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明朝的唐王绝食自尽之后，大家纷纷推举明神宗的孙子——桂王朱由榔为帝，他即位之后改元为永历。
与此同时，清朝的降将李成栋直驱广东，将潮州、惠州、广州等地逐个攻破，而后又立即前往桂王所在的肇庆。在司礼监王坤和兵部尚书丁魁楚的劝说下，桂王连夜逃跑，一直逃到平乐，最后又逃到了桂林。
李成栋穷追不舍，攻下了平乐，最后决定攻打桂林。桂王听到消息之后大为惊慌，又听从王坤建议前去全州投靠守将刘承胤。
兵部侍郎瞿式耜自愿留在桂林镇守，凭着一腔孤勇击退了清军，并将之前失陷的梧州、平乐收复。接下来，他打算一步一步将广西全域收复……
话说刘承胤将桂王迎入全州，刚开始还比较客气，但之后渐渐肆意妄为，甚至以胁迫的方式将桂王赶到武冈。桂王无法忍受，便偷偷求助于湖广总督何腾蛟。
但此时的何腾蛟却无能为力，他被新任的清朝平南大将军孔有德穷追不舍，难以脱身，于是立即向瞿式耜求救。与此同时，又传来了武冈失陷、刘承胤已向清兵投降的消息。这不免使二人惊慌失措，忙去打听桂王的消息。
当他们听说桂王早已偷偷转移到象州时，心才安定下来。于是，二人一致决定将桂王接回桂林。
孔有德攻陷武冈之后，想向桂林进发，却频频传来坏消息：江西、广东两省被明朝夺了回去，金声桓、李成栋两名将领又重新归附明朝了。
孔有德本想立即带着士兵前去救援，但朝廷却派尚可喜、耿仲明等人去救援江西等地，并将孔有德召回京城。孔有德接到诏令后，心里悬着的心终于放下来了，立即北上。
金声桓和李成栋投降清廷后，分别被清廷派到江西、广州。他们立下功劳不但不被清廷重赏，还受到了冷落与压制，心中自然愤愤不平。传信商讨之后，他们决定反清复明，这样一来，也引得明朝各地遗老纷纷响应。清廷只能不断派兵压制、讨伐。
摄政王多尔衮面对如此混乱的局面，急忙召开军事大会。会议最后决定各大臣分散到各地去征讨。
征南大将军谭泰、都统何洛会等人前去援助耿仲明、尚可喜攻打江西、广东，顺承郡王勒克德浑与孔有德一同攻打湖南、广西，端重郡王博洛与敬谨郡王尼堪前往大同应战，吴三桂、李国翰则出征四川、陕西……
谭泰等人前去攻打江西，一路直攻到南昌。金声桓前来应战，但不幸陷入埋伏。正当金声桓要被斩杀时，出现了一个块头大、面容丑陋的大将，将清兵打得节节败退，清军只能眼睁睁地看着金声桓被救走。这名丑将叫王得仁，因头发有五个颜色，被叫为“王杂毛”。
谭泰得知未能将金声桓斩于刀下并不气馁，决定等待机会再次进攻。金声桓不知该如何是好，派人求救于李成栋的人还杳无音信，城中的粮草也支撑不了多久了，只有王得仁日夜守着城池。
清军领略过他的厉害，便不敢轻易进攻，一直等待着时机。没过几天，清军就等来了一个绝佳时机。
原来王得仁看上了一个年轻漂亮的女子，急切地想娶她为继室，清军就趁着他大喜之日，半夜偷袭。王得仁刚出门就被清军满天射来的箭扎成了刺猬，一命呜呼了。
失去王得仁这名镇守的大将，南昌城被清军拿下。随后，赣州与广州也相继被攻下。李成栋在广州与清军战斗时不幸人马俱翻，溺水而死。
清廷各大臣还在奔波征剿之时，却纷纷收到了来自京城的急报——豫王多铎得了天花。多尔衮听到消息后，立即往京城方向赶，但到了京城之后，多铎早已病逝。
不承想，早先被多尔衮构陷幽禁的肃亲王豪格隔天病死狱中。又过了几天，顺治的嫡母——孝端皇太后也驾崩了。
丧事办完之后，陕西、山西传来捷报，多尔衮心情舒畅不少。
顺治七年（1650）的一天，朝鲜派使者前来进贡，同时呈送了一则奏章，是为了请求清朝帮助朝鲜驱逐倭寇。但多尔衮以帮助朝鲜驱逐倭寇为由，将两位十八九岁的朝鲜公主占为己有。
此后，多尔衮日日沉迷于美色，身体也渐渐虚弱起来，没过多久，竟病逝了。多尔衮逝世后，许多早已看不惯他的大臣纷纷弹劾他。最后，顺治细数他种种罪行，将他清算了。