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天启帝继位时，内阁尚有韩爌、刘一燝主事，因天启帝幼年时读书不多，所以内阁又派孙承宗等人出任日讲官，给皇帝讲解儒家经典，不久又重新起用了万历时期的首辅叶向高等大臣。《明史·赵南星传》在评价这一时期时用了“众正盈朝”四个字，也就是说满朝都是正直的大臣。看起来，天启初年的政治氛围还是不错的。
不过，随着太监魏忠贤的崛起，一切都发生了变化。魏忠贤虽没什么文化，但眼光十分独到且善于阿谀奉承。刚进宫时，魏忠贤在太监孙暹的手下，但孙暹的地位毕竟很低，魏忠贤又盯上了权力更大的太监——魏朝。一来二往，这个魏朝也被魏忠贤拿下，多次向司礼监秉笔太监王安举荐魏忠贤。可以看出，魏忠贤在处理人际关系上很有一套。宫中太监上万，想出人头地的难度可想而知，王安这种人物不是想巴结就能巴结到的，但魏忠贤做到了。
魏忠贤还结交了一位重要人物——天启帝的乳母客巴巴。当时，宫中有不少太监和宫女“对食”，也就是太监和宫女结成名义上的伴侣关系。明朝初年，朱元璋对宦官与宫女的这种行为是深恶痛绝的，并且明令严加取缔。但自永乐之后，宦官的地位上升，这个禁令逐渐解除。旧题纪昀《明懿安皇后外传》载：“明之宫人无子者，各择内监为侣，谓之‘对食’，亦谓之‘菜户’。其财物相通如一家，相爱若夫妇然。既而嫔妃以下，亦颇有之，虽天子亦不禁，以其宦者，不之嫌也。”
类似的例子也见于野史，据《万历野获编》卷六载：最初，值房宦官和司房宫女接触较多，逐渐就产生了感情。宦官更进一步，主动替宫女采办衣食、首饰及日用杂物，表达追慕之情。宫女若相中宦官，即可结成伴侣，称为菜户。菜户在明朝宫内是被允许的，即使是皇帝和皇后，有时也会问宦官“汝菜户为谁”？
天启帝的乳母客巴巴的对食本是魏朝，魏忠贤要想上位，就必须挤走魏朝取而代之。魏忠贤确实做到了，他得到了客巴巴的好感，成了她的对食。天启帝继位后，对自己的乳母十分关照，以至于出现了客氏与天启帝之间有不伦关系的传闻。这种说法当然不会被正史记载，但产生这种说法本身就说明了一个问题——天启帝对客氏的厚待，超出了边界。
魏忠贤攀上了客氏，加上自己又擅于察言观色，很快就得到了天启帝的喜爱。于是，在极短时间内，魏忠贤就坐上了秉笔太监之位。魏忠贤不识字，按例是不能做秉笔太监的，但他有客氏的支持。那么，秉笔太监是做什么的？为何权力那么大呢？
当初，朱元璋当上皇帝之后，大力推行中央集权，其中一个很重要的举措就是取消了丞相，让存在了近2000年的丞相制度彻底从中国历史上消失了。没了丞相，皇帝的权力自然更大了，但紧随着出现了一个问题——皇帝更忙了，因为所有的国家事务都需要皇帝拍板。例如，在洪武十七年（1384年）九月的8天里，朱元璋大约收到了1700件公文，大概涉及3400件事。如果这样算下来，朱元璋平均每天要看200多份文件，处理400多件事。
这样大的工作量，皇帝也吃不消。朱元璋十分勤勉，也还能勉强应付，但他也需要一些太监来给自己帮忙。比如，收了多少文件，发出去多少圣旨，都是由太监来记录的。但朱元璋对太监干政持有很强的戒心，不让太监参与政务，还不让太监们读书识字。
但之后上台的皇帝，不是人人都像朱元璋一样勤奋。面对堆积如山的文件，皇帝处理不过来，只能找人协助自己。皇宫里除了皇帝之外，就是宫女、太监以及妃嫔，皇帝能依靠的就只有太监了。所以，皇帝就开始让太监们按自己的口述来批示文件，但此前朱元璋不准太监们读书，太监做不了这件事，皇帝就让翰林院里的有学之士教太监们念书识字。
各地、各部门送上来的文件涉及范围非常广，几乎无所不包，皇帝很多时候都搞不明白，身边的太监们也不是很懂，所以，皇帝就需要找有学问的大臣先看一下这些文件。哪个部门的人最有学识呢？当然是翰林院的人，皇帝就从翰林院中抽了一些人出来，任命为大学士。这时的大学士还没有后来那样大的权势，官职也就是个正五品，主要的职责类似于皇帝的秘书，辅助皇帝办理政务。
这些大学士办理政务需要一个办公地点，明成祖朱棣选中了文渊阁。翰林院中几位学问最好的大臣——解缙、胡广、杨荣就开始在文渊阁办公。因为办公地点在内宫之中，又叫文渊阁，所以官员们就把这几个人的团体称为内阁。
就这样，一个处理政务的完整流程开始形成了。官员给皇帝的奏疏先由内阁成员拟好一份批答文字，连同原奏请文书一起送皇帝审批，这就是“票拟”。内阁送上来的需要审批的文书很多，皇帝需要在翻阅后用红笔批示，称为“批红”。当然，皇帝可以采纳内阁成员的“票拟”，也可以不采纳，然后按照自己的意见批示，这是皇帝的权力。但内阁送上来的文书太多了，皇帝忙不过来，于是逐渐让一些太监来帮忙。皇帝自己口述，让太监们按口述内容或内阁的票拟来批红，这些太监就是司礼监秉笔太监。秉笔太监不止一人，而是由数人组成。
很显然，秉笔太监的权力很大。因为批红就其权力性质而言，属于最高决策权，是实现皇权的核心方式。但这上面还有一道审核，那就是掌印太监。掌印太监掌管印玺，秉笔太监的批红，他是要查验的，如果没问题，他才会盖下印章。
从这一套流程可以看出，权力最大的还是太监，因为内阁行使的是建议权，而太监行使的是决策权。所以内阁的当政者要行使权力，或是要办成大事，都需要太监们的配合。最有名的例子就是张居正，他进行经济改革和辅佐万历帝，都得到了太监冯保的大力支持，否则是不可能成功的。
另一方面，我们会发现明朝的很多皇帝都会放飞自我，比如万历帝20多年不上朝，嘉靖帝痴迷于道教，也是20多年不上朝，而天启帝热衷于当木匠，等等。我们前面不是说明朝皇帝每天的政务很多，忙得不可开交吗，那他们怎么有时间干其他的事情呢？原来，内阁票拟，太监批红，这套流程形成后就可以自行运转，皇帝即便不出现，朝政仍然可以得到处理，这就给了皇帝们极大的空间。
谈了这么多，再说回魏忠贤。魏忠贤虽为秉笔太监，但他上面还有一位掌印太监叫王体乾，比他的职权更大。不过，这个王体乾很聪明，他知道魏忠贤与客氏的关系，就把自己居于魏忠贤之下，唯魏忠贤马首是瞻。而魏忠贤又提督东厂，东厂只对皇帝负责，可以不经司法机关批准就能随意监督、缉拿臣民，是魏忠贤手中的一大利器。
朱元璋如果看到这一切，不知道会有何感想，他明明严格禁止太监干政，没想到最后导致的是太监的权力急剧膨胀。中国历朝历代中，太监干政最厉害的几个朝代就数汉、唐、明，这是朱元璋万万没有想到的，这也朱元璋废除丞相制度带来的后果之一。
魏忠贤成为掌印太监后，权力日益膨胀。有了权，宫中的一些太监自然就会来攀附，逐渐就形成了一股很大的力量。但只有太监的势力还不行，魏忠贤又开始结交外臣，也就是朝中的大臣，他第一个结交的重臣是沈㴶。这个行为引起了东林党人和一些朝臣的注意，遂一再弹劾沈㴶，又攻击已经离职的前首辅方从哲，因为东林党人认为方从哲也是沈㴶的后台。
沈㴶最终下台了，但魏忠贤很快就反击，迫使左都御史邹元标这位东林党干将辞职，魏忠贤让自己的党羽顾秉谦、魏广微入了内阁。嫉恶如仇的东林党人岂会善罢甘休，但他们能做的只有依靠天启帝，因为太监属于皇帝的内官，朝臣们根本无法罢免。所以，东林党人不断地给天启帝上书，力请天启帝罢免魏忠贤一党。
然而，魏忠贤的宠幸有增无减，他又掌管着东厂，他的党羽许显纯掌镇抚司，田尔耕掌锦衣卫，这意味着魏忠贤可以不经过三法司，利用皇帝专有的司法权和特务机构，对东林人士进行彻底的清洗和打击。东林党人自视甚高，岂能任由魏忠贤胡作非为？双方的矛盾最终激烈地爆发了。
天启四年（1624年）六月，都察院左副都御史杨涟上疏弹劾魏忠贤二十四大罪。这二十四条大罪，任何一条都可以让魏忠贤的脑袋搬家。杨涟破釜沉舟式的弹劾让当时的很多官员都认为魏忠贤要完蛋了，魏忠贤也吓出一身冷汗。但他的脑子没有乱，也有可能是背后有人指点，他赶紧找到天启帝，声泪俱下，力陈自己的无辜和清白，还要求离职，想摆脱这些是非。
魏忠贤的心腹——掌印太监王体乾在给天启帝读杨涟的弹劾奏疏时，又故意不读其中的关键之处。天启帝完全被魏忠贤带入了戏，客氏又在背后对魏忠贤施以援手，不仅如此，还有一众魏忠贤的党羽也到皇帝面前叙说魏忠贤劳苦功高，得罪了不少人。这些人联合表演，让天启帝也为之深深感动。魏忠贤最大的本事就是用一帮自己人把天启帝包围起来，让天启帝听到的都是对自己有利的信息，那些不利于魏忠贤的言语自然也就成了某些人的不怀好意。
第二日，皇帝的诏书下来了，严厉地斥责了杨涟。杨涟想用一封奏疏扳倒魏忠贤未免太过天真，他甚至连天启帝的面都没有见到，又怎么能成功呢？杨涟被斥责之后，想去见天启帝，魏忠贤能给他这个机会？魏忠贤连续三天想办法让天启帝罢朝。到了这个时候，杨涟就算见到了天启帝，天启帝还能相信他的话？那是不可能的。杨涟上疏后，那些东林党人们纷纷声援，都上疏支持杨涟，但天启帝已经听不进去了。
当我们回看这件事的时候，就会发现其中的问题。杨涟为了扳倒魏忠贤，在奏疏中多有夸张之处，很多确实是魏忠贤的罪状，但有一部分并非魏忠贤一人就可以完成，而是皇帝和朝廷的决策，这就引起了天启帝的反感。在和太监的斗争中，朝臣们忽视了太监与皇帝的情感纽带。魏忠贤比天启帝年长40多岁，他常伴天启帝左右，对皇上有求必应，把皇帝的起居照顾得无微不至，天启帝对他产生了依赖。朝臣想用国法和祖训来治理魏忠贤，而魏忠贤用情感纽带来影响皇帝，最终的结果是魏忠贤取得了胜利。
搞定了天启帝，魏忠贤就可以为所欲为了，杨涟自然是要入狱的，而那些支持他的人也遭受了打击。第一个被杀的是万燝，这个工部郎中为了声援杨涟，在给天启帝的奏疏中说：“陛下您有政权，有生杀大权，这些权力是不可以给臣下的，何况是那些宦官？”又说：“魏忠贤窃取了大权，生杀予夺都在其掌握中。导致内廷外朝都只知道有魏忠贤，而不知有陛下。这样的人，陛下怎么可以还留在左右呢？”
魏忠贤直接用自己的东厂特权疯狂地报复万燝，又是殴打，又是杖责，万燝坚持4天后一命呜呼。既然能杀一个，自然就可以杀更多。恰好此时，一个御史撞到了枪口上，他叫林羽翥，这名字着实取得不错：林中的鸟儿冲天而飞。据说这位御史还是首辅叶向高的外甥，他在路上看见两位宦官争斗，上前就去教训两人，让手下人狠狠地揍了他们一顿。
林羽翥一来因为自己是御史，二来估计也和叶向高的关系亲密，所以敢如此行事，但这下闯了大祸。太监是谁的人？皇帝的奴仆啊，岂是你一个朝臣就可以鞭打的？魏忠贤抓住这一条就要治林羽翥的罪，人没找到，于是一众太监就围住叶向高的府邸要人。叶向高一看这态势，分明是冲着自己来的，又觉得被一群宦官围了府邸十分羞辱，于是索性上书辞职。天启帝当然不会批准，就好言劝了一下叶向高，但魏忠贤依旧把林羽翥拖出来打了100廷杖。
廷杖，顾名思义，就是在朝堂之上，在众人目睹下，对朝臣打屁股。廷杖由来已久，至明朝发展到无以复加的地步。
万历朝的首辅朱国桢在其《涌幢小品》卷十二记载道：“成化以前，凡廷杖者，不去衣，用厚绵底衣、重毡迭帊，示辱而已，然犹卧床数月，而后得愈；正德初年，逆瑾用事，恶廷臣，始去衣，遂有杖死者。”
也就是说，明朝初年，受罚廷杖的官员都穿着厚棉衣裤，还要垫上厚厚的毛巾，这样打下来当然不会太疼，此时廷杖的主要作用是羞辱。从明朝权宦刘瑾专权时开始，廷杖时不仅不垫毛巾，还要脱掉臣子的裤子。不仅如此，此时的行刑工具也发生了改变。把打人的一端削成槌状，包上铁皮，铁皮上还有倒钩。你可以理解为一根狼牙棒，唯一不同就是狼牙棒上的刺尖全部是倒刺。廷杖的刑具一棒击下去，行刑人再顺势一扯，尖利的倒钩就会在受刑人身上连皮带肉撕下一大块来。如果行刑人不手下留情，不要说60下，就是30下，受刑人的皮肉连击带抓就会被撕得一片稀烂。不少受刑的官员就死在廷杖之下。即便不死，十之八九也会落下终身残疾。
我们一般看到廷杖最高的数目是100杖，为什么没有超过100的呢？因为没人能承受住100杖，明朝最大规模的廷杖发生在嘉靖年间，因“大礼议”事件，杨慎等130位大臣在宫门外伏地大哭，嘉靖帝大怒，派锦衣卫将多人下狱，并杖责134人，编修王相等16人直接被廷杖致死，杨慎等被贬外地。
而在张居正的夺情
事件中，多人受到严厉斥责，廷杖之刑当然少不了。吴中行、赵用贤各被打60杖，艾穆、沈思孝各被打80杖。这顿打下来，吴中行已经没了气息，但早就有人找好了郎中在外等待，打完刚抬出来就立即给他治疗，这才捡回一条命。而他被割掉的打烂的肉，多达数十块，大的有手掌那么大，有一条腿没有保住。张居正的廷杖并不能吓退反对者，反而有更多人站出来反对，一浪高过一浪。在张居正的夺情事件中，赵用贤被打得肉一块一块地掉，而赵用贤的妻子把掉落的肉晒干后保存了起来，这是为什么？
这又涉及另外一个问题。
《万历野获编》一书中讲道：凡被廷杖者，大多为直言上书提出不同意见者，这些人被打之后，常为士大夫们钦佩，享誉朝野。所以，廷杖刑罚虽然很重，但居然有很多人为了被打而上书惹恼皇帝。
这些故意被打的人难道不怕被打死吗？他们还真不怕，因为他们会早早地贿赂行刑人员。这些行刑人员会掌握好分寸，看上去打得狠，实际上不伤筋骨，更不会有性命之忧。那行刑人员是如何做到的呢？平日里他们都在练习呢！锦衣卫培养出来的打手是需要训练的。他们用皮革包上两个假人，往一个里面放砖头，另一个里面放纸。内轻外重的打法，是外面打烂了，纸不能烂；而内重外轻的打法，是砖头碎了，但皮革不能被打烂。所以，有些沽名钓誉的人就花钱买通行刑人员，用一些小伤来换取名声。
最后，林羽翥在廷杖之下活了下来，为何他没被打死呢？毕竟，叶向高是首辅，魏忠贤要照顾到他的面子。但到了这个时候，叶向高也不可能再在内阁里面待了，他一连上了20多道奏疏力请辞职。叶向高辞职不仅仅是因为林羽翥，还因为东林党和阉党之间的矛盾已经不可调和。
叶向高争不过魏忠贤，只得不断营救被魏忠贤攻击的官员。给事中章允儒被廷杖，叶向高营救；御史率众被流放，叶向高营救；给事中傅魁营被贬职，叶向高营救；给事中陈良训被下狱，叶向高以辞职相救……如此等等，不能一一列举。好好的一个大明首辅，变成了一个“救火大队长”。但叶向高并不是每个人都能救，被魏忠贤打死的万燝，叶向高也曾力救过，但没能成功。
叶向高在万历朝任首辅时，面临的是万历帝怠政；在天启朝任首辅，面临的是阉党和东林党相争。在后来魏忠贤编制的《东林点将录》中，叶向高高居第二，但叶向高真的是东林党吗？叶向高虽然对阉党并无好感，但并不主张与阉党产生激烈的冲突，所以当杨涟上疏力陈魏忠贤的24条大罪时，叶向高并不同意杨涟的做法，认为这样只会激化冲突，对事情本身并无任何益处。当叶向高当不了“救火员”的时候，就是他离去的时候。
叶向高离开之后，紧接着受到打击的是吏部尚书赵南星和左都御史高攀龙。事情要从一名御史说起。
御史汪文言是捐监入仕，也就是花钱买的国子监的官。按照惯例，他是进不了官僚集团的顶层的。他虽然只是一个小小的御史，却性格豪爽、为人仗义，所以结交了朝中的许多重要人物，比如魏忠贤的前任王安，内阁首辅叶向高，还常与东林党人杨涟、赵南星、左光斗、魏大中等人来往。
汪文言这样级别的官员自然入不了魏忠贤的眼。这时，有人弹劾汪文言、左光斗、魏大中等人徇私舞弊。弹劾背后的主使人叫阮大铖，他因为没有当上吏科给事中，便怨恨左光斗、魏大中、汪文言，于是在背后暗箭伤人。这件事情本不大，主审的官员也就按照正常的流程查验、审案。但魏忠贤觉得这是一个扳倒东林党的好机会，就安排自己的亲信许显纯接管了此案。魏忠贤的目的很简单，就是利用这个案子将更多的东林党人牵连进去，然后一网打尽。说是审判，其实就是严刑拷打。汪文言虽是一个文人，但骨头很硬，受尽折磨就是不松口，还大喊：“世上哪里会有贪赃的杨涟！”
不过，这难不倒魏忠贤一党，欲加之罪，何患无辞，他们直接将认罪书写好，然后强拉着汪文言盖了手印。魏忠贤还假拟圣旨，以接受熊廷弼贿赂的名义，逮捕杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章“六君子”，与入狱的汪文言一起拷问追赃，并先后拷打至死。
魏忠贤的权势能到如此地步，当然离不开天启帝的支持。天启帝不仅任由魏忠贤独断专行，对其子弟也是大赏特赏。他不但将魏忠贤的弟弟封为锦衣卫都督佥使，还封魏忠贤的侄子为太子太保、晋升为侯，魏忠贤的头衔也是一升再升，从元臣到上公、殿爷、祖爷，最后升到千岁。
魏忠贤的这个千岁并不是虚的，而是有着实实在在的权威，巡抚、总兵见魏忠贤时都要五拜三叩，敬呼“千岁”。到最后，群臣都称呼魏忠贤为九千岁，只有魏忠贤的核心幕僚、兵部尚书崔呈秀一人可以称魏忠贤为“亲父”。一些宵小之徒，尽显谄媚，又给魏忠贤加了九百岁，称其为“九千九百岁爷爷”。由此可见，在巴结魏忠贤上，竞争也是非常激烈的。
天启六年（1626年），浙江巡抚潘汝桢给天启帝上了一封奏疏，内容大致为：东厂魏忠贤，心中以国家为念，体恤百姓。这两年浙江遭受了灾害，魏公公给浙江的百姓减免了很多杂费，沉积百年的陋习积弊一朝间全部被革除。浙江的百姓无不载歌载舞，奔走相告，感恩戴德。现在请求朝廷允许浙江百姓为魏公公建立生祠祈福。
此时的魏忠贤权势滔天，他利用掌管秉笔太监的权力下了一封圣旨，对潘汝桢立生祠的请求大加赞赏。天启帝对魏忠贤也是极度信任，对建生祠一事并不反对。此例一开，无论是朝廷还是地方上的大员，都恨自己没能抢到这个“头功”，纷纷不遗余力、争先恐后地为魏忠贤立生祠。很快，这种行为迅速演变成一股浪潮，席卷了整个大明王朝。
生祠建得极为奢华，外面盖着琉璃瓦，用沉香和紫檀为魏忠贤雕刻塑像，腹中为空，用黄金、珠宝、美玉填充。每个生祠的花费都很惊人，多者数十万两白银，少者也需数万两白银。生祠的对联也写得十分夸张，比如：至神至圣，中乾坤而立极；多福多寿，同日月以长明。
天津巡抚黄运泰建好生祠后，亲自到城外迎接魏忠贤的雕像。迎接雕像是要行大礼的，也就是五拜三叩。雕像到了生祠，要行一次大礼，雕像安放完毕后，还要再行大礼。
作为蓟辽总督的阎鸣泰又岂能落于人后，一口气在蓟州、密云、通州、涿州、河间、保定等地建了多座生祠。要知道，建生祠用的都是最好的材料，花费不菲，那阎鸣泰哪有那么多钱呢？辽东作为明朝对抗后金的重镇，军饷一直是所有明军中最高的。于是，阎鸣泰就挪用军饷来建立生祠，至于士卒们的军饷，自然就没钱发了。
除此之外，工部郎中曾国祯把生祠建到了卢沟桥。御史黄宪卿一看，心中不服，就把生祠建到了宣武门外，还建到皇帝的祖坟边上。你们这样做，那孝陵卫指挥李之才就更不客气了，直接把生祠建在孝陵前面。河道总督薛茂相则把生祠建在凤阳祖陵旁边。
这种情况下，一位叫陆万年的国子监监生，他不像那些位居要职的官员有钱有势，只能剑走偏锋。他的脑子比较灵活，经过一番思考，他想到了一个办法巴结魏忠贤。陆万年建议把魏忠贤的肖像放入孔庙，和孔子一样接受人们的朝拜。他说：“魏公公驱除邪党，重现光之圣学，功劳不在孟子之下。魏公公作《三朝要典》，犹如孔子作《春秋》。”一个读着孔孟经典长大的读书人，竟然无耻到如此地步，真是让人大开眼界。
说完魏忠贤，就需要说说和他争斗不休的东林党。
在皇权至上的时代，臣僚之间结成团体自然对皇权不利，结党是君主十分忌讳的事。被称为某某党，就含有一种否定意蕴，所以东林党人一定不希望被人称作“东林党”。不过，这个叫法越来越广泛，逐渐成了一种习惯。那东林党这个称呼是怎么来的呢？
万历三十二年（1604年），因为触怒万历帝而被免职的前吏部官员顾宪成在家乡无锡，同其弟顾允成、同样被谪后返乡讲学的高攀龙和安希范等人办了个东林学会。初期，大家就只讨论学问，不过到底是读书人，自然关心时局，渐渐地国家大事也成为讨论议题，影响力逐渐扩大。他们主张改变宦官专权的朝局；反对皇帝派遣矿监、税使到各地横征暴敛；反对科举舞弊的行为；要求朝廷加强在辽东的军事力量，积极防御努尔哈赤的进攻等。显然，他们主要的倡议是符合儒家道义的，他们完美地展现了士大夫的形象。
不过，在政治斗争中，反对东林学会的人称这些人为“东林党”。魏忠贤识字不多，阉党骨干、左副都御史王绍徽就仿照《水浒传》中梁山好汉排座次的方式，编写了一个“东林党人榜”，名为《东林点将录》。其实，上这个榜的并不全是东林党人，魏忠贤把反对他的人都写上去了。魏忠贤倒台后，很多人又以上过榜而自豪。这一点和北宋的《元祐党人碑》十分相似，蔡京在写名单时，目的就是打击政敌，蔡京倒了之后，很多后人以上过此碑为荣。
所以说，谁是东林党人，谁不是东林党人，只有一个大概的范围。东林党的核心人员可以确定，如杨涟、左光斗、李三才等人，但有些人可能只是同情东林党人，或只是部分认同东林党人的政见，也被划进去，比如熊廷弼、叶向高。
古代官场拉帮结派有两条线，一是门生故吏，比如我是某某的学生或在某某的手下任职，自然就成了他的支持者；二是地域，大家都是一个地方的，会更亲近一些，这种容易形成抱团现象。当时的浙党就是以内阁首辅沈一贯等人为首，以地域之别形成的一个派系。
有一些人把东林党与士大夫阶层画等号，这就要闹笑话了。东林党只是当时朝政中的一小部分人而已，在他们之外，还有以地域之差形成的浙党、楚党、昆党等，反对他们的主要是浙党和阉党。浙党和东林党的斗争完全是为了争权夺利，而京察（对东京官员的考核）由于涉及人事安排和官职任命，成了争权夺利最好的手段，故而变成斗争最激烈的地方。
真正将东林党地位拔高的是他们与阉党的斗争。浙党见阉党势大，选择了放低姿态，避免遭受打击。而东林党人选择了一种最激烈的方式，用鲜血祭奠自己的信仰，故而才有了杨涟临刑前咬破手指血书“大笑，大笑，还大笑！刀砍东风，于我何有哉”。无论你是否喜欢东林党，你都无法否定他们的无畏和壮烈。也正是这样一种奋不顾身的精神，让之后登基的崇祯帝重新重用东林党人士。但面对晚明的乱局，面对财政危机、农民起义、外敌肆虐，东林党人亦是束手无策。人们高估了东林党，以为他们可以拯救天下，但他们并无此能力。而这种高估的光环，从来不曾给过阉党、浙党、楚党和昆党。
评价东林党是一件非常困难的事，黄宗羲在《东林学案序》中这样写道：“今天下之言东林者，以其党祸与国运终始，小人既资为口实，以为亡国由于东林，称之为两党。即有知之者，亦言东林非不为君子，然不无过激，且依附者之不纯为君子也，终是东汉党锢中人物。嗟乎！此呓语也。”
由此可见，对东林党的争议由来已久。
有一种说法是，东林党误国，他们需要对明朝的灭亡负责。
英、美汉学家崔瑞德、牟复礼在《剑桥中国明代史》中写道：“东林支持者抵制任何基本制度上的或财政上的改革观点：他们认为技术性的解决办法过去不成功，也不可能成功。因为他们偏爱行政改革的空想，他们的运动在体制意义上可以被认为是倒退了一大步，是从高拱和张居正所采取的立场的重大退却。”
也有人说，东林党代表了江南工商阶层的利益，反对征税，导致明朝的税收大减，是明末财政危机的重要祸因。但是，东林党人激烈反对的是万历帝的税外加征。万历帝为了敛财，派太监到各地征税，而且专挑富裕地区和矿山、盐井等行业。这种做法激起了极大的民怨，征税的队伍被民众打死了几千人。万历帝本人也知道不对，但为了维持极度奢侈的生活，依旧我行我素。
万历三十年，沈一贯因为废除矿税一事，和太监发生冲突。沈一贯是东林党吗？肯定不是，他是浙党的旗帜性人物，但在反对万历帝横征暴敛上，沈一贯和东林党人并无差别。以东林党反对万历帝横征暴敛来说东林党造成了明末财政危机，是值得商榷的。
著名历史学家刘志琴在《我景仰东林党又痛其愚顽》中说：东林党这批人是道德理想主义的殉道者，他们身体力行，鞠躬尽瘁，为晚明的整体利益献身亡命，蒙冤受屈，然而他们又滞留在理想化的境界，在实践中表现为无能又无奈、软弱、退缩、麻木不仁，直至遭受灭顶之灾。
对于东林党激进的做法，一些身居高位的官员同样是不尽认可的。关于万历朝的国本之争，有一段对话。时任内阁首辅王锡爵曾把顾宪成请到内阁，说：“我跟你说一件很可笑的事。”顾宪成说：“发生了什么可笑的事？”王锡爵说：“庙堂之是非，天下必欲反之。”
国本之争是一个复杂的政治问题，涉及国家的未来，又牵涉万历帝的小心思，诸多大臣为之努力多少年而不得，但着急是无法解决问题的。操之过急，反而引起万历帝的反感，会让问题更加棘手。现在因为这个问题，顾宪成等人把矛头指向内阁，认为是内阁成员的不作为导致了这个问题。所以，内阁说什么，顾宪成就反对什么。
顾宪成何等聪明，听了这话，立即回道：“这种说法固然可笑，但还有更可笑的事情。”那什么事情比“庙堂之是非，天下必欲反之”更可笑？顾宪成说：“天下之是非，庙堂必欲反之耳。”意思是，天下人的舆论希望怎么样，内阁、朝廷偏偏不这样，这是怎么回事？两者各自站在自己的立场唱着各自的戏，注定是谈不到一起的。
和王锡爵持相同意见的还有后来的首辅叶向高。他是断然不会同意杨涟直接上疏弹劾魏忠贤的，这种做法只会引起更激烈的冲突。叶向高仅仅建议魏忠贤自行申请离职，这是当时官员们常见的做法，但魏忠贤是太监，可不是什么官员，他对这个建议嗤之以鼻。而且即便魏忠贤要离职，天启帝也是不会同意的。
当时的局势，就是以魏忠贤为首的阉党在一众太监和官员的支持下，握着天启帝这张王牌为所欲为。而以杨涟、魏大中等大臣为首的东林党人，誓要把阉党铲除干净。而以王锡爵、叶向高等大臣为代表的官员们，同情东林党人，不齿于魏忠贤的所作所为，最终无能为力，黯然退场。
魏忠贤将朝堂中的东林党清洗殆尽后，权倾天下的日子也就几年而已，崇祯帝即位不久就开始清除阉党。按说阉党垮台了，曾经被阉党压制的官员也大多复出了，文官们就可以安心治国辅政了。但事实并非如此，朝廷很快就陷入了新的争斗之中。
崇祯元年（1628年）十一月，吏部按照崇祯帝的命令开始增补内阁成员。名单出来之后，一共有9人，但礼部尚书温体仁和礼部右侍郎周延儒均不在其内，礼部左侍郎钱谦益倒是名列其中。同为礼部官员，温体仁和周延儒对钱谦益进入候选而自己没入选很是不满，所以单单对其发起攻击。温体仁率先跳了出来，指责钱谦益在天启元年作为主官时发生了科场舞弊案。
事情是这样的，天启元年（1621年），钱谦益在浙江主考，一些考生和科场阅卷人员相勾结，把“一朝平步上青天”几个字作为每段文章的结尾，以此为识别信号，实行舞弊。这件事被发现之后，钱谦益作为主考官被朝廷罚了3个月的俸禄，几位舞弊人员也被处罚。这件事都已经结案7年了。
崇祯帝召集群臣讨论这件事。会议上，官员们大多不愿意掺和其中，大都认为钱谦益无罪。有人就问温体仁：“钱谦益这件事过去那么多年了，为何不在之前提出，这次他入了内阁候选名单，你反而来弹劾？”温体仁则回答：“入选内阁之前，他不过是在备受冷落的职位上，现在要选官入内阁，为了让皇上慎重用人，我当然要参劾他。”
讨论中，群臣们或多或少地在为钱谦益说话，但温体仁很巧妙地暗指他们是朋党，他说自己孤身一人，满朝都是钱谦益一党。崇祯帝刚从阉党专政的阴影中走出来，最怕的就是结党营私，而官员们面对钱谦益曾经的科场舞弊案，居然多有维护，这让崇祯帝心生疑窦。最终，崇祯帝将钱谦益免职。钱谦益没想到自己入阁不成，反而连原来的饭碗也丢了。
这次廷议的不公正很快就引起了言官们的不满，他们纷纷上疏指责温体仁。而温体仁的应对方法就是树立自己“孤忠”的形象，弹劾越多，越显得自己是受了朋党的攻击。因此，温体仁非但没有受到处罚，反而更受崇祯帝信任。
不久后，又发生了钱龙锡案。
天启五年（1625年），南京吏部右侍郎钱龙锡因触怒魏忠贤而被罢免，崇祯帝继位后就很重用他，让他进入内阁。己巳之变中，袁崇焕下狱，钱龙锡当初大力举荐了袁崇焕，而且钱龙锡当初在审理阉党时是出过大力的，所以阉党的一些残余力量就开始以袁崇焕一事弹劾钱龙锡。钱龙锡实属被冤枉，但以崇祯帝的性格，他又岂能幸免，最后钱龙锡被判入狱。
钱龙锡的遭遇，背后少不了温体仁和周延儒二人的暗中操作。内阁大臣们见此情况，纷纷离职，崇祯三年（1630年）三月，内阁大学士韩爌离职，内阁首辅李标辞职。不久，继任的内阁首辅成基命遭到言官们的弹劾，成基命当然知道这只是“开胃菜”，真正的“硬菜”还在后面，故而请求离职，崇祯帝再三挽留，但他还是毅然离开了这个纷争之地。在此之后，周延儒和温体仁成为内阁中的实权人物，二人又开始了漫长的争斗。
官员间不停歇的党争，严重消耗了国家的精力，崇祯帝为了他们的争议，不得不一次次召开廷议，常常至深夜二更。温体仁和周延儒二人并非无才，不然也掀不起这样的浪花，但他们在处理国家事务上一事无成，几乎将全部精力放在争斗上，对国家的影响可想而知。崇祯一朝17年，内阁大臣多达50位，大多数大臣的任职时间不过一年半载，温体仁却能入阁长达七八年时间，以孤忠的形象示人，实在是耐人玩味。
就在朝廷官员激烈党争时，边境的问题也日益突出。
天启帝继位后，后金在辽东的攻势愈演愈烈。天启元年（1621年）沈阳一战，贺世贤、尤世功、陈策等6名总兵战死；随后辽阳一战，辽东最高军政长官经略袁应泰战败自杀。明军在辽东的防御全线崩溃，丧失了大片领土。
这种情况下，天启帝下令在通州、天津、宣府、大同募兵，不久又下令在河南、山西、陕西、浙江等地募兵。九边重镇的兵力都开始向辽东集结，但效果并不理想，很多援辽队伍还没到就溃散了，固原兵走到河北临洺就一哄而散，宁夏兵到了三河就哗变了。九边重镇的兵员可是王朝精锐，何以至此？因为大明王朝发下来的饷银被层层盘剥，士兵根本拿不到。
见此场景，天启帝下令在全国范围内募兵，基本上就是全国总动员了。兵部经过商议决定，从四川调5.4万名士卒，先期征发3万名，给安家银15万两。其中，准备从贵州水西土司调兵5000名，给安家银2.5万两，湖广调兵2万名，安家银10万两。四川永宁宣抚司土司奢崇明上疏，愿调马步精兵2万名北上辽东。
土司按等级可以分为宣慰使、宣抚使、安抚使等武职和土知府、土知州、土知县等文职。土司可以世袭，但要由朝廷给予符印，土司主要对明朝负担贡赋和征发任务，在辖区内享有很高的自治权。
从明初到天启元年的200多年间，水西安氏从遥远的西南到南京和北京上朝93次，进贡象、驼、马、地方特产等，明廷赏赐100多次。水西坚持纳赋，派兵参与明廷的军事行动有11次，屡屡建功。而四川永宁宣抚司抚奢氏，在此期间亦上朝14次，进贡14次，明廷赏赐14次，2次出兵参与明廷的军事行动。
明朝若非兵力捉襟见肘，一般情况下是不会调动土司兵力的，因为这些军队实际上是由土司控制的，明朝军方在指挥上有很多不便。对于土司，地方官员们一是多有歧视，视其为蛮夷，二是对其索贿和欺压。明朝对西南土司的策略和对女真的策略其实没什么不同，也就是谁露头就敲打谁，采取分而治之、让土司之间相互制衡的策略。这些行为自然造成了土司和朝廷之间的冲突，根据《明实录》记载，从明朝开国到天启年间，土司和明朝发生冲突的次数多达188次，几乎每年一次。
对于土司的反抗，明朝的做法是血腥镇压，也有官员对其弊端有清醒的认识。《明熹宗实录》卷十四记录了刑部右侍郎邹元标在奢安之乱之后的奏疏，他说：“我杀愈多，彼恨愈深，杀机一动，势必蔓延，有开辟即有此苗，能尽血洗之乎？”他还尖锐地指出：“往者，播苗之祸亦好大喜功者挑之，入其疆满载而归，不遂者恶语流传，官为所误，兵连祸结。今虽开辟疆土，然元气先受伤矣。黔最贫苦，四面皆山，刀耕火种，所取几何，协济几何？臣熟知黔事，丛棘深箐，半臣足迹，故不忍忘。”
邹元标所说的播苗之祸，就是万历三大征之一的播州之役。杨氏自唐朝末年起就世居川贵之间，被封为土司。万历年间，土司杨应龙起兵作乱，究其因，明朝官员的压迫和错误的政策要承担很大的责任。这场叛乱主要集中在贵州一省，在明廷和其他土司的合力打击下，杨应龙的叛乱失败，几个月就被平定了。在平定叛乱的过程中，贵州的水西土司得到了播州的部分土地，实力得到壮大。
明朝调土司兵去辽东的命令下达之后，永宁宣抚司奢崇明派女婿樊龙带领2万军马到重庆，准备北上辽东。土司大军到来后，四川巡抚徐可求不敢怠慢，赶紧清点人数，发现其中有很多老弱士兵，甚至还有儿童，这些不合格的老弱士兵分明是来混朝廷的安家银的。徐可求就打算将其清退，以节约粮饷。该拿的饷银没有拿到，樊龙心中不满，于是趁阅兵之际将明朝在重庆的官员全数诛杀。
奢崇明的行动极为迅速，安排人员在东面占据夔州，也就是三峡口，扼守夔门天险，然后血洗綦江，屠城，另派一队出泸州，南至遵义。奢崇明让儿子奢寅守重庆，自己则集中主力发兵成都。一路上，奢崇明的实力越发强大，到了成都城下，兵员竟然多达近10万。从奢崇明的军事部署和行动之迅速来看，很难说他没有精心筹划过。
此时，明朝在成都的守军只有2000人，天启帝赶紧安排各地援军入川作战，派石柱宣慰使秦良玉率军1万到达成都，又升四川左布政使朱燮元为四川巡抚，调派辽东经略兼山东按察使杨愈茂为四川总兵官，入川镇压。奢崇明的起事很快引发连锁反应，贵州水西土司安邦彦率领2万人在贵州毕节起兵。安邦彦的实力远超奢崇明，一路势如破竹，直取贵阳。如此一来，四川、贵州、云南三省皆乱。当时，贵阳城兵力空虚，明朝官员凭借坚城固守，等待援军，但安邦彦很快就挫败了两路明朝援军。
贵阳被围，酿成了空前惨剧。由于城池在仓促之间被围，来不及往城内运送粮食，贵阳城中有40多万百姓，粮食的消耗量很大。城中粮尽后，出现了人吃人的现象，城中的军士都以人肉为食。总兵张彦芳公开组织杀人为食，人肉四斤值银一两。知县周思稷见此状况，带着乡官数人自杀，好让军士们吃自己的肉，有力气守城。“贵阳被围十余月，城中军民男妇四十万，至是饿死几尽，仅余二百人。”（《明史·贵州土司传》）。我们都知道唐朝张巡守睢阳的惨烈，而贵阳的惨烈程度远超睢阳。40万人仅剩200人，也就意味着每2000人之中，仅有一人存活。
贵阳在被围城10个月后，明朝又调集右佥都御史王三善率军数万来援，这才解了贵阳之围。而奢崇明也没能攻下成都，正在他围攻成都之际，他的部将罗乾象暗中投降了明军，成为明军的内应，致使奢崇明大败，最终只得撤围而去。明军解了成都之围，又转过头来收复了重庆，秦良玉的军队在此战中有着出色的表现。奢崇明父子退往老巢永宁，明军集中大军攻破永宁，奢崇明逃到水西，依附安邦彦。
安邦彦在贵州的势力强大，虽经明军多次围剿，但根基未被摧损。他三次围攻贵阳，均被明军打退，但明军也没有能力将他全数歼灭。安邦彦退回水西之后，明军采取了处处设防包围的方略，安邦彦则在水西养精蓄锐，招兵买马，兵力又达10万之众。水西安氏家族从蜀汉建兴元年（223年）就开始在当地建立自己的统治，时间长达近1400年，其势力已渗入了水西每一寸的土地里，在当地人眼里，只有安氏，没有朱家。
天启二年（1622年）末到天启七年（1627年）这个阶段，官军数万集中于战事，曾解贵阳之围，收复了一些失地，但因多种因素影响，贵州的平定战争远无在四川作战那么顺利，反而屡战屡败。
到天启三年（1623年）正月，安、奢二人已联合云南土司安效良兵众数万，与明军大战，双方交战的结果为：明军总兵杨明楷兵败陆广河，死难数千人；鸭池一战，总兵张彦芳大败，尸横40余里。而明军一旦在战场上失利，当地其他土司就相继发难，再次起兵。
安邦彦又率兵再次逼近贵阳，形势又急转直下。幸亏王三善临阵不乱，调度有方，扭转了战局，天启三年夏四月，大败乱兵，安邦彦等人退保水西。六月，贵州总兵鲁钦等三路进兵，直接攻入水西。安邦彦大败，逃入织金。这期间明军获降人数众多。
到了天启四年，明军又遇到重大挫折。王三善遭诈降土酋陈其愚暗算后被杀，收复重庆的猛将秦民屏也战死，官军又陷入了极度的被动之中。到天启六年二月，安邦彦率众数万渡江，大败明军。被誉为西南大将之冠，总理川、贵湖广军务的鲁钦力御不敌，自刎而死。此后，双方又陷入了均势。
崇祯帝继位之后，决定改变各省各自为战的办法，起用朱燮元为兵部尚书，总督云、贵、川、湖、广西军务兼贵州巡抚，全权负责与安邦彦、奢崇明军作战。朱燮元用了10个月招流民，广开垦，恢复经济；据险要，立营垒，充实军伍，做好了充分的准备。在一切准备妥当后，朱燮元发动了决战。拥兵10万的安、奢大军也不甘示弱，发动了对永宁的进攻。朱燮元将计就计，首战佯败，边打边退，把双方引入明军预先设好的包围圈，安邦彦、奢崇明两人被当场斩杀，其主力基本被消灭。
万历三大征一共耗费白银1200万两，而平定这场动乱的费用远超万历三大征之和。仅天启六年一年的军费就达500万两白银，而此时辽东一年的军费也才680万两白银。从天启元年至崇祯二年（1629年），大规模交战持续了9年，死伤百余万。当时，后金兴于辽东，农民起义起于陕西，而此乱则波及川、黔、云、桂四省。大明王朝面临着这三大军事压力，还能支撑到1644年，也算是个不小的奇迹。