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慢性胰腺炎病因复杂，患病的同时可能会有许多合并症的发生。慢性胰腺炎通常会合并心理疾病、心血管疾病、高脂血症、尿石症等。
心理疾病的主要原因是慢性胰腺炎产生的疼痛，长期的慢性疼痛对患者的身心健康产生了严重的影响，每3名患者中就有1名出现剧烈、持续的疼痛。而与没有疼痛的患者相比，存在严重疼痛的患者常常合并抑郁、焦虑、睡眠障碍等诸多身心问题。不过，慢性胰腺炎患者的身心障碍也不能完全用疼痛来解释，还可能与遗传因素如基因变异有关，在这类患者中疼痛会加重已有的精神障碍，形成恶性循环，因此缓解疼痛及对精神健康的护理至关重要。
慢性胰腺炎与心血管疾病（如高血压）等的风险增加相关，这可能是因为它们有许多共同的危险因素（如吸烟、饮酒、高血脂、糖尿病、营养缺乏等）。在慢性胰腺炎患者中，患高血压、脑血管病、深静脉血栓形成等风险增加。同时，这些心血管疾病也大大增加了慢性胰腺炎患者的许多并发症的风险。
高脂血症是急性胰腺炎发作最常见的病因之一，而血脂控制不佳往往会导致急性胰腺炎的反复发作，最终可能发展成慢性胰腺炎，因此严格控制血脂对预防慢性胰腺炎有很大作用。
另外，慢性胰腺炎患者中尿石症如尿道结石、输尿管结石等发病率有所增加，这可能是因为其外分泌功能不全引起脂肪或胆汁酸吸收不良，使得肠道增加了草酸盐的吸收，从而增加了尿石症的风险。除此之外，化脓性肝脓肿在慢性胰腺炎患者中的发病率是正常人群的10倍以上。
关注慢性胰腺炎本身的同时，我们也应当警惕这些合并症带来的风险。
