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水产养殖生产中不易做到仅检测患病机体的各项生理指标就对水产养殖动物疾病作出诊断，大多需通过发病动物的临床症状和显微镜检查或其他方法检测的结果作出病情诊断，以达到快速确诊、及时采取应对措施的目的。本章总结了几种辅助方法，可以帮助初步诊断病因。
有些水产养殖动物发病，并不是由传染性或者寄生性病原体引起的，可能是由于水体中溶氧量低导致的动物机体缺氧、各种有毒物质导致的机体中毒等。这些非病原体导致的水产养殖动物失常或者死亡现象，通常都具有明显不同的症状。首先，由于饲养在同一水体的动物受到来自环境的应激性刺激是大致相同的，机体对相同应激性因子的反应也是相同的，因此，机体表现出的症状比较相似，病理发展进程也比较一致；其次，除某些有毒物质引起水生动物的慢性中毒外，非病原体引起的疾病往往会在短时间内出现大批水生动物失常甚至死亡，查明患病原因后，立即采取适当措施，症状可能很快消除，通常都不需要进行长时间治疗。
各种病原体的繁殖和生长均需要适宜的温度，而饲养水温的变化与季节有关。水产养殖动物疾病的发生大多具有明显的季节性：适宜于低温条件下繁殖与生长的病原体引起的疾病大多发生在冬季，如水霉病、淡水小瓜虫病等；而适宜于较高水温的病原体引起的疾病大多发生在夏季，如烂鳃病等多数细菌性疾病。
虽然多种传染性疾病均可以导致水产动物出现相似的外部症状，但是，不同疾病的症状也具有不同之处，而且患有不同疾病的水产动物也可能表现出特有的游泳状态。如鳃部患病的鱼类一般均会出现浮头的现象，而当鱼体上有寄生虫时，就会出现鱼体挤擦和时而狂游的现象。
各种病原体对所寄生的对象具有选择性，而处于不同发育阶段的各种水产动物由于其生长环境、形态特征和体内化学物质的组成等均有所不同，对不同病原体的感受性也不一样。有些疾病在年幼动物中容易发生，在成年阶段则不会出现或危害较小。如车轮虫等对鱼苗危害较大，对成鱼危害较小。
由于不同水域的水源、地理环境、气候条件，以及微生态环境均有所不同，导致不同地区的病原区系也有所不同，对于某一地区特定的饲养条件而言，经常流行的疾病种类并不多，甚至只有1～2种，如果是当地从未发现过的疾病，患病水产动物也不是从外地引进的，一般都可以不加考虑。