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章太炎也并非在所有论著中都对曾国藩持批评态度。1913年，他因不满袁世凯日渐专权，被后者软禁于北京。他痛定思痛，回顾辛亥革命以来的政局，思考为何革命之后的中国不能建立起良好的政治秩序。这些思考所得收录于《訄书》的第三次改订本《检论》之中。在《近思》中，章太炎认为虽然世人常称袁世凯有专制之心，但其实按照中国传统政治准则来看，袁世凯根本称不上有能力之人。他既不能行仁政以换取民心，也不能明刑法以整肃朝局，属于典型的德不配位。
为了证明这一点，章太炎就以曾国藩、左宗棠为例，分析他们二人如何崛起。他指出：
曾、左知失民不可与共危难，又自以拔起田舍，始出治戎，即数为长吏牵掣，是以所至延进耆秀，与共地治，而杀官司之威。民之得伸，自曾、左始也。平生陕迫，喜修小怨。既得志，始慕修名；渐忍性为大度，赏劳举功，未尝先姻私。位至将相，功名已盛，而国藩家人络纬堂居，不改先畴题署；宗棠身死无羡财，终身衣不过大䌷，食不过一肉，时时与人围棋宴游，或具酒肴，杂以茶荈，言谈时及载籍文辞，恢啁闲之，其山泽之仪不替也。故其下吏化之，不至于奸。初政十年，吏道为清矣。
在章太炎看来，曾国藩与左宗棠之所以能名震一时，关键在于他们生长于中国农村社会，比较了解民间疾苦，掌权之后主动采取一些有助于伸张民气、疏解民怨的举措。此外，他们在政治生涯里一直保持乡里本色，在当时的官场中显得朴实无华，乃至影响身边的人，使其在官场上有所收束。当然，从后见之明来看，章太炎所谓“民之得伸，自曾、左始”之论，置诸历史情境，略有夸张之嫌。不过值得注意的是，章太炎虽对曾国藩等人有所肯定，但其立意与晚清士绅阶层的普遍看法并不一致，即不从曾国藩如何恪守儒家君臣之道、学术上如何兼采汉宋等角度立论，而是认为他之所以能够身居高位，恰恰是由于保留了乡土本色，这与晚清铺张奢侈、政以贿成的风气形成鲜明对比，更是袁世凯等人所不能及的。辛亥革命前夕，章太炎发表《诛政党》一文，剖析清季各派政治势力，认为：“天下之至猥贱，莫如政客。挽近中夏民德污下，甚于皙人，故政之猥贱尤甚。”
辛亥革命后，目睹一系列政坛纷争，章太炎探其根源，指出清末政治风气已是“贿积于上，盗布于下，民怨沸腾”。
在此背景下，曾国藩等人稍显朴实无华，略具乡土本色，已属难能可贵。
虽然章太炎面对具体政治环境常有不同的意见和主张，但在基本政治立场上，他自始至终最为明显的一点就是反对帝国主义在政治、经济、文化领域侵略中国，维护中国的领土完整与主权独立。他一度与孙中山等人关系不洽，除了光复会与同盟会之间的纠纷，就是因为他认为孙中山不断尝试借助帝国主义列强的力量来实现其政治主张是有问题的。时至20世纪20年代，他之所以主张联省自治，也是担心由北洋集团控制的中央政府会利用其职权干卖国勾当。甚至在公开发表的论著中，除了戊戌年间因不明世界大势而误作孟浪之论，认为联日有助于挽救时局，他一贯秉持批判帝国主义的立场，不像梁启超那样虽然反对帝国主义侵略，却时常对白种人的殖民世界持仰慕态度。这一点是章太炎和其他同时代大多数知识分子最为不同之处。
正是在这个意义上，章太炎不会给予曾国藩过高的评价。1925年1月，章太炎在《华国月刊》撰文，借分析秦蕙田的《五礼通考》来评价曾国藩。他认为，曾国藩曾被鸦片战争期间的主和派穆章阿提拔，所以“和戎之议，牢持于其心”。在镇压太平天国运动时，“国藩张大秦氏，卒藉戈登兵以拔苏、松，其辱国有甚于和亲者。其后郭嵩焘之徒，乃诚以桧（秦桧）为明哲，此亦未足异也”。就此而言，曾国藩实有“招戎以轶中国”之罪。总之，曾国藩虽喜读《五礼通考》，但却忘记了儒家的夷夏之辨，在西方列强面前“始终屈节”。
为了剿灭太平军，他甚至支持英国殖民者戈登组织洋枪队，借助列强兵力来镇压农民起义。在章太炎眼里，曾国藩在西方列强面前如此软弱，而且挟洋自重，屠杀本国民众，根本不能算合格的儒者。
回到历史现场。曾国藩办团练之初即撰《讨粤匪檄》表明心志。他以儒家纲常伦理为号召，宣称太平天国提倡拜上帝教是对孔孟之道的亵渎。
但在章太炎看来，太平天国的性质并非如曾国藩所言那样，它体现了对满洲统治集团的冲击，是中国民众爱国思想的表现，堪称清末革命党之先驱。而曾国藩为了对抗太平军，让西方殖民者组成军队参与作战，从近代民族主义的立场来看，这实属引狼入室之举，并且开启后来各地军阀常常借助列强势力来进行国内战争之先河。很明显，章太炎对儒家的诠释是在近代国家建设的维度下来进行的，儒家学说不应成为那些有悖于近代国家建设行为的护符，不能自外于近代救亡图存的大潮。儒学伦理准则的发扬光大是建立在作为儒家创生之地的中国于列强环伺局面下得以生存之前提上的。
说起儒学，曾国藩堪称晚清理学名臣之翘楚，章太炎却对清代理学评价不高。因此，是否可以认为章太炎出于“反理学”的角度而批评曾国藩？这涉及章太炎如何理解程朱理学。他认为明清两代统治者将程朱理学奉为官学，皇帝斥责大臣时不再常拿朝廷律令来说事，而多以理学思想为利器，动辄斥责大臣不遵守天理，使自己成为道德判官，将后者置于道德审判台前。由于理学话语具有高度主观性，因此皇帝能够随时凭自己好恶来控制大臣，使后者处于战战兢兢、动辄得咎的状态。流风所及，清朝雍正皇帝很少以法律条文责人，而喜用理学话语呵斥臣民，将被呵斥者贬为违背圣人之道的败类，使之备受精神压力。
章太炎对作为官学的理学常持批判态度，此乃根本原因。
不过，在社会伦常层面，章太炎却对程朱理学有另一番评价。在发表于1910年的《思乡原》中，章太炎认为相比于刻意装扮成狂狷之态以欺世盗名者，恪守儒家伦理、秉持庸言庸行、处世不悖常道的理学之士更有助于促进良好的社会道德风尚。具体言之：
乡原者，多持常训之士，高者即师洛、闽。洛、闽之学，明以来稍敝蠹，及清，为佞人假借，世益视之轻。然刁苞、应
谦、张履祥辈，修之田舍，其德无点。至今草野有习是者，虽陋，犹少虘诈。大抵成气类则伪，独行则贞，此廪廪庶几践迹君子矣！虽有矫情，未如饰狂狷者甚也。属之以事体，而无食言，寄之以财贿，幸而无失，期会无妄出入，虽碌碌无奇节，亦以周用。
在这里，章太炎把乡愿与理学结合在一起，认为后者所主张的日常伦理规范很大程度上形塑着前者的行事风格。理学作为官学自然有不少弊端，并且易于被伪儒假借，但理学的洒扫应对之道却并非一无是处。相较狂狷的夸饰，体现程朱理学色彩的乡愿反而能够慎独其身，不越绳尺，践行社会基本道德，维持日常秩序。而这一点，某种程度上也正是处于时代思潮激荡、社会戾气横行的中国所最为需要的。因此他声称：“是故辅存程朱者，将以孳乳乡原，上希庸德，令邑有敦诲之贤，野有不二之老，则人道不夷于鹑鹊，利泽及乎百世，非欲苟得狂狷，为史书增华也。”
因此，章太炎并非因反对理学而批评曾国藩，说到底，是由于他具有坚定的革命立场与反帝思想，认为曾国藩在政治上是清政府的同路人，是与西方列强互相勾结的祸首，其秉持的理学，是作为官学来为清政府服务的学说，是投清朝统治阶级所好的工具，相比清代汉学，本无多少学术创建可言。就此而言，离开对章太炎政治思想的分析，将很难理解他对曾国藩如此这般评价的意义何在。