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平定西蜀后，刘裕被封为太傅、扬州牧，他推辞不受。安帝另封他的次子刘义真为桂阳县公。
当时，平西将军司马休之的儿子司马文思滥结党徒、残害人命，遭到弹劾。晋廷下诏诛杀司马文思的党羽，但赦免了他的死罪。刘裕将司马文思押送到江陵，交给司马休之处置。司马休之表示愿意废了司马文思，却满含讥讽地向刘裕道谢。
刘裕很愤怒，便亲自率兵讨伐司马休之。司马休之则联合鲁宗之（时任辅国将军、雍州刺史）、鲁轨父子一起抵御刘裕。两军交战，司马休之大败，与鲁宗之、鲁轨逃往后秦。
刘裕凯旋而归，安帝再次加封他为太傅、扬州牧，还特许他带剑上殿，朝见时不用跪拜。刘裕仍不接受，于是被封为平北将军，督管南秦的二十二个州郡，后又被封中外大都督，长子、次子和弟弟也被加封。
这时，后秦主姚兴已死，关中大乱。刘裕趁机西征，率领部将王镇恶、朱超石、沈田子等人兵分数路，浩浩荡荡地向关中进发。王镇恶、檀道济迅速攻克许昌、洛阳，刘裕让三子刘义隆据守彭城，兼管徐、兖、青、冀四州军事，自己则亲率大军西进。
很快，王镇恶、檀道济等人合攻潼关，秦将姚绍率领大军前来支援。两军展开激战，晋兵作战勇猛，秦兵屡战屡败。秦主姚泓万分着急，立即向北魏主拓跋嗣求援。拓跋嗣犹豫不决，但还是派长孙嵩等人前去援助，可惜被晋兵痛击，狼狈退兵。
当时，围攻潼关的晋兵已经没有粮草，士兵们怨声载道，王镇恶只好派人向刘裕求助。刘裕吩咐王镇恶等人在大军到时再齐头并进。哪知王镇恶急功近利，直奔潼关，幸好得到百姓输送的粮草，军队才安定下来。
沈林子击败河北的秦军，斩杀秦将姚洽等人，姚绍愤懑成疾，呕血而亡。沈田子、傅弘之攻入武关，进驻青泥，大败秦军，吓得姚泓魂飞魄散，掉头就逃。关中郡县，大多归降晋军。
随后，王镇恶率水军进逼长安。这时，姚泓屯兵逍遥园，并让姚赞屯驻灞东，胡翼度屯驻石积，姚丕屯驻渭桥。王镇恶逆流而上，火速登岸，直接冲向姚丕。姚丕军大败，向西奔逃，恰好此时姚泓冒失地率兵前来支援，两军自相践踏，不战即溃。
王镇恶追杀过去，杀敌就像割草一样。秦将姚谌、姚烈等人被斩杀，只有姚泓一人逃回长安。王镇恶兵临城下，姚泓带着妻儿逃往石桥，后见无路可逃，就带着妻儿及群臣来到晋军营请降。几天后，刘裕率领大军进入长安城，将姚泓押入城内，斩首示众，并斩杀了姚氏子弟一百多人。自此，后秦灭亡。
消灭后秦后，朝廷加封刘裕为相国，令他管理百官，赐给他十个州郡，封为宋公。
正当刘裕想要继续进军西北时，突然传来刘穆之病逝的消息。刘穆之是刘裕最得力的手下，帮助刘裕打理政务，很有功劳。他死后，刘裕悲痛不已，也担心失去刘穆之后政局动荡，于是让次子刘义真镇守关中，自己率兵东归。
当时刘义真只有十三岁，刘裕让手下王修、王镇恶、沈田子等人留下辅佐。谁知刘裕刚离开，夏主赫连勃勃便率兵进犯潼关。更糟糕的是，沈田子因为和王镇恶关系不好，竟伺机将他杀害了。幸好王修斩杀沈田子，并派将领毛修之与傅弘之一起抵挡夏兵，才化解了危机。然而，没几天，刘义真竟受人蛊惑，杀死王修。王修一死，夏兵再次偷袭。刘义真吓坏了，急忙向父亲求援。
刘裕立即派蒯恩前去支援，召回刘义真，封朱龄石为雍州刺史，镇守关中。哪知，刘义真贪财，离开前还舍不得收敛来的奇货珍玩，收拾这些东西就用了三五天。直到朱龄石赶来，一再恳请，他才慢悠悠地离开。路上，他的亲信仍不忘劫掠，行军缓慢，结果被夏兵追上。傅弘之、蒯恩奋力杀敌，刘义真才侥幸脱险，但是傅弘之、蒯恩、毛修之却被敌人俘虏。
之后，赫连勃勃进攻长安，朱龄石被百姓驱赶出城，和弟弟朱超石被夏兵所擒，惨遭杀害。傅弘之不肯屈服，被夏兵杀害。赫连勃勃攻入长安，占据关中。刘义真回到彭城，被贬职。
与此同时，皇帝任命刘裕为相国、宋公，加九锡殊礼。刘裕尊继母萧氏为宋公太妃，封世子刘义符为中军将军，依晋朝制度封亲信、僚属，形成小朝廷。接下来，刘裕开始着手篡晋，暗中让王韶之贿赂内侍，伺机下毒谋害安帝。
皇帝的弟弟司马德文见刘裕权势日隆，怕他陷害安帝，时时提防，每天都检查安帝的饮食，使得王韶之等人无隙可乘。直到司马德文突然生病，不得不到宫外休养，王韶之才得了手，指挥内侍勒死了安帝。
安帝暴毙，司马德文继位，是为晋恭帝。第二年，恭帝改元元熙，立王妃褚氏为皇后，封刘裕为宋王，加赐十个州郡。刘裕全部接受，将幕府迁到寿阳，还让朝臣上奏请求加赐自己殊礼。恭帝不敢拒绝，只好允准刘裕佩戴帝王礼冠，建天子旌旗，拥有天子规格的仪仗。之后，刘裕封王太妃为太后，世子为太子。
一年后，刘裕已经六十五岁，迫不及待想要篡位。一天，他邀请群臣，向他们暗示自己的心思，说：“我现在已经年迈，极尊的地位让我感到不安，我想奉还爵位，归老京师。”群臣不知所以，只有傅亮洞悉刘裕的心思，对刘裕说：“我应该暂时回京。”第二天，他就急匆匆地赶回京都了。
过了几天，有诏令让刘裕回京。刘裕一回到京都，傅亮便召集群臣逼迫恭帝禅位，写下让刘裕受禅的诏书。刘裕假装推辞一番，然后在南郊登坛，驾御太极殿，登基为帝。
刘裕改国号为“宋”，改元永初，建立了刘宋政权，立刘义符为太子，封其他几个儿子为王，并封赏文武百官，安抚百姓！
蔡公曰
刘裕数子，年皆童稚，裕各令为镇帅，岂不知其不能胜任，而漫为出此者，有二因焉：一则为分封子姓之预备，二则为镇压将吏之先机。裕之帝制自为，目无晋室也，盖已久矣，然稚子究未能守土，虚声亦宁足制人，观关中之乍得乍失，自丧爪牙，几至委义真于强虏之手，天下事之专欲难成者，何一不可作如是观耶？至若胁晋禅位，由渐而进，始则佯为逊让以欺人，继则实行篡弑以盗国，其心术之狡鸷，比操懿为尤甚，魏晋已导于前，裕乃起而踵于后，青出于蓝，冰寒于水，固非偶然也。顾晋之得国也如是，其失国也亦如是，天道好还，司马氏其固甘心哉！