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不久，刘玄派使者来传诏命，册封刘秀为萧王，令他立即罢兵西归，另派苗曾为幽州牧守、韦顺为上谷太守、蔡充为渔阳太守。刘秀大为惊异，脸上却一点儿未流露，照常迎进使者。询问之后，才得知刘玄迁都长安，大封功臣。
原来，刘玄迁都洛阳后，只住了四个月，便被申屠建、李松等人迎入长安。到了长安，李松、赵萌劝刘玄封功臣为王，遭到朱鲔反对，说高祖有约，非刘氏不能称王。李松、赵萌就请先封宗室，后封诸臣。于是，刘玄封刘祉为定陶王，刘庆为燕王，刘歙为元氏王，刘嘉为汉中王，刘赐为宛王，刘信为汝阴王。宗室封完，封王匡为泚阳王，王凤为宜城王，朱鲔为胶东王，王常为邓王，申屠建为平氏王，陈牧为阴平王，张卬为淮阳王，廖湛为穰王，胡殷为随王，李通为西平王，李轶为舞阴王，成丹为襄邑王，宗佻为颍阴王，尹尊为郾王。
朱鲔推辞不受，任为左大司马；赵萌为右大司马；李松为丞相。三人共同处理内政。又命刘赐、李轶镇抚关东，李通镇抚荆州，王常为南阳太守。赵萌有一个女儿，颇有姿色，入宫后，很是受宠。赵萌也得以专权，任意封赏，关中人士无不失望至极。
刘秀受封之后，惶惑不定，时常默默沉思。耿弇、铫期进言，劝刘秀自立为帝，成就大事。其实，刘秀正有此意，决定占据河北，伺机而动，于是向刘玄使者托词说河北没有平定，不便回都。
当时，梁王刘永占据睢阳、公孙述在巴蜀称王、李宪自称淮南王、秦丰自称楚黎王，张步、董宪、延岑、田戎也都设置将帅，侵占郡县；铜马、大彤、高湖、重连等地也是起义四起。刘秀封吴汉、耿弇为大将军，先平定铜马，收服几十万降兵。又在射犬城击溃赤眉军，招抚河内太守韩歆、岑彭，攻下邺城，并留下陈康守城。
刘秀担心长安被赤眉攻破，封邓禹为前将军，带兵西进，又封寇恂为河内太守，行大将军之事；任命冯异为孟津将军，统率魏郡、河内的兵马，屯守河上。布置完一切，刘秀就放心攻打敌寇去了。
当时，李轶、田立、朱鲔与白虎公陈侨带领三十万人把守洛阳，河南太守武勃管理粮草。听说刘秀向北进军，刘玄当即打算乘虚进攻河内。冯异早已料到，给李轶写了一封信。李轶看了书信，后悔不该陷害刘
，但是又担心刘秀怀恨在心，只能含糊答应。
冯异得到答复，只留下几千人把守河内，自己率兵向北逼近，平定成皋、攻下河南。却不见李轶发兵，于是将李轶的原信交给刘秀。此时，刘秀已到河北，连破尤来、大枪、五幡等起义军，看到李轶的书信，刘秀知道李轶狡诈，就将书信公布，借朱鲔的手杀了李轶，为兄长报了仇。
与此同时，朱鲔派苏茂、贾强领兵三万渡过巩河，直攻温邑，并亲率数万兵马，直捣平阴，牵制冯异。寇恂立即派兵出城，勇往直前，击败苏茂，斩杀贾强，杀死、俘获大量敌军。
刘秀收到捷报，非常欢喜，众将进来道贺，并劝刘秀称帝。刘秀不肯答应，封马武先锋，耿弇、景丹等为后应，吴汉为统帅，追击尤来起义军。敌兵溃不成军，逃入辽西、辽东，被乌桓貊人杀得一干二净。这时，贾复也赶来蓟城，与刘秀相见。众将一再劝刘秀称帝，刘秀仍认为未到时候，下令进军鄗地。
当时，平陵人方望拥立刘婴为皇帝，自称丞相。不过，很快兵败被杀，刘婴也死于乱军之中。还有公孙述，自立为蜀王，后又听信李熊的话，自立为帝。
听说刘婴惨死，刘秀不免为之叹息。又听说公孙述胆敢称帝，便一不做二不休，乘时称帝，免得屈于人后。恰好，儒生强华求见，恳请刘秀称帝。
第二天一早，众将又上书请求，刘秀当即命人在城南设坛，并选了一个黄道吉日接受朝拜。改元建武，大赦大下，改鄗邑为高邑。为表重兴汉室之意，刘秀仍然使用“汉”的国号，史称后汉。这一年是更始三年（公元25）六月，史家因刘秀登基，汉室中兴，所以将正统归于刘秀，称建武为正朔。又因刘秀后来的谥号是光武，称他为光武皇帝。
蔡公曰
惟玄于入关以后，委政宵小，不思笼络刘秀，徒假以萧王之虚名，令秀速归，是正所以促其离心耳。蛟龙得势，志在奔腾，宁待耿弇铫期之谏阻乎？