探源本草、经方之义。宋代名医裴宗元、陈师文等据彼时各地所献至太医局的医方，撰写《校正太平惠民和剂局方》，该书所筛录的时方，因质量颇高、疗效甚好，至今仍广泛用于临床。除经方、时方外，浙派本草学者亦注重单方、验方与秘方的收集与整理。南宋《履巉岩本草》中就收录了许多民间单、验方，后被明代胡濙、李时珍等引用。清代赵学敏在《本草纲目拾遗》《串雅内外编》中记载了大量的民间单方、验方、秘方，这些都是他们经过长期临床医疗实践所累积形成的，也属于中医药学经验的一部分。如《串雅内编》用紫花地丁治疗梦泄，“紫花地丁草捣为膏，贴脐上，立止”等。
从次，伤寒与温病、滋阴与温补用药风格的对立统一。浙派中医本草学派既有伤寒对危重急症“稳准狠猛”的治疗风格，也有温病“平和轻巧”的王道之风。此外，滋阴学派代表人物朱震亨提出阳有余阴不足论、相火论以及气血痰郁四伤学说，在用药上体现为以茯苓、生姜、陈皮、人参、半夏、白术、当归、川芎、白芍以及木香为主（除甘草外），与其重视健脾和胃、理气化痰、滋阴清热的学术思想基本一致。而温补学派代表人物张介宾倡导“阳非有余，阴亦不足论”，在用药上多用当归、茯苓、熟地黄、人参、陈皮、白术、白芍、干姜、泽泻、山药（除甘草外），这与朱震亨所用主要药物基本一致，可见张介宾在重视温补的同时，也十分注重养阴，强调阴液对人体的重要性，创立独特的养阴法则和方剂，如左归丸等。这形成了用药风格上你中有我、我中有你的对立统一态势。
最后，药食同源，以食疗病。南唐钱塘人陈士良，汇集前代本草中有关食物的药物，编成《食性本草》，是书新见虽少，却引领浙江地区后世学者以食疗病、以药入膳的新风尚。《武林旧事》等书记载南宋临安一带的街巷贩卖香薷饮、紫苏饮等本草食饮的情景。高濂《遵生八笺·饮馔服食笺》指出日常饮食中应注意的各种问题，提出饮食的同时，也讲究饮食规范。清代袁枚《随园食单》一书也促进了食疗的发展。海宁人温病大家王孟英深知饮食对人生之重要，认为“国以民为本，而民失其教，或以乱天下。人以食为养，而饮食失宜，或以害身命。卫国、卫生，理无二致”，故收集日常饮食品种330种，编著《随息居饮食谱》，对各类食物的性能，及其医疗用途、食疗功效等内容予以详述，此书在同类食疗本草著作中影响颇大。
本草学派医家擅用单方、验方治病。裴宗元、陈师文等在《局方》中所收的方剂除前人有效名方外，还有当时医家之经验方以及“鬻药之家”与“陈献之士”的方剂，这些都是临床用之有效，质量颇高的验方、秘方。南宋王介《履巉岩本草》也收载不少杭州地区的民间验方，如“飘摇豆。性凉，无毒。大能活血，明眼。不以多少，晒干为细末，每服壹钱至贰钱，浓煎甘草汤调服”。明代《本草汇言》亦有收载，如其在“白芍药”条下引“妇医郭怀山方：治产后血虚发热。用白芍药、熟地、牛膝、姜灰、麦门冬、川续断、北五味”，“白芷”条下引“越医施溥生方：治乳痈结核。用白芷、乳香、没药、瓜蒌、蒲公英、归尾”等。
吴仪洛《成方切用》中亦有单方、验方治病的记述，如参乳丸用人参末、人乳粉等分蜜丸，大补气血。其言：“人参大补元气，人乳本血液化成，用之后交补气血，实平淡之神奇也。”又如用麦门冬汤治水溢高原，肢体皆肿。用参术膏（人参、白术等分，水煎稠，汤化服之）治中气虚弱，诸药不应，或用药失宜，耗伤元气，虚证蜂起。吴氏谓姜茶饮“茶助阴，姜助阳，使寒热平调，并能消暑，解酒食毒。此方用之屡效，勿以平浅而忽之也”。
赵学敏《串雅内外编》中收方680首，内服349首，以丸、散剂为主，其中许多是单方、验方。如用“火硝、青黛、川芎、薄荷为末吸鼻”治疗风热头痛，用“大蒜头、僵蚕研末搐入鼻内”治风寒头痛，用“五倍子研末外敷脐上”治盗汗，用“郁金末涂乳上”治自汗。又有“小儿误跌或打着头脑受惊，肝系受风，致瞳仁不正，观东见西，观西见东。取石楠、藜芦、瓜藤为末，每吹少许入鼻，一日三度，内服平肝药”等。
陈藏器的《本草拾遗》虽为药物学专著，但他善用外治疗法，独树一帜地记载了各种物理疗法，如用温泉、沙浴疗法及化学方法治疗外科疾患。他不仅探讨了矿泉水温形成原因，进而指出：“硫黄主诸疮病，水亦宜然。水有硫黄臭，故应愈诸风冷为上。”他沿用东汉时期温泉疗疾的治疗手段，将疮疡一类外科疾患作为温泉浴疗法的主要适应证。陈氏在“六月河中热沙”条中，记录了运用沙浴疗法结合药食调养以促使病愈，云：“主治风湿顽痹不仁，筋骨挛缩脚疼，冷风掣瘫缓。取干沙日暴，令极热，伏坐其中，冷则更易之，取热彻通汗。”这种沙浴疗法现在民间仍有应用；且指明采用沙浴疗法时，要以“热彻通汗”为度，随病进药，并注明禁忌。另外，陈氏在“草蒿”条下还运用了化学治疗法，云：“草蒿烧为灰，纸八九重，淋取汁，和石灰，去息肉黡子。”这是将无机碱的腐蚀作用用于息肉治疗的典型案例。
王介的《履巉岩本草》载有许多民间药物的外治疗法。草血竭条“性平，无毒。治打仆伤损有血者，用少许捣烂贴之，其血遂止”，接骨草“一名蒴藋。味酸，温。有毒。主风瘙瘾疹身痒，湿痹，可作浴汤。治小儿赤游，行于身上下，至心即死者，用接骨草煎汁洗之”。
倪朱谟《本草汇言》所录外用方数不胜数，既有前代医家沿用之外用方，亦有彼时江浙一带医家所创之方。如艾叶，“集方”项下，“陆氏方：治鹅掌风癣。用陈艾四两，水四碗，煮十余滚，连艾并汤入瓶内，用麻布二层缚瓶口，将手心放瓶口上熏之，如汤冷再热，如神。谈氏方：治妇人面疮，名粉花疮。以定粉五钱，菜子油调，涂碗内，用艾一二团，烧烟熏之，候烟尽，覆地上一夜，取出调搽，永无瘢痕，亦易生肉”。
赵学敏《串雅外编》中运用外治方法97条，包括针、灸、蒸、熏、点、贴、熨、洗、吸、杂等法。杂法门有扎指、坐药、绑、塞、钓等法。如《串雅外编·杂品门》载：“用乳香、没药、花椒、硫黄各一钱，水银三钱（用唾研如泥），麝香三分，蛇床子（炒）五钱，大枫子（去壳）二两，共研碎，臼油烛或油胡桃作丸，擦疥疮神效。”此外，他对当时民间流传的危重症急救方法进行记录和整理，如休克、溺水、脑破、外伤性昏迷、肠出重症等，共计26条。其“急取葱心，刺入鼻孔，男左女右，入七八寸”治疗卒中恶死，用“半夏末，冷水和丸，纳鼻中”治疗产后晕厥等，这些方药均治以外用，急治其标。《串雅外编》中也有内外相扶方的记载，体现了赵氏“内外结合，使病早愈”思想。如外用“附子为末，醋调成膏，贴涌泉穴上，然后内服六味汤与之”治疗咽喉痛，以“甘遂末涂腹，绕脐，令满，内服甘草”治疗皮肤水肿、疼痛，外用“蓖麻子草煎煮温敷，内服疏通活血之剂”治疗风湿瘫痪等。这些散在民间的外治经验，对后世影响较大。
金元以来，浙江本草学派医家在遣方立法上尤重气血。金华义乌朱震亨历来被认为是滋阴派医家代表，从其用药的组方规律看，他在祛湿化痰时以行气为先。朱氏方剂中高频药居第一位的陈皮，功效为理气祛湿化痰，与之配伍较多的药物有半夏、茯苓、苍术、厚朴等，主要涉及方剂二陈汤和平胃散，强调健脾益气、燥湿和胃，是治疗痰湿为病的关键所在。此外朱氏养阴之法重在补血，常用的补血药有当归、白芍，而清热凉血药有生地黄，三药合用能养阴补血，既可用于外感热病伤阴，也适用于内伤杂病阴血耗损。配伍成方，补中有清，补中有行，行中有敛，可与不同药物组合，以适应复杂病情。
明代张介宾临床非常重视人体精血，力倡“凡欲治病者必以形体为主，欲治形者必以精血为先”的治则。其临床常用药物当归、熟地二味，一则补血，一则补精，二药相须配伍，可生新血、滋阴精，精血同滋，能培补肾中元阴元精。该药临床应用广泛，可治多种疾病，居张氏常用药对之首。
王纶《本草集要》中论药用药重在调和气血，书中关于气血的论述颇为丰富，如“气血昏乱，服之即定，能使气血各有所归”，从气血角度理解当归的命名，并就其治血偏重不同进行阐述：“头止血，身和血，尾破血。”又如人参“治亡血脉虚，以此补之者，谓气虚血弱，故补其气而血自生，阴生于阳，甘能生血也”，对人参补气以养血的功效机理进行论述。参照王纶《明医杂著》可了解到他对气血痰瘀的认识全面而深刻，并最早明确提出以气、血、痰、郁为朱震亨的杂病纲领。所谓“气血冲和，万病不生”，《本草集要》从气血论病因病机，对应于药物的功效主治，以药性之偏纠气血之偏，从根本上探讨疾病、药性，以及两者之间的关系，可以说切中肯綮。
清代吴仪洛受易水学派影响，十分强调气血的重要性。他指出：“人有阴阳，即为气血。阳主气，故气全则神旺；阴主血，故血盛则形强……而大虚者防滑脱，故次涩固。”吴仪洛认为，“上有膻中之气，通呼吸摄诸气，以主一身之治节……气聚则生，气散则死，医欲活人，当先说此”，他针对气病制订出治气五法：一曰转气通阳法，二曰益气调脾法，三曰升阳举陷法，四曰平气降逆法，五曰补气固脱法。对所治之证及所用方药均详细列述。吴氏认为：“血生化于心，总统于脾，藏受于肝，宣布于肺，施泄于肾，灌溉一身……此盈虚性用之机，苟能察其精义，而治得其宜，又何血病之虑！”对于血病，吴氏议方立法有四：一曰清热凉血法，二曰行滞消瘀法，三曰涩血固脱法，四曰补血调虚法，亦对所治之证及所用方药详而述之。总之，吴仪洛治气理血法则，论证精辟，选方适当，对临床很有指导意义。
浙江本草学派学者对药物炮制非常讲究，药物炮制历史悠久。唐末五代时，宁波人日华子对药物炮制记述颇详，注意到炮炙与药效之间的联系。书中炮炙方法有炒、微炒、捣炒、淬、飞、烫、蒸、煮诸法，虽是同一药味，但因炮炙方法不同，功用也有差别。如“卷柏，生用破血，炙用止血”“青蒿子明目开胃，炒用；治劳，小便浸用”“王瓜，润心肺，治黄病生用；肺痿、吐血、肠风泻血、赤白痢炒用”等。宋代《宝庆本草折衷》一书也收载不少药物的炮制方式。
张介宾《本草正》载有炮制内容的药物共97种，涉及122种炮制方法。书中有关炮制的理论有解毒理论、炒炭存性理论、辅料作用理论（如酒、姜、醋等）等，多个药物还采用“因病殊治”的炮制方法，即采用不同的炮制方法改变药性，以促进药物新功效的产生，达到治疗不同病症之目的，这亦是中医临床用药的特点之一。另外张氏就炮制工艺及标准亦有收载。炮制工艺方面，如对炮制所需时间、火力、辅料用量等均有要求；就中药炮制品的质量标准方面也有描述，如炒法，杜仲“用姜汁或盐水润透，炒去丝”等。这些炮制理论、方法、工艺和质量标准，直到今天，仍有非常高的指导意义。
吴仪洛《本草从新》对药物加工炮制提出了精辟见解。书中汇集了大量的古代炮制文献，介绍炮制方法、炮制原理、工艺要求、质量标准、炮制禁忌等。炮制原理方面，吴氏多从中医基础理论出发，将性味归经、阴阳五行、升降浮沉等药性理论应用于炮制实践来加以阐述。如因病施制、引药入经、炒炭止血、纠正偏性、解毒减毒、分部位入药等。炮制方法上，主要有净选加工、切制粉碎、炮炙法、一药多制等。净选加工，包括除去非药用部位、清洗、浸泡等，如甘草、桔梗、何首乌等须去根皮；切制粉碎，如对黄芪、天麻等药材进行切片；炮炙法中有清炒、加辅料炒、蒸、煨、煅、焙、曝、炮、去油制霜、干馏、发酵、发芽等诸法。一药多制中，即采用多种方法炮制药物，如黄连可用猪胆汁炒、酒炒、姜汁炒、盐水炒、黄土炒、吴萸汤炒、醋炒；也有多道工序炮制药物，如肉苁蓉“酒浸一宿，刷去浮甲，劈破，除内筋膜，酒蒸半日，又酥炙用”。另外还有对炮制工艺要求、炮制品质量标准、炮制禁忌等的记载。
余如《本草集要》《药镜》《得配本草》《本草害利》等书也有许多炮制内容，在此不做赘述。
《日华子本草》对药物“有相制使”的论述很详。600余味药物中，70多味具有“畏恶相反”内容。例如天门冬，贝母为使；车前子，常山为使；大戟，赤小豆为使；消石，畏杏仁、竹叶；芎䓖，畏黄连；天南星，畏附子、干姜、生姜；牡丹，忌蒜；菖蒲，忌饴糖、羊肉；等等。这些药物畏恶相反内容被宋代《嘉祐本草》引用。
南宋《宝庆本草折衷》，每药后多有配伍宜忌内容。如附子，“地胆为使；恶蜈蚣，畏防风、黑豆、甘草、黄芪、人参、乌韭、生姜。尤忌灰”，又如半夏，“射干、柴胡为使；恶皂荚，畏雄黄、生姜、干姜、秦皮、龟甲；反乌头，忌羊血、海藻、饴糖。又与白矾相宜”。
《本草集要》不仅就药论药，更强调药物配伍。其言当归“在参、芪皆能补血，在大黄、牵牛皆能破血，从桂、附则热，从硝、黄则寒”；厚朴“与枳实、大黄同用能泄实满，是消痰下气也；与橘皮、苍术同用，能除湿满，是温中益气也”；大黄“得芍药、黄芩、牡蛎、细辛、茯苓，疗惊恚怒，心下悸气；得硝石、紫石英、桃仁，疗女子血闭”。在中医辨证施治思想指导下，根据病症需要，配伍用药，以达到减毒、增效、调控药物作用方向的目的。
清代严洁、施雯、洪炜深谙单味中药及多味中药间的配伍运用，他们共同编著药物配伍专著《得配本草》，意在使医者能明“得一药而配数药，一药收数药之功；配数药而治数病，数病仍一药之效”。如“玄参……恶黄芪、干姜、大枣、山茱萸，反藜芦。微苦，微寒。入足少阴经。清上焦氤氲之热，滋下焦少阴之水。治伤寒沉昏身热，疗温疟寒热发颤（战），退无根浮游之火，为清肃枢机之剂。得花粉治痰结热痈；配大力子，治急喉痹风；配甘草、桔梗，治咽喉肿痛；配升麻、甘草，治发斑、咽痛；佐二地（生地黄、熟地黄），除阴虚火动；煮猪肝，治赤脉贯瞳；研末，敷年久瘰疬，塞鼻疮”，临床依此应用，确有良效。另外，《得配本草》对中药的畏、恶、反、使的记载颇为详细，在每味中药名称之下先行标明，认为凡药有利必有害，特载禁忌于药名之后。例如“黄芪，茯苓为之使。恶白鲜皮、龟甲”“人参，茯苓、马蔺为之使，畏五灵脂。恶皂荚、黑豆、卤碱、人溲。反藜芦。忌铁器”“淫羊藿：一名仙灵脾。得酒良。薯蓣、紫芝为之使”等。这些药物的配伍宜忌均系作者临证实践而得，并通过互相研讨、辨析甄别后下笔，议论精当，丰富了中药学、方剂学的内涵，实为药物配伍学之典范。
清代浙江本草学派医家赵学敏，汲取民间医生（走方医）治疗经验而著《串雅内外编》，书中记载的给药方法多样，有敷、贴、洗、擦、浴、蒸、醉、针刺、艾炎、割开、麻醉、吹喉、探吐、塞耳、踏坐、灯照、磁吸等；剂型丰富，有丹剂、粉剂、锭剂、膏剂等；制剂基质方面，有酒、醋、乳汁、唾液、童便、胆汁、蜜、米、面、油、葱汁、水浸取汁等。赵氏擅长“以毒攻毒”，其处方中含雄黄的有51方，含朱砂的有29方，含轻粉的有19方，含水银的有7方，含巴豆的有18方，含蟾酥的有15方，含硫黄的有13方。余如黄丹、白砒、斑蝥、藤黄、大枫子、黑铅、番木鳖、牙皂、黄药子、生半夏、生乌头、闹羊花等有毒药物均有应用。如治疗痈疽、杨梅疮的王宝霜，方含水银、朱砂、雄黄、白矾、绿矾，文武火炼成升药，用时加乳香、没药粉，撒太乙膏外贴，并告诫“万万不可多用、乱用，务宜慎之”。
赵学敏对于药食配合治病也有心得。《串雅外编·食品门》收载了12条药食配合疗病方，如患病久不愈者，用“猪肺一个，萝卜子五钱（研碎），白芥子一两（研碎），五味调和，饭锅蒸熟，饭后顿食之，一个即愈”；“萝卜子十四粒研末，以人乳和之，左痛点右鼻，右痛点左鼻”，治疗牙痛；“木鳖仁六个（研泥，分作二分）；面烧饼一个（切作两半）。只用半饼作一窍，纳药在内，乘热复在病患脐上”，治疗噤口痢；“猪油、黄白蜡调匀入银朱，敷之”，治疗手足皲裂等。这些疗法具有取材容易，制作方便，可长期应用的优点，具一定的参考价值。
从用药特点看，浙派本草医家非常注重因地制宜。浙江地处亚热带区域，具多山林、多水湿、多炎热特点，因此在药物治疗上喜用质地轻清的生品药、鲜品药、香草药、药露及药汁。概因寒凉之鲜药较干品偏凉偏润；气醇香烈之鲜药较干品味浓力峻；而药汁鲜纯，其生津润燥之性强于干品而又不滋腻；药露集药之精华，吸收好见效快。故临床用药，多用轻灵之品，认为清鲜药轻可去实，有四两拨千斤之效。这也与畲医临床惯用鲜品的特色不谋而合。
明代张介宾《景岳全书·古方八阵·因阵》中，治一切劳瘵痰嗽，声哑不出，难治者，服之神效，用鲜竹衣、竹茹、鲜竹沥、麦冬、甘草、橘红、白茯苓、桔梗、杏仁、鲜竹叶煎服。清代雷丰《时病论》载温病治疗三法，即清热保津法、凉解里热法、祛热宣窍法。举例而言：清热保津法，方以鲜石斛、鲜生地、麦冬、连翘、天花粉、参叶等组成，其中鲜石斛、鲜生地可滋中下焦之阴，并具保津之功；凉解里热法，方以鲜芦根、大豆卷、生石膏、生甘草组成，用治温热内蕴及暑温、冬温之证；祛热宣窍法，方以川贝、连翘、犀角、鲜菖蒲组成，治温热、湿温、冬温之邪证，鲜菖蒲独具清营开窍之功。
浙派本草学者中尤以赵学敏记载鲜品、生品、制露及药汁最为详细，他在《本草纲目拾遗》中提出“凡物之有质者，皆可取露，露乃物质之精华”的观点，认为露皆可以蒸法获取，如“金银露：乃忍冬藤花蒸取，鲜花蒸者香，干花者少逊，气芬郁而味甘，能开胃宽中、解毒消火，暑月以之代茶，饲小儿无疮毒，尤能散暑。……薄荷露：鲜薄荷蒸取，气烈而味辛，能凉膈发汗，虚人不宜多服。……米露：以新鲜白米，勿用陈久者，蒸取，色白气清，如莲花者，大补脾胃亏损，生肺金。……梅露：鲜绿萼初放花采取蒸露，能解先天胎毒”，共列各种药露22种；并列药汁70余味，如藕汁、芦根汁、白菊根汁、雨前茶汁、残茶汁、金锁银开汁、白毛藤汁、扶桑花汁、山海螺汁等，鲜药汁可单服或合米汤、合药服、合酒服、合醋服等，不一而足。