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李承乾被立为太子后，游手好闲，不学无术，热衷声色，宠幸宦官。东宫的贤臣于志宁、孔颖达、张玄素等人多次规劝，太子不仅无动于衷，反而记恨上了劝说次数最多的于志宁。他派遣两名刺客刺杀于志宁，刺客到于志宁家一看，真可谓家徒四壁，一贫如洗。刺客不忍心下手，只好谎称找不到机会。
太子失德，其他皇子就有了争夺皇位的机会。魏王李泰召集文士出书立著，还考察了古今地理，写了一本地图志献给太宗。太宗龙颜大悦，赏给李泰的财物，甚至比太子还多。褚遂良认为不妥，便上书劝谏。太宗误会成太子的用度太少，便下令太子每月花销不得有限制。李承乾大喜过望，更加挥霍无度。张玄素劝谏太子，居然被太子派人暴打，从此不再管太子的事情。
褚遂良上书太宗，陈述太子斑斑劣迹。太宗认为，魏征是最忠心正直的，便派遣魏征当太子的老师。此时魏征已经年老，还身患疾病，接下命令几天后，居然卧床不起，不久便与世长辞。
太宗号啕大哭，亲自为魏征撰写碑文，对大臣们说：“以铜为镜，可以正衣冠。以古为镜，可以见兴替。以人为镜，可以知得失。魏征一死，就如同朕丢了一面镜子。”魏征死后，太宗又想起过去的功臣，便命工匠在凌烟阁中画了长孙无忌、李孝恭、杜如晦、魏征、房玄龄、高士廉、尉迟恭、李靖、萧瑀、段志玄、刘弘基、屈突通、殷开山、柴绍、长孙顺德、张亮、侯君集、张公瑾、程知节、虞世南、刘政会、唐俭、李世
、秦叔宝这二十四位功臣的画像。
二十四位功臣中，有十一位已经去世，侯君集功勋卓著，却排在后面，内心很是不爽。他与郧国公张亮把酒言欢，大发牢骚，并想请张亮和他一起谋反。张亮假意答应，随后进宫密告给太宗。太宗念及旧情，便告诉张亮，朕自己会注意，此事万万不能声张。
太子也看出侯君集的不满，便打算联合侯君集准备谋反。太子有断袖之癖，还喜好结交方士。太宗得知后，便处死太子喜欢的娈童称心和一众方士，臭骂了太子一顿。太子无法忍受，便找到侯君集和李元昌，割臂为盟，准备谋反。就在要行动的时候，纥干承基被官兵抓走。太子以为泄密，吓得神不守舍。后来他才知道，齐王李祐起兵谋反，纥干承基是被牵连的。李祐被抓住后，太宗下令将其处死。
李祐的死大大震撼了太子，但他还没担心几天，就因为纥干承基的告密而被贬为庶人，关押了起来。李元昌被赐死，侯君集被赐死，侯君集家人被流放岭南。其他东宫官员，除了于志宁外，都以劝谏不力为名被罢官。
李承乾太子之位被废，李泰就成了很有可能被立为太子的人。太宗也有此意，群臣中除了长孙无忌外，也都同意。长孙无忌想要立晋王李治，太宗始终未能做出决定。
李泰担心李治会被立为太子，便吓唬李治说：“你与李元昌交好，如今李元昌被处死，你恐怕要被牵连了。”李治被吓得惶惶不可终日。太宗发现后，李治便将李泰所说和盘托出。太宗大惊失色，原来李泰城府如此之深，看来不是好的人选。
太宗痛心疾首，召集群臣商议时，情到深处，居然说三个儿子和一个弟弟居然为了皇位做出这样的事情，活着还有什么意思，随后就要拔剑自刎，幸好群臣劝阻才没能成功。之后，在长孙无忌的劝说下，太宗立了晋王李治为太子，命褚遂良为幕僚从旁辅佐。
贞观十七年（643），朝鲜半岛发生战乱。高丽东部泉盖苏文（又称“渊盖苏文”，史书上为避李渊讳多称“泉盖苏文”）凶狠残暴，高丽王高建武准备诛杀他。泉盖苏文得知后，率军闯入皇宫，杀死高建武和一众大臣，立高建武的侄子高藏为王，自封莫离支。随后，又与百济和亲，攻打新罗。新罗女王善德抵挡不住，写信给太宗求救。
此时朝鲜半岛上的三个国家都是大唐的藩属国，太宗便派遣使臣命令泉盖苏文撤兵。泉盖苏文拒绝听令，太宗就决定出征，派张亮率四万三千兵马，战舰五百艘，从莱州攻打平壤。李世
率六万兵马和兰州、河州两地番兵杀奔辽东。太宗还亲自写诏书，声讨泉盖苏文。此时李大亮病故，遗书上劝说太宗不要远征朝鲜，但太宗决心已定，亲自率军从洛阳直到定州。他下令把太子留在定州处理朝政，太傅高士廉等人共掌军政大事。
大军抵达幽州后，李世
按照太宗计策抵达盖牟城下，打了敌军一个措手不及。盖牟城被破，俘虏敌军两万多，缴获粮草十万多石。张亮率领水军攻打卑沙城，程名振、王大度趁夜登上唯一可出入的西门，杀死守军打开城门。唐军杀入，俘虏敌军八千多。
捷报频传，太宗很高兴，正要前往前线督战，便听说掌管军中粮械的岑文本，疲劳过度而死。安葬过岑文本后，太宗继续东征，先后攻下辽东城、白岩城，但在安市城下被挡住了。李道宗麾下的将领傅伏失去了有利位置，让唐军伤亡惨重。
李道宗得知此事后，赶紧向太宗请罪。太宗念在李道宗在辽东立过战功，赦免了他，随后下令，把傅伏斩首。
安市城久攻不下，时间已来到初冬。辽东的冬季天寒地冻，唐军的粮草也要吃光了。太宗这才下令班师回朝，但此时已经有些晚，一路上天降大雪，还要穿越很多沼泽地，许多将士死在了半路。
太宗此次亲征，虽然有些胜利，但却得不偿失，很是后悔。回程路上他不禁想到，要是魏征还在，一定会劝说自己不要出征。
队伍到定州的时候，太宗偶感风寒，面容憔悴，身上又生了疥疮，十分痛苦。侍中刘洎私下和同僚说，太宗怕是要不久于世。有人添油加醋把这些话上告太宗，太宗便让刘洎自尽。回到长安，太宗处死了张亮。张亮在家中行巫术，还收了五百个干儿子，有造反的嫌疑。群臣之中只有李道裕为张亮说情，认为张亮谋反没有实际证据。处死张亮后不久，太宗就后悔了，重赏了李道裕。
贞观二十年（646），高丽王高藏派使臣献上美女，以向太宗谢罪。太宗觉得高丽王把他比作夫差，便送回美女，准备再次东征。但薛延陀真珠可汗已死，他的儿子突利失可汗统治东突厥，肆叶护可汗统领薛延陀。二人向来不慕，真珠可汗死后便刀兵相见。肆叶护可汗获胜，自立为多弥可汗。
太宗东征，多弥可汗趁虚而入，攻打河南，不料被执失思力击败。太宗回京后，多弥可汗又派兵攻打夏州，又被李道宗、执失思力和乔师望联合击败。回纥各部落听说多弥可汗接连被大唐打败，也出兵攻打薛延陀。多弥可汗进行的战争越多，国内外的形势就越是糟糕。
见多弥可汗贼心不死，仍经常派人在边境收集信息，太宗就派李道宗、阿史那社尔、执失思力、契苾何力、薛万彻、张俭等人，分兵出击薛延陀。薛延陀人听说唐军攻来，纷纷逃跑。多弥可汗也带着几千骑兵向西逃跑，路上被回纥大军拦住，全军覆没。跑掉的薛延陀人奉真可汗的侄子咄摩支为伊特勿失可汗，向大唐请降。
李道宗和薛万彻一直打到回纥部，命回纥归顺大唐，各部落纷纷献上财物和降书。太宗大喜，命安永寿和各部落使者回去，颁发酋长印信。回纥部改名为瀚海府，仆骨为金微府，多滥葛为燕然府，拔野古为幽陵府，同罗为龟林府，思结为卢山府，浑为皋兰州，斛薛为高丽州，奚结为鸡鹿州，阿跌为鸡田州，契苾为榆溪州，思结别部为蹛（dài）林州，白霫为寘（zhì）颜州，由各酋长管辖。酋长被赐予都督或刺史名号，得金银、锦袍等赏赐。
之后，太宗又设立了燕然都护府，统辖瀚海六府和皋兰等七州，扬州都督李素立为燕然都护。李素立对各部落施了不少恩惠，为人诚信，深受各部落欢迎。酋长们纷纷献上礼物，李素立却一概不收，因此更受大家敬畏。
此时是大唐鼎盛的时期，四面八方的少数民族纷纷归顺。每年元旦，前来朝拜的使臣不计其数。
蔡公曰
魏王泰潜谋夺嫡，至承乾败后，太宗果欲立泰为储贰，幸长孙无忌、褚遂良等，一再谏阻，方改立晋王治，司马温公谓唐太宗不私所爱，以杜祸乱之源，可谓知所远谋者，诚非虚语。
若太宗东征高丽，当时议之，后世非之。夫盖苏文有弑主之恶，用王师以讨其罪，谁曰不宜！所失者，在御跸亲征，致多烦费耳。然如太宗之勇略过人，出奇制胜，实不可没，而其后卒不能平高丽，或亦有天意存乎其间，非尽战之罪也。