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扬州被攻陷后，南京的警报声响起，马士英顿时慌乱了起来，连忙派党羽前去应敌。但跟随马士英的多为只知道阿谀奉承的人，并没有多少英勇胆识和兵法才学，因此，只会谎报军情，以应付朝廷。
没过多久，清军就杀入明军军营。明军将士四处逃窜，镇江很快就失守了。消息传到朝廷，弘光帝突然从淫乐之中清醒过来，嘴里不停地念叨着：“该怎么办，该怎么办？”
第二天上朝的时候，马士英才知道弘光帝在听说清军将要攻陷南京的时候，就带着宠妃偷偷逃走了。果然是本性难移，连逃跑都不忘带着最爱的美人儿……马士英连忙将泪眼婆娑的太后、皇后等人安排妥当逃离南京。
面对如此局面，总领京中军务的赵之龙也无可奈何，只能投降。
正因如此，多铎很快就带着部队进入京城安抚民心，顺带整顿军队。第二天，待部队稍稍整顿好，他就带着士兵往弘光帝逃往的芜湖前进了。话说弘光帝为何要向芜湖逃去，原来他听到清军即将到来的消息正慌乱之际，一旁的太监出了个主意：“驻守在芜湖的黄得功或许可以保护陛下。”这才有了弘光帝连夜逃往芜湖寻求生机的后话。
前去捉拿弘光帝的清军半路上遇到了前来支援南京的明将刘良佐，但刘良佐并未与狭路相逢的清军斗争，而是直接投降清军，甚至做了清军的头阵前去芜湖。
正当此时，弘光帝总算寻得了江南四镇总兵之一黄得功，见到救命稻草他喜出望外，但黄得功看见弘光帝如此狼狈却大吃一惊，连忙问道：“陛下为何会出现在这里，还未带侍卫？”
弘光帝上前紧握黄得功的手，说：“南京危急，我现在没有人可以依靠，只能想到你，因此连夜逃出来依靠你，希望你可以保护我啊！日后定会记你大功！”
黄得功眉头紧锁，叹息一声：“唉！恐怕臣子我也无能为力，刚与敌军左良玉大战一场，虽获得了胜利，但我军元气大伤，伤亡惨重，哪还能肩负起保护您万无一失的责任呢？”
但弘光帝听不进去，握着黄得功的手更加紧了，甚至带着祈求的眼神，说：“除了你，再无他人了啊！”说完不禁落泪。
黄得功见状，无可奈何，只能答应……
等到与清军隔江相望的时候，黄得功乘着小船前去应战，但刚坐到船上，就远远地听见对面有人大声劝他投降，仔细一听，竟然是刘良佐的声音。黄得功不禁恼怒起来，斥责道：“你如此轻贱，见风使舵，这么快就降了清军，可恨哪！”
但他话音刚落，就被对面的弓箭射中喉咙，惨叫一声就毙命了。
明总兵田雄见状慌了神，立即命人将弘光帝与他的爱妃送到清营，希望自己能逃过一劫。弘光帝被送到清营后，被押送去了南京，最后与他的爱妃携手赴黄泉了……
就此，江南被清军占领。正是此时，李自成也被灭了。
但没过多久，又传来警报声。原来，东南一带又有明朝的嫡系子孙称帝——鲁王朱以海在绍兴监国，唐王朱聿键于福建称帝。
多尔衮的眉头刚松没几天，这又紧皱了起来：“明朝的子孙消灭不尽啊，现在该如何是好！看来要将东南攻下还得费心思。”
大学士范文程提议道：“不如派洪承畴前去荡平东南，他文武双全，必定是最佳人选。您也不要过多担心，现大局已定，东南一带终究会收归于咱手上的。”
多尔衮也想不出其他人选，于是就派洪承畴前去。洪承畴本想推脱，但见多尔衮如此坚持，就只能领命前去征讨。
然而，鲁唐二王却未被清军消灭。
之后，多尔衮又派博洛等人南下进攻鲁唐二王，还派平西王吴三桂与豪格向四川进军。
博洛到了杭州之后，十分苦恼难以讨伐，得知唐鲁二王虽为叔侄关系，但双方水火不容时，不禁大喜。毕竟是“一山不容二虎”，更何况是同一族系，二人都希望对方是自己的藩属。二人互不相让，自然成为敌人，就不会联合起来抵御清军。
博洛便想由此打开征伐新局面。在清军的强劲攻势下，鲁王乘海路逃走了。随后，博洛又领兵继续向福建进攻唐王。
相比于贪图享乐的弘光帝，唐王并无成群的妻妾，只有一个贤妻——曾妃。因此，面对清军追击之时，唐王仅带着曾妃逃走了。
但他们还是没有逃过清军的追击，曾妃被掠去，唐王也被抓捕。曾妃知道唐王没有后路了，就忍着悲痛跳河自尽了。
得知消息的唐王悲痛欲绝，多次想自尽，但无奈于清军的看守森严，不能如意，最后连续几天不吃东西，绝食而死……
与此同时，平西王吴三桂与肃亲王豪格进攻四川。自称大西国皇帝的张献忠占据了四川。
经过一番战斗，吴三桂和豪格击败张献忠，占领四川。
蔡公曰
南中义旅，屡仆屡兴，其弊在散而无纪，涣而不群。唐、鲁二王，以叔侄之亲，亦自相水火，独不思辅车相依，唇亡齿寒。曩令戮力同心，共图兴复，则清将虽勇，亦多属酒色之徒，岂必不可敌者，乃满盘散沙，不值一扫，鲁王遁，唐王俘，东南遗老，大半沦亡，宁不可恫？