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蔡氏妇科，薪火相传，历代先祖，传承弘扬，积淀历久，学术益彰。纵观蔡氏妇科流派一至六代临证特色，可以归纳提炼出以下演变脉络：在丰富的中国文化底蕴基础上，蔡氏妇科具有扎实的中医理论和实践经验，积淀了历代蔡氏先祖的学术特点，形成了海纳百川、衷中参西、因势利导、顺应脏腑运行规律、以肾为本、肝脾为要、冲任为径、天癸为用、气畅血和、用药精准、医养结合的学术特点，为第七代蔡小荪“育肾调周”学术思想的形成、提出，奠定了基础。蔡小荪创立了妇科病审时论治学说和周期疗法，在传承蔡氏妇科学术思想和临证特色的基础上，进一步发展了蔡氏妇科的学术理论体系。蔡氏妇科学术思想与临证特色如下。
蔡氏妇科流派治疗妇科病证重视调和气血、调理冲任、肝脾肾为要，蔡小荪在继承蔡氏妇科先辈的学术思想基础上，结合多年临证实践，于20世纪70年代初创立蔡氏妇科流派育肾调周理论。提出月经周期四期生理特点和调治妇科疾病的思路，认为肾气、天癸、冲任作为生殖轴内环境处于平衡状态，这种平衡状态应与大自然的阴阳相对应，即天人相应、阴阳和合。提出：“女子月经以肾气为主导，受天癸调节，又在肝藏血调血、脾统血化血、心主血、肺布血的协同作用下，冲任气血相资，胞宫出现虚而盛、而满、而溢、而虚的月经周期，并随着阴阳消长、气血盈亏而出现月经期、经后期、经间期、经前期。”
月经期（经水来潮至净）：胞宫气血由满溢泻渐至空虚，肾气、天癸作用相对消减。凡经期、经量、经色及经味异常均可在此期调治。常用疏调、通下、固摄诸法。经后期（经净至排卵前）：胞宫气血由虚至盈，肾气渐复渐盛，从阴阳论是阴长之时。此期是调经、种子、消癥的基础阶段，当补则补，当泻则泻，随其从而治之。经间期（排卵期）：肾气充盛，是阴阳转化、阴极生阳、阳气发动、阴精施泄的种子时期，若交接合时有受孕可能。治疗以促进阴阳转化为宗旨。经前期（排卵后到经潮前）：肾气实而均衡，阳盛阴长，气血充盈，治疗以维持肾气均衡为原则，又是调治月经前后诸疾及经期诸疾的关键时期。在具体治疗中，将四期生理和妇科诸疾病理特点有机结合，制定出不同的周期调治法，并创立一系列自拟方剂。如治疗不孕症之“育肾助孕周期调治法”，治疗子宫内膜异位症之“化瘀散结周期调治法”。其他如治疗闭经之周期调治法，治疗功能失调性子宫出血之周期调治法，治疗多囊卵巢综合征（PCOS）之周期调治法等，均在临床取得较好疗效。
蔡氏妇科流派强调气血为人体生身之本，以通调为顺，气血不调，经候不能如期，或阻碍两经相搏，导致不孕。根据女子多气多郁特点，强调女子经候皆以血为基础、气为动力，主张“气以通为顺，血以调为补”“通、调相结合”的学术思想。临证采用以调为主，养血为先，理气为要，将疏肝理气法作为妇科常用之法。即使调血诸方，亦皆以理气为先导。
如痛经诊治，认为不能单纯止痛，强调审因论治，治病求本。主张“求因为主，止痛为辅”。治以通调气血，以当归、牛膝、香附、延胡索、丹参、白芍、川芎、红花为基本方，并结合病因，辨证加减治疗。如崩漏诊治，或云崩漏之治莫非止血，蔡小荪认为在于首辨阴阳，塞流勿使留瘀。出血色质赤紫稠厚多属阳崩，阳崩宜养阴凉血；黯淡质稀多属阴崩，阴崩宜温阳止血。治疗时贯彻通调之法，反对一味止血，主张止血之中有活血而不使血止成瘀。因此，止崩方中常酌用生蒲黄、血竭、花蕊石等。
蔡氏妇科流派在学术上海纳百川，博采众长。对待各家学说，主张宗古而不泥古。对待西医学，亦主张兼容并蓄、融会贯通。蔡氏妇科先辈就主张衷中参西，蔡小荪更加重视，主张中医病因病机与西医病理变化相结合，药物传统效用与现代实验研究相结合，提出：“临证时不能拘泥一法一方，而要充分利用西医学知识，辨证辨病，中西医结合，大胆创新，才能更好地为患者解除痛苦。”
如同是月经不调无排卵引起不孕，原因却非常复杂。有多囊卵巢综合征、下丘脑性内分泌失调、高催乳素血症等不同原因引起，若单纯根据辨证结果采用补肾调冲法为主，多不能取效。必须结合西医学检查，属何种原因导致，采用辨证辨病相结合，才能提高临床疗效。如高催乳素血症患者，有时临床仅表现为月经失调、不孕。据此辨证一般为肾虚冲任失调，但采用育肾调冲法治疗往往效果不显。如果再根据实验室检查有催乳素增高者，辨证属于肝胃郁热、冲脉气机失调所致，可采用玉烛散加减养血泻火疏肝，清胞络结热，临床常可获得较满意疗效。若疗效不满意时，再结合西药溴隐停，中西医结合同时治疗，效果亦佳。
蔡氏妇科流派用药以简、轻、廉、验为准则，并参晚清孟河四家之一费伯雄的醇正和缓思想，使蔡氏妇科用药特色有新的升华。沪上对蔡氏妇科有“九加一、蔡一帖”之称。析其原委有三：其一，数百年临证积累，用药如用兵。蔡氏妇科对各种中药在妇科领域中的作用了如指掌，去粗取精，千锤百炼，运用中药得心应手，更加之辨证精到，故而每剂用药10味左右，奏效显著。其二，妇科疾患经、带、胎、产，尤以经、胎、产，变化多端且于瞬息之间，因此处方用药，随症而变，从不拖泥带水，故而处方以3～7剂为限。其三，用药轻简。纵观《内经》以来，经典处方遣药一般在10味左右，除丸药、膏方外，20味以上者鲜见。
蔡氏妇科流派强调临证处方用药“轻灵醇正”，处方随症取用10～12味药，剂量轻者1～3g，重者12～15g，每剂总量大多在70～100g。反对杂乱无章，药物堆砌，甚至相互抵消，亦防劫阴、耗气、伤肝碍脾之弊。如调经药常选当归、丹参、川芎、香附、生地、熟地用量不过10g，理气止痛药中除乌药、延胡索、郁金、路路通、川楝子诸品用量至10g外，其余疏肝理气药如柴胡、青皮、枳壳均5g，公丁香、降香、玫瑰花、木香、佛手类仅用1～3g。
蔡氏妇科流派治疗妇科病重视顾护脾胃。蔡氏先贤深受许叔微、李东垣、薛立斋等医家的影响，认为临床疾病凡先天不足者，但得后天精心培养，或可弥补先天之虚而后强壮；而后天之不足，若不得重新恢复其运化、滋养之功，非但使脾胃之气日虚夜衰，即便先天强盛之元气精血，也会因失于后天精微的调养、滋生、充实，而告匮乏。因此蔡氏妇科流派特别强调在临证治病中要善于顾护脾胃，以保证血气之源不竭，从而截断疾病进一步发展变化。治病过程中除运用治疗疾病所需药物外，每多注意兼顾调治脾胃运化功能。临床习惯某些药物炒用，一则借以改善药性之偏，二则使其焦香，增进健脾之力。党参、白术、茯苓、谷芽、陈皮之属是常用之品，旨在健脾和胃，以增强生化之源。最常用茯苓，因茯苓味甘淡，甘则能补，淡则能渗，甘淡属土，具有健脾和中、利水渗湿之功，其药性缓和，补而不峻，利而不猛，既能扶正，又可祛邪，为防治脾胃虚衰的要药，因此在孕Ⅰ方、孕Ⅱ方等系列方中，均将茯苓列为主药。此外，对腥臭气烈药物，如治瘀滞腹痛之五灵脂，治赤白带下之墓头回，破除癥积之阿魏等药，认为有碍脾胃，用时尤应审慎，对脾胃失健者则应注意避免使用。
又因妇人以气血为本，气血不和则百病乃生。女子阴性偏执，易使肝失疏泄而致气机升降出入失常，引起诸疾；而气能生血，气能行血，气能摄血，不仅气之病变会影响血之病变，血之病变也易引起气之病变。肝主疏泄，脾为气血生化之源，二者与气血关系密切，因此，临证治疗妇科病证当兼顾肝脾，以取其效。