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1206年春天，在斡难河源头，已然统一蒙古各部的铁木真召集大会，竖起九脚白旄纛，被诸王和群臣推尊为“成吉思汗”，意为强者之汗。原先的蒙古共主号称古儿汗，但曾享有此尊号者一一败亡，萨满阔阔出提出“不宜采用此有污迹之同一称号”，以故改称。
儒家经典将此类聚集称为“大会诸侯”或“大和会”，蒙古人叫作库里勒台。铁木真在会上公布了早期蒙古法典“札撒”，任命了九十五个千户的首领，加上强大的亲卫军，已超过十万铁骑。姚从吾先生认为蒙古人尚白，重九，以“九脚白旄纛”象征至高无上、幸福吉祥的可汗座旗，而因无实物流传，不详其具体形制。札奇斯钦补充为“大白旗上端悬白马尾九束”，解释较为合理。
白色的马尾随风飞动，状若游丝，故又称“建九游白纛旗”。此次库里勒台后，蒙古骑兵挥师奔袭西夏，接下来是视为世仇的金朝，战旗所指，无不望风披靡。
斡难河为黑龙江的北源，距离同出于肯特山东麓的克鲁伦河不远，为铁木真所在部落的世居之地。克鲁伦河经贝尔湖、呼伦湖与额尔古纳河相连，是为黑龙江的南源，著名的呼伦贝尔大草原就在河之右岸，水草丰美，时有合答斤、塔塔尔、弘吉剌等部落，皆称强大。与阿保机、阿骨打的开创帝业高度近似，铁木真也是由同族兼并开始崛起的，也打着奉旨行事的旗号，也与金朝官军有过很多真真假假的合作，势力渐渐壮大，数年后掌控了呼伦贝尔。他是沿斡难河统兵东进的，却不知是否到过两源交汇的黑龙江干流？
统一蒙古各部之后，成吉思汗的作战方向是向西和向南，对这条大河似乎并未过多关注。1225年春，他在攻灭中亚强国花剌子模后率部返回，在土拉河畔的和林住下，休养生息。此时欧洲的基辅等地已被术赤率领的蒙古大军拿下，而金朝虽在中原一带苟延残喘，却失去了整个大东北。未见成吉思汗巡视黑龙江流域，这位“一代天骄”终生忙于征战，最后死在讨伐西夏的途中，没能将治理新征服的地方提上日程。控制黑龙江上中游广袤地域的，是其幼弟铁木哥斡赤巾等东道诸王，各设王府，在封地享有高度自治权。而黑龙江下游与乌苏里江迤东濒海地方为东真国，国王蒲察万奴背叛金朝自立，表面上奉蒙古为宗主国，暗地里却在悄悄做大，甚至还建立了自己的海军。窝阔台登基后有所觉察，发兵讨伐，活捉了蒲察万奴，东真国被改造为一个傀儡政权，又延续了数十年。
1271年12月，忽必烈改国号为大元，随后定都北京，再数年攻灭南宋，建立了大一统的元朝。他尊重儒学，兼采汉法，设立中书省，在地方上实施行省制，国家治理开始走上正轨。登基不久，忽必烈即遣使诏谕日本国君臣，命其降服，日人不从，甚至屠杀整个使团。元廷定议发兵征讨，在高丽设立征东行中书省，亦称都元帅府。至元十一年（1274）和十八年（1281），元军两次越海进击日本，皆不利。尤以第二次东征损失惨重，十四万大军死伤与被俘大半，其中至少有三千人来自开元路征调的女真族。忽必烈自然咽不下这口气，一直惦念着第三次东征，不光在江淮征集民船，在江南、山东和高丽制造大型海船，还“命女直、水达达造船二百艘及造征日本迎风船”
。至元二十年春，第三次征伐日本的军事规划启动，元廷开始调集军队，操练水师，配属在大都制造的新式火炮（回回炮），并在多地打造舰船；几乎在同时，对库页岛的征讨也展开部署，“命开元等路宣慰司造船百艘，付狗国戍军”
。两大军事行动的策划应有密切关联，皆指向忽必烈一直耿耿于怀的日本，一南一北，两面夹击的意图甚明。而两方面的进展都不顺利，对库页岛用兵一拖再拖，《元史》卷十三载：
辛亥，征东招讨司聂古带言：“有旨进讨骨嵬，而阿里海牙、朵剌带、玉典三军皆后期。七月之后，海风方高，粮仗船重，深虞不测，姑宜少缓。”
此奏在至元二十一年八月，忽必烈为此役不仅设立了专门机构——征东招讨司，还征调了杰出将领阿里海牙等三路大军。征东元帅府应组建于此际，“授杨兀鲁带三珠虎符，为征东宣慰使都元帅”“以万人征骨嵬”。
至于这次征东之役的过程和细节，几乎没看到什么记述，但可确知的是：元朝大军攻占了库页岛，并在岛上长期驻军。《高丽史》“忠烈王十三年九月”有一条记载：“东真骨嵬国万户帖木儿，领蛮军一千人，罢戍还元。”
蛮军，指的是汉人的军队，即前面提到的“狗国戍军”。这位帖木儿应是元朝领兵大员，被冠以“东真骨嵬国万户”的头衔，说明高丽人对东真国印象极深，也把库页岛视为东真的辖区。
黑龙江下游的“征东元帅府”位于何地？未见史料有明确记载。元代大文人黄缙《札剌尔公神道碑》作“东征元帅府”，并对其所在的山川形势和居民状况有一段描述：
东征元帅府，道路险阻，崖石错立，盛夏水活，乃能行舟；冬则以犬驾耙行冰上。地无禾黍，以鱼代食。乃为相山川形势，除道以通往来，人以为便。斡拙、吉烈灭僻居海岛，不知礼义，而镇守之者抚御乖方，因以致寇。乃檄诸万户，列壁近地，据守要冲，使谕之曰：“朝廷为汝等远人不教化，自作弗靖，故遣使来切责，有司而存等令安其生业。苟能改过迁善，则为圣世之良民，否则尽诛无赦。”由是胁从者皆降，遁于岛中者则遣招之，第戮其渠魁，余无所问。
根据这段记述，多数历史地理学者认为该帅府设在奴儿干之地，再具体一点，就是黑龙江口上溯约三百里右岸的特林。而史料匮乏，证实与证伪都不易，但疑问是难免的：既然是准备攻打库页岛，为什么要将元帅府设得那么远呢？且它并非一个普通的帅府，而是佩三珠虎符的宣慰使司都元帅府，文武属员众多，拥有数万精兵、千艘以上舰只，特林岬下河滩狭窄，水流湍急，又怎能容纳得下？
东真之地，元初作为成吉思汗幼弟斡赤巾的封地，此际为其后裔乃颜领有。乃颜对朝廷颇有异心，加上女真人对繁重徭役的不满，一场酝酿已久的变乱终于在至元二十四年四月爆发。这是一场成吉思汗子孙的大对决，乃颜联络海都等西道诸王兴兵作乱，忽必烈御驾亲征，在呼伦贝尔与叛军遭遇，乘坐的象舆遭到激烈攻击，几乎丧命。但朝廷毕竟兵多将广，又配备了新式火炮，迅速粉碎了东道诸王的叛乱，“带头大哥”乃颜被拿获摔死，尸体扔进河里。成吉思汗二弟合赤温的孙子哈丹不服，率部袭扰官军，活动范围从黑龙江上中游至下游，最后死于鸭绿江畔。之后，黑龙江上游的大部分地域，被划归岭北行省，中下游则由辽阳行省的开元路管辖。因为有不少女真人为乃颜旧部，参加了叛乱，平定后被分批流放至扬州、滨州等地屯田。而下江一带也成了流放犯人的地方，不断有些官员“杖流奴儿干之地”“窜于奴儿干地”。