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成吉思汗对于耶律楚材说的大雪预示吉祥的话深信不疑，立即决定发兵西征，大军直指讹答剌城。
讹答剌城防守完备，成吉思汗久攻不下。攻了几个月眼看要破城，结果又来了花剌子模的援军，于是成吉思汗决定兵分四路出击，留下察合台、窝阔台等人继续围攻。
几个月后，城中粮尽，援军头目哈拉札在逃跑途中被活捉。大军杀入城中擒住城主伊那儿，将其送到成吉思汗处，伊那儿被处死。
此时，术赤所部正在向西北进发。他先是连攻撒格纳克城七日，将城中守军歼灭，又继续向西攻陷了奥斯恳、八儿真、遏失那斯三城。等大军快到毡的城时，守军早已逃跑，只剩一座空城，于是大军继续向西攻陷养吉干城。
另一边的阿剌黑、速客图、托海所部向东南进攻白讷克特城也一攻即下，随即攻打忽毡城。没想到城主利用地形紧守河中小洲，蒙古大军连攻六七次还是不能取胜，而且损失惨重，于是向成吉思汗求援。援军到后，果然奏效，忽毡城被拿下，只有城主玛里克逃脱。
各军捷报频传，成吉思汗此时也攻克了布哈尔城，追击敌人到阿姆河。成吉思汗听说花剌子模国王穆罕默德此时正带兵驻扎在撒马尔罕，也就是阿姆河的东面，于是打算东征。
穆罕默德听到消息后吓得立刻逃走，城中一时竟没了主帅。在成吉思汗的围攻下，出战的守军和后来投降的守军都被杀掉了。成吉思汗将城中工匠、壮丁等重新整顿后，便派了哲别、速不台各领一万人马去追击穆罕默德。
成吉思汗本来想对穆罕默德的母亲和妻子网开一面，便派使者到乌尔鞑赤城议和，没想到他的母亲不领情，带着妇女们向西逃走。
穆罕默德的长子札兰丁随父出逃，他想号召兵士反抗，无奈父亲不同意，还要带着他逃到在伊拉克的二弟那里。他们途中遭到了部下康里部人的叛乱，好在穆罕默德早有准备，带着札兰丁逃过一劫。
哲别、速不台一直追到了伊拉克，吓得穆罕默德再次弃城逃跑。后来，穆罕默德又从伊朗逃到马三德兰，无奈又遭到马三德兰人的复仇。后来，穆罕默德在一处小岛上感染了风寒，一命呜呼。
札兰丁回到了乌尔鞑赤，无奈城中大半是要加害他的康里部人，于是他就逃往东南去投奔哥疾宁。后来，他在路上遇到了玛里克，二人便一同上路。
哲别、速不台则打算围攻在伊拉耳堡的穆罕默德的母亲和妻子等人。堡垒易守难攻，但无奈连月干旱，堡内缺水，她们最终被二将活捉。
成吉思汗此时又命令哲别、速不台继续向西北进攻，二将便继续向西北面的钦察部进发。
到了秋季，成吉思汗继续进攻南方，派了术赤等人去攻下乌尔鞑赤。此时的乌尔鞑赤由库马尔当首领，没想到守军中了蒙古军的埋伏，于是不再出战，一意坚守。
术赤派了三千军兵去进攻，被守军杀得一个不剩。察合台主张火攻，术赤不许，兄弟因此不和，到了七月仍未能攻下城池。
成吉思汗知道了实情，改派窝阔台统领大军。在他的周旋下，终于合力将城攻陷，最终术赤留守，其余二人与成吉思汗会合。
成吉思汗已拿下阿姆河两岸，正进攻塔里寒寨，不承想这个营寨很是坚固，蒙古军损失惨重。成吉思汗立刻召回拖雷，但拖雷刚到呼罗珊西北，只好绕道返回，所以成吉思汗等了好几个月才等到援军。拖雷回来后，终于合力将这个寨子攻下。
夏末暑气渐消的时候，成吉思汗接到札兰丁在哥疾宁纠集人马并和班里城城主蔑力克汗联合的消息，于是决定亲征，然后命哲别等人分兵攻打扎兰丁的二弟屋克丁。哲别围攻半年便拿下了屋克丁驻扎的合儿拉耳城，杀掉了屋克丁。
札兰丁这边召集了六七万人，成吉思汗一时也难以攻下，于是派养子失吉忽秃忽从东南边进攻。失吉忽秃忽在路上与札兰丁的军队遭遇，被其分三路包抄，一时间蒙古军死伤无数，他也差点儿被困住，最后拼命杀出重围。这也是蒙古军的第一次大败仗。
消息传到成吉思汗处，此时他正因为爱孙中箭身亡而悲伤不已，于是发誓要把八米俺城拿下。
在悲伤和仇恨的双重刺激下，察合台一马当先，亲自领军，终于攻下城池。
成吉思汗不做修整，继续南下，到了哥疾宁，没想到札兰丁已经逃奔印度河，于是他放弃攻城，带兵加紧追赶。
札兰丁快逃到印度河时，被成吉思汗的大军追上。他的右翼蔑力克汗被打得措手不及，命丧当场。札兰丁大势已去，急中生智，跳入河中仓皇逃去。
成吉思汗决心继续追击，于是命令部将八剌渡河南下，自己则回去围攻哥疾宁。城中已没了守将，工匠和妇女全部成为俘虏。
为了搜捕札兰丁余党，成吉思汗沿着印度河北行。但还是没有抓获札兰丁，成吉思汗不免有些郁闷。这时，他的军师耶律楚材便婉言劝其穷寇莫追。成吉思汗不死心，还要等接到哲别军远征钦察得手的消息才肯罢休。
当时正值酷暑，成吉思汗想要继续渡河南下攻打印度。大军来到印度河，正在军兵下马饮水之际，河边来了一头奇兽。成吉思汗命令部下用弓箭射击，还没动手便听到神兽发出类似“汝主早还”的人语。
耶律楚材马上向成吉思汗解释这个神兽是吉祥之兽，此番是让成吉思汗不要继续杀戮，保全百姓的意思。成吉思汗见状，决定顺应天意，召回各军，不再远征，即刻班师还朝。
《元史》太祖十九年，帝至东印度国，角端见，班师。《耶律楚材传》，亦载及之，别史多辨其讹，且谓太祖未渡印度河，何由至东印度？是皆史家饰美之词，不足为信。