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在长安，司马颙把持朝政，让惠帝立司马炽为皇太弟，升司马越为太傅，为司马虓、司马楙等王重新分配了职务和领地。
惠帝又一次改元，年号永兴，一切军国要政都交给了司马颙、张方处理。
第二年，皇甫重因常年被敌军围困，派皇甫昌向司马越求援。遭拒绝后，他竟直接来到洛阳，假传司马越命令，迎羊皇后入宫，再借羊皇后命令讨伐张方，奉迎惠帝。不过，阴谋很快败露，皇甫昌被杀，皇甫重也被属下杀死。
司马颙曾召司马越一起辅政，司马越不愿接受，导致二人之间有了嫌隙。之后，司马越采纳刘洽建议，讨伐张方，奉迎天子，还复旧都。司马楙把徐州让给司马越，司马虓和王浚积极响应，推立司马越为盟主，联合起兵。一时间，很多朝臣奔赴东海，积极支持司马越。
这时，赵、魏交界处出现了一个公师藩，他原本是司马颖的部下，听说司马颖被废，自称将军，扬言要为司马颖报仇。一个叫石勒的羯人，听说公师藩起兵，前来投奔。石勒骁勇善战，直逼邺城。幸好司马虓派人援助，司马模才守住邺城。之后，司马越留下司马睿和王导二人，自己发兵西行。
司马颙这边还在为公师藩叛乱伤神，那边又听说司马越起兵，于是想出两个办法：一是让司马颖做镇军大将军，统领河北军事，让卢志抵御公师藩；二是让惠帝下诏，令司马越等人返回封地。结果，算盘双双落空。
恰好此时，司马颙接到刘乔奏章，于是让刘乔讨伐司马虓，同时让刘弘、刘准等人协助刘乔；让张方讨伐刘舆，司马颖与石超做刘乔的后援。很快，刘乔攻下许昌，司马虓来不及防备，只能逃往冀州。到达冀州后，司马虓派刘琨到幽州向王浚求援，两人召集数千士兵后，麾师南下，先后渡了河。
当时，司马颖已经进军洛阳。石超见刘琨和司马虓来势汹汹，只能仓皇逃走，逃跑途中被砍死。之后，刘乔父子大败，刘乔仓皇逃走，儿子刘祐被杀。刘琨、田徽和司马越三军会合，直指关中。王浚也命令部将祁弘带领鲜卑、乌桓骑兵支援司马越，作为前驱。
这时，刘弘见张方残虐无道，料想司马颙必败，便向司马越求和，表示愿意归附。司马颖已经进入洛阳，自然不再愿意听命司马颙。司马颙见形势对自己不利，打算与司马越议和，但是张方不同意，司马颙只好作罢。
一个叫毕垣的参军，常被张方欺侮，趁机说张方图谋不轨，劝司马颙除掉他。司马颙信以为真，让张方的心腹郅辅趁机杀了张方，砍掉他的头颅，并将其送给司马越。司马越收下张方首级，却不答应议和。随后，司马越派人到长安迎回惠帝，并派兵攻打洛阳、荥阳。接着，司马越进入长安，拜见惠帝，召集百官，把惠帝迎回洛阳。
这时，洛阳已经一片荒凉，宫内只剩下三五个老宫婢及六七个太监，太庙也是蛛网遍布。不过，惠帝还是迎回了羊皇后，两人久别重逢，满心欢喜。
永兴三年（306）六月，改元为光熙元年。惠帝封赏迎驾诸臣，升司马越为太傅，司马虓为司空，皇太弟以下各司其职。
说也奇怪，惠帝在长安时，江东出了一个假皇太弟，就是丹阳人甘卓。甘卓曾是吴王的随身侍卫，和陈敏讨伐过石冰，也当过司马越参军。后来，陈敏假借结亲，骗他冒充皇太弟。原来陈敏打败石冰后，认为自己无人可敌，便想要占据江东。陈敏广招名士，自推楚公，统领江东军事，兼任大司马，又谎称接到密令，奉迎惠帝。
此时，陶侃和苗亮戍守夏口，因为陶侃和陈敏认识，有人暗中劝刘弘提防陶侃。刘弘笑着说：“陶侃忠心耿耿，你们都放心吧！”事后，陶侃把儿子陶洪和侄子陶臻送给刘弘做人质，以表忠心。刘弘重用陶洪，送回陶臻，还不断提拔陶侃，让他安心对抗陈敏。陶侃有勇有谋，连连战胜，让陈敏不敢再觊觎江汉。不久，刘弘因为积劳成疾去世了。
再说司马颖，他逃到华阴后，听说惠帝回到洛阳，准备投靠公师藩，却被冯嵩抓到邺城，囚禁起来。公师藩得知后，亲自带兵攻打邺城，司马虓匆忙让兖州刺史苟晞御敌。最后，公师藩被杀，汲桑、石勒等人逃跑。不久，司马虓在邺城病死。长史刘舆担心有人释放司马颖，于是令人假冒朝廷使者，逼司马颖自尽，还杀死了他的两个儿子。随后，司马越命刘琨为并州刺史，镇守北方，升司马腾为东燕王兼任车骑将军，统领邺城军事。
司马颙逃进太白山后，一直没敢露面，后被马瞻、梁迈等人迎进长安。司马越听到这一消息后，立即派兵征讨。没想到司马颙却遭遇内变，士兵们都对司马颙不满，不愿再为他效命。
正当长安一片混乱之时，惠帝暴毙的消息被传出来了。据说，惠帝是被司马越毒死的。一天晚上，惠帝在显阳殿里吃了几个饼子，很快肚子就绞痛起来。等御医到时，惠帝已经不省人事，御医只说“中毒了”，就一溜烟地跑出宫了。究竟是谁下的毒，无从追究。但是，司马越对惠帝暴死的事一点儿都不追究，只是让侍中紧召太弟司马炽继位，可见他非常可疑。
说司马越可疑，还有一个原因，就是羊皇后担心司马炽登基后自己做不了太后，便想推立司马覃。恰好这时司马越拥着司马炽进来，羊氏无奈只好让司马炽即位。可见，皇室早已明争暗斗，只可怜惠帝被无辜毒死，在位十六年，改了七次年号。
司马炽即位，大赦天下，是为晋怀帝。随后，尊羊皇后为惠帝皇后，立妃梁氏为皇后，命太傅司马越辅政。不久，司马颙被封为司徒，但在赶往洛阳途中，他与三个儿子一并惨死在刀下。
帝室相残，内讧四起，即如江东陈敏，不度德，不量力，妄思占踞半壁，称雄南方，意者其亦张昌邱沈之流亚欤？父怒灭门，竟致忧死，不忠不孝，安能有成？观其劫持甘卓，使充太弟，指鹿为马，掩耳盗铃，尤觉可笑。至若颖颙之死，皆由自取，而惠帝遇毒，戚亦自诒，以天下之大愚，致天下之大乱，其得在位十余年者，犹幸事耳，与东海何尤哉？然东海之敢行鸩主，罪固不可逭（huàn）矣。