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如果说努尔哈赤在早期进行的是由同部落到同种族的兼并，先行引诱招纳，不从即杀其首领而收其部众，渐次拿下东海女真各部，接着将矛头对准松花江流域的海西女真、黑龙江中下游的野人女真；皇太极则继承了女真民族统一的路线图，继续向边远地域招抚女真族众，并扩展到黑龙江上游的索伦各部。
索伦，是一个部落联盟的概念，由鄂温克、鄂伦春和达斡尔等民族构成。其实他们的族源不同，生活方式的差异也很大：达斡尔以农耕为主，兼及畜牧业，多定居于外兴安岭之南的精奇里江、黑龙江中上游地域，屯落较为密集；鄂温克、鄂伦春的来源较近，被称作“使鹿部”或“林木中百姓”，主要生活在黑龙江上游额尔古纳河两岸大山中，而活动范围甚广，外兴安岭以北、贝加尔湖之南到乌第河畔，甚至库页岛上，都有一些鄂温克人定居。与之错杂而居的，还有不少女真虎尔哈部的村屯，据史料记述，可知这些虎尔哈村屯大多也参加了索伦联盟。
在越江收服同族的虎尔哈部众时，满洲军队发现了索伦的村寨，即行展开招抚。达斡尔首领巴尔达齐深明大势，迅速表示归顺，并带领邻近屯主往盛京进贡。那时已是后金天聪年间，皇太极在积极招抚的同时有所区别：对同族的虎尔哈部众强制迁徙，安插在辽东一带，条件优渥，以使之尽快融入满洲共同体；但允许归顺的达斡尔等族继续留居故土，条件是按期交纳贡品，配合清军行动。巴尔达齐家族本来居住在塞布奇屯，后移居精奇里江畔的多科屯，距与黑龙江汇合处约有一两天路程，并以精奇里为姓。他在天聪八年曾两次到盛京朝贡，每次都带领一批氏族头领，显示出一定的领袖才能。天聪九年（1635）六月，巴尔达奇又来，实录中记载此事，并注明了屯落名称，曰：
又黑龙江贡貂者塞布奇屯巴尔达齐等十六人，噶尔达苏屯四人，戈博尔屯二人，额苏里屯萨岱等二十四人，阿里岱屯八人，克殷屯四人，吴鲁苏屯二人，此皆旧日往还之人。
这些屯寨也被称作城，看得出分布较广：额苏里在海兰泡上游约百里的黑龙江左岸，而吴鲁苏还要再向上约两百里，也位于左岸。所谓“旧日往还之人”，应即朋友或熟人。巴尔达齐的带头作用受到皇太极赞赏，赐以宗室之女，于是官方档案中便称之为“额驸”。崇德三年（1638）五月，巴尔达齐受命“偕所尚公主归，赐衣帽、玲珑撒袋、弓矢鞍髻、驼马帐房等物”
，并在礼部设宴饯行，备极优宠。这是做给归顺者看的，更是想以他的得意荣归在索伦部树立一个榜样。
另一位重要的索伦首领，是鄂温克族的博穆博果尔，为吴鲁苏屯的屯主。该屯又名乌鲁苏、乌鲁苏木丹
，有人认为即雅克萨，实则位于其下七八百里的大江湾中。博穆博果尔曾两次到盛京朝贡，分别是在崇德二年和三年的冬季，第二次还在盛京住了约两个月，却不与巴尔达齐一起，带领的屯主远不如后者多，甚至本屯竟有跟随巴尔达齐入贡者，清廷在赏赐和宴请时也有所区别。或许是觉得待遇不公，自盛京返回后，博穆博果尔便不再向清廷缴贡。皇太极决定先发制人，在崇德四年十一月选派正白旗统领萨穆什喀、镶黄旗统领索海等率军出征，分左右翼进兵讨伐，行前细加叮嘱：
尔等师行所经屯内，有已经归附纳贡之屯，此屯内又有博穆博果尔取米之屯，恐尔等不知，误行侵扰，特开列屯名数目付尔，毋得违命骚扰侵害。行军之际，宜遣人哨探于前，防护于后，加意慎重，勿喧哗，勿参差散乱，勿忘纪律。
这份屯寨名单今日已不可见，而据实录及相关史料记载，也可知道个大概。皇太极要求带兵将领区别各屯是归顺还是对抗，该保护的保护，该讨伐的讨伐，实则在交战状态下很难掌握尺度，大兵过处，往往玉石俱焚。
清廷指定的出兵目标，本是打击索伦中的亲博穆博果尔势力，而在进抵呼玛后分路攻掠，遇到的四座木城（铎陈、阿萨津、雅克萨、多金）皆抗拒不降，与皇太极的名单应是对不上了。雅克萨即后来被哥萨克盘踞的那座著名城寨，据记载时属虎尔哈部，首当其冲。据何秋涛《雅克萨考》，该城被攻破时遭到焚毁，“绥赫德所守汛地先举火焚烧城南关厢，八旗将领各率兵二十人前进，托率先入，珠玛喇继之，俱以火攻，克之”
，并抓走三百多壮丁，可知该城颇具规模。接下来经过三天激战，清军拿下位于右岸的乌库尔城，也是焚寨抓人。这种毁灭性的手段激起强烈反抗，当他们攻打铎陈时，逃散的虎尔哈人重新聚集来战，博穆博果尔也率领六千索伦兵增援，同仇敌忾。萨穆什喀和索海下令后撤，设下伏兵，中了埋伏的索伦兵死伤惨重，仍浴血死战，使清军也遭受重创。博穆博果尔又挥兵突袭清军辎重，镶白旗章京雅布喀、穆佑、和托等战死，而因兵力与武器悬殊，加上作战经验不足，铎陈、阿萨津等城接连被破，清军取得胜利后撤回。
清代史籍将此定性为一场平叛之役，应讨论处很多，实情也要复杂得多。上世纪70年代在北京发现了巴尔达齐的墓碑，称赞他“倾心内附，岁贡方物，及同党相残，又能率尔兄弟协力纳款，真识时保身者矣”
，涉及的正是这场变乱。当时博穆博果尔振臂一呼，黑龙江上游各屯群起响应，那些原已归附的屯主也加入叛乱，只有巴尔达齐一屯“不为动，坚壁待王师”。实录记述：
额附巴尔达齐于三月十八日来会，云：“惟我多科屯人未曾附逆，其小兀喇各处兵皆往助博穆博果尔。”及我兵大捷后，果博尔屯之温布特博、和里屯之额尔喷噶尔、塔孙屯之科奇纳、木丹屯之诺奇尼、都孙屯之奇鲁德兀、喇喀屯之博卓、户得都尔屯之科约布鲁，七屯之人已归额驸巴尔达齐，别屯之人皆逃。据巴尔达齐曰：逃者亦必来归，无劳再举耳。
乌喇，又作乌拉，意思是江。这里的“小乌喇”指精奇里江，而“大乌喇”则是黑龙江。清军分路清剿时遇到雅克萨等城的对抗，博穆博果尔率部增援，两乌喇多数村屯加入其中。萨穆什喀和索海在奏报时特别强调索伦兵有六千人，应是一个约数，可知博穆博果尔的号召力。只是在战败之后，果博尔等七屯才表示归附巴尔达齐。
清军在此役俘获壮丁、妇幼五千六百多人，编入八旗各牛录，陆续又有索伦部众来降，清廷赏赐布匹绸缎，将之安置在郭尔罗斯等地耕种。对于博穆博果尔，皇太极定下妙计，故意扬言将到黑龙江畔牧马，而算准博穆博果尔必然闻风北逃，密令蒙古科尔沁部挑选二百四十名精锐骑兵，待梅勒章京席特库等率领四十名八旗护军到后，数千里奔袭，终于在贝加尔湖南畔抓获博穆博果尔与其弟。那里也是索伦部的驻牧之地，同时俘获其部众九百五十六人，解送盛京。
这场战争消除了索伦联盟的割据隐患，扩充了满洲八旗的兵员，清军最后取得完胜，使得从贝加尔以南至黑龙江入海口的广袤地域，纳入大清版图。而经过惨烈绞杀与无情掳掠，黑龙江上游各部受创深重，两岸城寨多被焚毁，多数居民被强行迁移，生态与人文环境遭受严重破坏。清廷的目的在于招抚边民和扩充兵员，却给当地部族带来灾难，其危害性不独在哥萨克入侵时彰显，也贯穿于整个清朝的漫长岁月中。