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神经系统疾病的诊断一旦确立，下一步骤就是辨明疾病的病因或进行定性诊断，定性诊断的一般步骤如下。
（1）回顾病史是确定病因的第一步，患者的过去病史可能包含病因的线索。患者曾罹患的疾病如高血压、糖尿病、心脏病、癌症和艾滋病等都可能与某种神经系统疾病谱有关；许多药物可产生神经系统不良反应，酒精滥用可导致神经系统异常；家族史可能提示遗传性疾病等。
（2）病程是追寻病原学的重要线索，如脑卒中、癫痫发作、晕厥症状可在数分钟内演变；变性疾病和颅内肿瘤呈进展性病程，症状和体征不缓解；炎症性和代谢性疾病病程可有波动性变化等。
（3）先辨明病原学分类，再确定病因。病原学分类包括脑卒中如脑梗死、脑出血或蛛网膜下腔出血；感染性疾病如细菌性脑膜炎、脑脓肿、病毒性脑炎等；变性疾病如阿尔茨海默病、亨廷顿（Huntington）病、帕金森病、肌萎缩侧索硬化等；发育异常疾病如Arnold Chiari畸形、脊髓空洞症；遗传性疾病如肌营养不良等；免疫性疾病如多发性硬化、吉兰-巴雷综合征、重症肌无力等；代谢性疾病如低血糖或高血糖性昏迷、糖尿病性神经病、肝性脑病等；肿瘤性疾病如胶质瘤、转移癌、淋巴瘤、副肿瘤综合征等；营养性疾病如Wernicke脑病、脊髓亚急性联合变性；中毒性疾病如酒精依赖等；创伤性疾病如硬膜下或硬膜外血肿等。
（4）有些临床综合征可能有多种病因，但要记住一条原则——“常见的疾病通常是常见”，应首先考虑常见的疾病，再与罕见疾病鉴别，还需考虑疾病固有规律，如多发性硬化常见于20～40岁女性，北欧家系易罹患等特点。