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本次《伤寒论》的校对主要采用《伤寒论校注》《注解伤寒论》两种图书进行校对。
《伤寒论校注》由刘渡舟主编，1991年人民卫生出版社出版。该书以明万历二十七年（1599年）赵开美《伤寒论》（缩微胶卷）校刻本为底本，参校本为1955年人民卫生出版社据清康熙五十五年（1716年）上海陈氏起秀堂刻《金匮玉函经》影印本、上海涵芬楼影印明嘉靖二十三年（1544年）王济川《注解伤寒论》刻本等。据赵开美刻本分为十卷二十二篇，每篇首列提要，原文后有校勘、注释、按语等内容。
《注解伤寒论》是金代成无己对汉代张仲景所撰《伤寒论》的注解。该书成于1144年，是现存最早的《伤寒论》全注本。全书共十卷，二十二篇。书中列太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴等六经证候。在每条之下，成无己结合自己临证心得，本《内经》之旨，进行注释。
由于不同来源中原文不尽相同，本次校对综合了不同版本的内容。对不影响原文涵义的内容，选用更为公认的一版。
本次对《伤寒论》的校对，除校对标点，还对异体字、通假字、方剂格式做了调整。
同时，本书在整理的过程中，尽量遵循忠实原文的原则。书中涉及的升、两、钱、分等计量单位与现在通用的计量单位有出入，请读者注意。