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安帝复国后不久，益州发生了一件大事。益州参军谯纵，杀掉了益州刺史毛璩，自称成都王，搅得蜀中不得安宁。
朝廷任命司马荣期为新的益州刺史，带兵征讨谯纵，却被谯纵所杀。朝廷又派刘敬宣、刘道规率大军征讨谯纵。谯纵自知不敌，便向后秦称臣、求援（后秦是当时盘踞在陕西、甘肃一带的强大政权，由羌族军阀姚苌建立）。
得到后秦的援助后，谯纵击败了晋军。
正当刘裕想要亲自讨伐谯纵时，又传来南燕入侵淮北的消息。
南燕是一个盘踞在山东的政权，皇帝叫慕容超。此次他派慕容兴宗等人率兵进犯东晋。得到消息，刘裕随即出师北伐，并让手下刘道怜屯兵淮阴。晋军来到大岘山，与南燕军展开一场恶战，杀得山川并震、日月无光，仍不分胜负。于是，刘裕采纳参军胡藩的建议，派兵偷袭南燕重镇临朐城，一举成功。
慕容超得知临朐城沦陷，顿时慌了手脚，兵败如山倒，刘裕率兵奋勇直追，直接攻入广固外城。慕容超与公孙五楼一面死守内城，一面派手下张纲去后秦乞援。此时，后秦正在与胡夏（一个由匈奴人赫连勃勃创立的政权，盘踞在西北一带）交战，自顾不暇，哪里有精力分兵救援？
张纲无功而返，回来途中，被晋军俘虏。刘裕以礼相待，张纲欣然投降，并登上楼车告诫城上守卒，说后秦不会来支援了。闻此消息，慕容超更加惊慌，急忙派使者求和，并表示愿意割让大岘山，向晋称臣。刘裕并不接受，对广固发起猛攻，南燕尚书悦寿见大势已去，开门投降，把晋军迎入城。随后，慕容超被诛杀，刘裕被朝廷任命为青、冀二州刺史，获自主行事权。
刘裕还没高兴几天，又传来坏消息—卢循攻陷长沙，卢循的姐夫徐道覆攻陷南康、庐陵、豫章，两军直逼建康。刘裕立即赶往建康，与安帝商议御敌的计策。刘毅自告奋勇，率军南征，却因急功近利大败，只带着数百人狼狈逃回。
得知刘毅大败，刘裕急忙招募士兵，修缮城池，然而，当时京都还没有恢复元气，刘裕手下人马不到一万。卢循、徐道覆则士气高涨，纠集了十多万人，舟车绵延一百多里。随后，卢循因畏惧刘裕，便退据寻阳。
刘裕一面让手下将领孟怀玉率兵追击，一面让孙处、沈田子乘坐战舰走海路奔往番禺，直捣卢循的老巢。卢循回到寻阳后，积极联络谯纵，邀他一起夹攻荆州。谯纵欣然答应，并向后秦求援。秦主姚兴当即封谯纵为大都督，兼相国、蜀王，并调桓谦和苟林协助他。找到盟友的卢循率兵攻打荆州，两路大军交相进攻江陵，声势浩大。幸亏守将刘道规、刘遵有勇有谋，严防死守，江陵才得以保全。
江陵无恙之后，刘裕亲自率领刘藩、檀韶等将领讨伐卢循。在一个叫大雷的地方，双方大战，刘裕大获全胜。获胜后，刘裕率军凯旋，派刘藩、孟怀玉继续追剿残敌。走投无路的卢循无奈自杀，徐道覆被孟怀玉斩杀。自此，作乱南方的逆党全部被荡平。
刘毅见刘裕又立大功，越发嫉妒，便想要谋害刘裕。刘裕则先下手为强，先是杀死了刘毅的弟弟刘藩，又对皇帝说刘毅等人图谋不轨，让皇帝免去了刘毅荆州刺史的官职，随后派王镇恶攻打刘毅所在的江陵城。破城之后，刘毅自杀，全族被灭。
除掉刘毅后，刘裕命朱龄石为益州刺史，让他与臧熹、蒯恩、刘钟率大军征讨西蜀。当时，很多人说朱龄石难当重任，刘裕却力排众议，还交给他一封锦函，让他到白帝城再打开。很快，大军来到白帝城。朱龄石打开锦函，上面写着：众军从外水攻取成都，臧熹从中水攻打广汉，老弱兵士乘高舰从内水前往黄虎，全军速战速决。违令者斩！
朱龄石依计行事，很快便击败了谯纵的军队，谯纵无奈自杀。
打败谯纵后，朱龄石进入成都，只杀了谯纵的亲属，其他人一概不问罪。自此，西蜀被平定，朱龄石监管梁、秦州六郡军事，百姓得到安宁。
蔡公曰
非刘裕不能破卢、徐，非刘裕不能平谯纵，卢循智过孙恩，徐道覆且智过卢循，往来江豫，盘踞中流，实为东晋腹心之大蠹。谯纵据有成都，负嵎自固，刘敬宣挫师黄虎，天险足凭。乃朱龄石等引军再进，多方误蜀，破竹直入，杀敌致果者为诸将，发纵指示者实刘裕。锦函之授，远睹千里，裕诚一枭杰矣哉！至若杀刘毅，杀诸葛长民，一挥手而两首悬竿，何其敏且速也！然讨卢循、徐道覆、谯纵，犹似近公，袭杀刘毅、请葛长民，纯乎为私，司马昭之心，路人皆知，宁待至篡国后哉！