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高密度胆囊结石的CT扫描显示较为明显，诊断和鉴别诊断一般不难。等密度或低密度的结石应和胆囊占位性病变（如胆囊息肉、息肉型胆囊癌等）鉴别。变换体位时，可见结石随体位变化而移动，而胆囊息肉或胆囊癌等占位性病变则固定在囊壁上；此外，胆囊结石CT增强扫描前后的CT值无变化，而胆囊息肉或胆囊癌则有不同程度的强化。
肝内胆管结石需与肝灶性纤维化及钙化相鉴别。肝灶性纤维化及钙化较少见，一般不与肝门静脉伴行，且不引起胆管扩张。
胆总管结石需与其他病变引起的胆总管扩张相鉴别。如胆管肿瘤、胰腺癌、壶腹癌等引起的胆管梗阻，其梗阻部位常可见软组织肿块，且梗阻端多表现为突然截断，管腔形态不规则，肝内胆管常显著扩张，呈软藤样改变，可有扩散或转移征象；而胆总管结石更常见胆总管渐进性狭窄，而非突然中断。若胆总管结石并发小的肿瘤时，即使采用高分辨率CT扫描，有时也难以鉴别。
（1）手术后或奥迪括约肌功能不全的患者，高密度的结石需与口服造影剂经胆总管逆流相鉴别，扫描时可饮水而非口服造影剂充盈肠道。
（2）钙胆汁需与胆囊内对比剂充盈鉴别，可查问病史或日后复查明确。