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收录于重订本《訄书》的《清儒》是章太炎分析清代学术流变的代表作。他在其中极力表彰清代汉学的重要意义，特别是清代汉学家的治学之道，“夷六艺于古史”，使人们可借助其成果来研究“上世社会污隆之迹”，既能“明进化”，又能“审因革”。
而对于清代理学，章太炎则认为“竭而无余华”，即缺少创获。
在收于该书的《别录乙》中，章太炎剖析魏裔介、汤斌、李光地等宗尚理学之士在清廷的沉浮，着重刻画他们早已忘却儒家的夷夏之辨，千方百计取媚清朝皇帝，其行为常流于虚伪。清朝皇帝虽然对此心知肚明，却经常利用他们来标榜自己尊崇孔孟之道。所以康熙尝言：“知光地（李光地）者莫若朕，知朕者亦莫若光地。”对此，章太炎评价，同样是道学家，但“宋明诸儒多迂介，而清儒多权谲”
。
对于曾国藩，章太炎亦从这个角度来进行评价。在《杂志》中，他指出：
曾国藩者，誉之则为“圣相”，谳之则为“元凶”。要其天资，亟功名善变人也。始在翰林，艳举声律书法，以歆诸弟。稍游诸公名卿间，而慕声誉，沾沾以文辞蔽道真。金陵之举，功成于历试，亦有群率张其羽翮，非深根宁极，举而措之为事业也。所志不过封彻侯，图紫光。既振旅，未尝建言持国家安危，诚笃于清室之宗稷者邪？方诸唐世王铎、郑畋之伦……死三十年，其孙广钧曰：“吾祖民贼。”悲夫！虽孝子慈孙，百世不能改也。
在这里，章太炎认为曾国藩有以下几个特点：首先，学无定向，投机取巧，渴望声誉，根据不同的需求来改变自己的学术倾向；其次，他的所谓不世之功，很大程度上是靠湘军诸将领长期征伐来实现的，本人并无多大贡献，所谓一将功成万骨枯是也；最后，他醉心功名，十分希望得到清廷的认可，因此热衷于借军功来换取高官厚禄，对国家安危却无所建树，章太炎将其比作唐末镇压黄巢起义的高官王铎与郑畋，其意便是强调曾国藩虽然颇为积极地支持清政府镇压太平天国起义，但依然不能挽救清朝的衰亡，就像王铎与郑畋二人不能阻止唐王朝的覆亡一样。在戊戌变法期间，章太炎曾与曾国藩的孙子曾广铨合作翻译了英国社会学家斯宾塞的文集，二人关系颇为紧密。所以在这里，章太炎或许是为了增加其立论依据，遂借用曾国藩的另一位孙子曾广钧“大义灭亲”式的评价，指出曾国藩实为“民贼”。
当然，章太炎认为曾国藩醉心功名、渴望声誉，其实也与他当时对儒家弊病的批判息息相关。他说：“孔教最大的污点，是使人不脱富贵利禄的思想。自汉武帝专尊孔教以后，这热衷于富贵利禄的人，总是日多一日。”
“用儒家之道德，故艰苦卓厉者绝无，而冒没奔竞者皆是。”
曾国藩既然被世人称颂为今之大儒，那么也难逃儒家所固有的这些毛病。
在贬低曾国藩的同时，章太炎高度评价太平天国起义。1906年，他为黄世仲编写的《洪秀全演义》作序，认为“微洪王，则三才毁而九法
”。在章太炎看来，“洪王起于三七之际，建旗金田，入定南都，握图籍十二年，旂旄所至，执訉获丑，十有六省，功虽不就，亦雁行于明祖。其时朝政虽粗略未具，而人物方略，多可观者”。
在革命党中，平民出身的孙中山曾回忆从小在家乡听闻过不少太平军的事迹，因此在他的革命话语里，太平天国有着颇为重要的地位，被视为推翻清廷统治的先驱。可是章太炎的情况却不一样。他出身于江浙士绅家庭，虽然其祖父章鉴曾担任太平天国基层政权的乡官，但毕竟整个江浙士绅阶层大体上很少正面评价太平天国，特别是曾国藩还是章太炎之师俞樾的座师，因此章太炎这样评价洪秀全，在当时的士绅阶层里堪称异类，也凸显他的革命立场何其坚定。而依据章太炎对洪秀全的评价，亦可理解他为何如此贬低曾国藩。
在革命阵营里，章太炎认为刘师培是自己难得的学术知己。和章太炎一样，出身于经学世家的刘师培也比较重视通过评价清代学术与政治来唤起人们的革命之志。因此，透过刘师培的相关言说，可以进一步看到章太炎观点的意义。在发表于1906年的《清儒得失论》中，刘师培从立身行事与政治立场的角度分析清代学术流变，表彰那些不与清廷合作的笃行之士，批判那些借学术以干禄的热衷之辈。关于曾国藩，刘师培指出：“曾国藩从倭仁游，与吴、潘、邵、朱友善。又虑祁门诸客，学出己上，乃杂治汉学，嗣为清廷建伟勋。”
在他的笔下，曾国藩亦为善于投机之徒。因此，其学术旨趣无非投清廷所好而已。刘师培认为，在清代，“校勘、金石，足以备公卿之役，而不足以博公卿之欢；词章、书翰，足以博公卿之欢，而不足以耸公卿之听；经世之学，可以耸公卿之听，而不足以得帝王之尊。欲得帝王之尊，必先伪托宋学以自固”，所以，“治宋学者，上之可以备公辅，下之可以得崇衔”。
通过对以曾国藩为代表的清代宗尚程朱之士的指摘，刘师培从学术上否定了清朝的文化正统性。毕竟，彼时真正学有心得、行有所止之“君子儒”，多自晦行迹，不与清廷合作。他们的苦心孤诣，唯有今之革命党方能光大并实践。
总之，在章太炎与刘师培那里，革命党不再是绿林草莽形象，而成为清代“君子儒”在政治上的继承者。清代汉学除了其学术上不可磨灭的地位，更有传承源自明清之际诸大儒的革命思想之功绩。
进一步而言，为了更好地明晰章太炎的这些思想特点，或许可以拿他在清末的主要论战对手梁启超来作比较。章太炎的重订本《訄书》初版于1904年。当时，梁启超也在《新民丛报》上陆续发表名震一时的《新民说》。1903年梁启超赴美游历参观，这给了他一个近距离观察资本主义政治与经济体制的机会。在美国，他看到了作为垄断资本主义产物的托拉斯想方设法剥削工人、挤压中小企业，也看到了美国政党政治中贿赂公行、劣币淘汰良币的弊病，这让他开始反思近代资本主义是否真如想象中那般美好。更为重要的是，梁启超在美国的唐人街看到当地华侨极度缺乏组织能力，如散沙一般，彼此间很难团结在一起，显得政治能力十分低下。
这些观察让梁启超颇为困惑，开始反思是否应该在中国宣传资本主义民主，自此他转而宣扬“开明专制”，认为在中国民众政治素质得到提高之前，需借此法维持局面。
与之相关的，就是梁启超放弃了先前一度颇为同情革命的态度，认为革命党的宣传是有破坏而无建设，会刺激那些无道德之人趁乱生事。
因此，从美国回到日本后，梁启超发表了《论私德》，强调私德对于从事政治活动的重要性，并抨击那些大谈破坏之人缺少私德。而在他看来，要想培养良好的私德，需从儒家传统里汲取资源。其中，曾国藩十分适合作为进德修身的榜样：
无道德观念以相处，则两人且不能为群，而更何事之可图也……彼其事业之成，有所以自养者在也。彼其能率厉群贤以共图事业之成，有所以孚于人且善导人者在也。吾党不欲澄清天下则已，苟有此志，则吾谓曾文正集，不可不日三复也。
正是基于这样的考虑，1905年梁启超编纂《德育鉴》。在该书末尾，梁启超以曾国藩为例，申说秉持道德以立身行事的重要性：
曾文正生雍、乾后，举国风习之坏几达极点，而与罗罗山诸子独能讲举世不讲之学，以道自任，卒乃排万险、冒万难以成功名，而其泽且至今未斩。今日数踸踔敦笃之士，必首屈指三湘，则曾、罗诸先辈之感化力，安可诬也？由是言之，则曾文正所谓转移习俗而陶铸一世之人者，必非不可至之业，虽当举世混浊之极点，而其效未始不可睹。
由于梁启超的文章在当时具有广泛的影响力，因此，他对于曾国藩的评价在很长一段时间里影响着那些读着《新民丛报》成长的政学精英。而这番评价也基本延续着曾国藩去世后士绅阶层对于他的主流看法。在这个意义上，如何评价曾国藩，也成为革命与立宪之争的组成部分。从政治文化的角度看，梁启超的主张无疑更贴近曾国藩等人所倡导的儒学形态，他的“开明专制”思想，从逻辑上看也颇与曾国藩那篇著名的《原才》观点相似，即在中国，改造社会、扭转危局，不能指望让普通民众参与其中的民主政治，而要依靠处于精英地位的“一二人之心之所向而已”。
也正是在这个意义上，曾国藩与近代中国以各种形式表现出来的作之君、作之师的精英政治颇有亲缘关系。这样的思想脉络，也与章太炎在清末主张的“平民革命”“恢廓民权”“豪民庶几日微，而编户齐人得以平等”截然相反。