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卫气白天运行于阳经（手足三阳）二十五周，夜间运行于阴脏（五脏为阴，六腑为阳）二十五周，一昼夜阴阳循环五十周。
卫气的运行，清晨（平旦寅时，凌晨三到五点）从足太阳膀胱经的睛明穴（两眼内角）开始，上行到头，然后下行于足太阳膀胱经，运行至小趾之端；复从睛明穴运行到手太阳小肠经，再到小指一端；再入眼角，下行于足少阳胆经，到小趾和次趾之端，再向上沿手少阳三焦经分行两侧，再到无名指之端；复入耳前，下行于足阳明胃经，再到中趾之端；复入耳下，下行于手阳明大肠经，再到次指之端。入足少阴肾经，自阴跷脉而重新汇合于二目，这是一周的运行。白天二十五周，到日落西山阳气尽收，阴气渐生渐盛，于是卫气进入阴脏循环。从足少阴注于肾，肾注于心，心注于肺，肺注于肝，肝注于脾，脾再注于肾，是运行一周。如此运行二十五周，清晨阴气收，阳气渐生渐盛，于是又往阳经运行，周而复始，循环不息。卫气运行于阴，人就要睡眠休息，运行于阳则天亮起床，这是阳生阴收的道理。人体要遵循阴阳气机循环才能健康，这也是天人合一的道理。
《难经》说营气与卫气相随，是指营气运行于脉中而卫气运行于脉外，并不是同行于一经也。