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慢性胰腺炎患者有多种临床症状。在病程早期，以疼痛（腹痛、后背痛等）为主要表现，部分患者还有恶心、呕吐、食欲减退、体重下降、腹泻和腹胀等不适感。到疾病后期，消化不良、脂肪泻、血糖控制不佳等胰腺内分泌和外分泌功能不全的症状成为患者的主要表现。
腹痛是慢性胰腺炎患者最常见的临床症状，也是去医院就诊最常见的原因。腹痛常常表现为中上腹部疼痛，并且可以向腰背部放射。患者腹痛可以表现为间断发作的疼痛，两次发作之间的间歇期可以持续数月到数年，在间歇期里，患者可以没有任何疼痛；腹痛也可以表现为长期持续性的腹痛，患者感觉疼痛一直不缓解，没有发作的间歇期。患者疼痛的模式不是一成不变的，一半以上的患者可能会从间歇性疼痛变成持续性疼痛，或者从持续性疼痛变为间歇性疼痛。此外，腹痛的程度和疼痛的区域因人而异，也受到饮食习惯、饮酒和吸烟等因素的影响。
部分患者会表现出恶心、呕吐、食欲不振等消化道不适感，进而使得患者体重下降，明显消瘦。此外，部分患者也可能在发生腹痛时出现恶心、呕吐，腹痛停止后恶心和呕吐也随之好转。
胰腺外分泌功能不全早期可以没有任何症状，常常被患者忽视。到了后期，由于胰液分泌减少，主要负责分解脂肪的胰脂肪酶分泌不足，就会严重影响食物的吸收消化，患者会出现脂肪泻的情况，表现为粪便颜色变淡，量多，呈现油脂状或泡沫状，常浮于水面，多有恶臭。长此以往，人体的营养物质吸收障碍，损害了正常的代谢和生长发育，患者会逐渐出现体重下降、营养不良、代谢紊乱，如果患者是儿童，还会出现生长发育迟缓，身高和体重低于同龄儿的现象。
如前文所述，慢性胰腺炎患者容易出现高血糖和糖尿病的症状。表现为糖尿病典型的“三多一少”的症状，即多饮、多食、多尿和体重减轻。
有的患者由于胆管受到压迫，还可能出现全身皮肤黄染、皮肤瘙痒等症状。还有少部分患者如果合并了胰源性门静脉高压或者动脉瘤，可能会表现为消化道出血。
慢性胰腺炎带来的长期疼痛会对患者的心理健康产生严重的影响，特别是重度疼痛的患者，很容易出现抑郁、焦虑、睡眠障碍等心理障碍。
