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桂林市森林面积 121.56 万公顷，森林储蓄量 3 774.42 万米 3 ，建有森林旅游景区 50 多个，主要分布在龙胜各族自治县、资源县，花坪、猫儿山、千家洞、海洋山自然保护区和 10 多个国有林场中。自然植被以马尾松为主，市区以桂花树为主。林业主产杉木和毛竹，每年可提供木材 40 余万米 3 、毛竹 1 600 多万根。
桂林市气候温暖，雨量充沛，野生药用植物资源种类丰富。许多品种为国家保护的珍稀种类；零散分布于海拔 500 ～ 1 000 米天然林区。野生药用植物资源有山苍子、红豆杉、南方红豆杉、穗花杉、灵香草、天麻、金银花、罗汉果、红根草、竹节参、绞股蓝、黄精、虎杖、钩藤、金毛狗、血藤、七叶一枝花、何首乌、通城虎、天冬、不出林、草珊瑚、黄花蒿、毛冬青、扶芳藤、山栀子、金樱子、黄花杜鹃、决明、黄花倒水莲、积雪草、茵陈蒿等。其中，属国家珍稀濒危和重点保护野生植物有桫椤、福建柏、穗花杉、金毛狗、红豆杉、南方红豆杉和樟树等。
按中药材资源量估算，藏量 1 000 吨以上的有贯众、狗脊、艾草、淡竹叶、白茅根、鱼腥草、九龙藤、枫荷桂、樟、枫香等 10 余种；藏量 500 ～ 1 000 吨的有山苍子、五指牛奶、黄精、苦楝（皮）、金银花、不出林、白花前胡、玉竹、商陆、梅叶冬青、石韦、荆芥、大血藤、铜钻、三白草、决明、五加、大蓟、小蓟、阔叶十大功劳、首乌、钩藤、天冬等 20 余种；藏量 10 ～ 500 吨的有旋覆花、牛蒡、半夏、半枝莲、丹参、威灵仙、牛膝、大戟、牵牛、天南星、搜山虎、红根草、钩藤、藁本、杏叶沙参、巴豆、土细辛等 20 余种；藏量 10 吨以下的有竹节参、罗汉果、缺萼黄连、天麻、独脚金、马尾千金草、卷柏、铁皮石斛、细茎石斛、徐长卿等 10 余种。
桂林市境内野生动物繁多，陆栖脊椎野生动物约 500 种，其中两栖类 30 多种，爬行类 50 多种，鸟类 250 多种，兽类 70 多种。其中珍稀品种有云豹、金猫、猕猴、大灵猫、小灵猫、斑林狸、林麝、毛冠鹿、苏门羚、白颈长尾雉、勺鸡、金雕、蟒蛇、大鲵、鳗鲡、黄腹角雉、穿山甲、果子狸等。属国家重点保护的珍稀濒危动物 60 多种，包括黄腹角雉、白颈长尾雉、金雕、蟒蛇、豹、云豹、林麝等国家Ⅰ级重点保护野生动物。
桂林市矿产资源较为丰富，迄今为止，已发现可利用矿产有铅、锌、锡、钨、铝、铌、钽、锰、滑石、重晶石、花岗岩、大理岩等，其中查明有一定资源储量并开发利用的矿产近 40 种。在查明资源储量的矿产中有 17 种位居广西矿产资源前列。其中，滑石矿质量居世界前列，探明资源储量居全国前列；铅、锌、铌、钽、花岗岩、石灰岩、大理岩、重晶石等资源前景较好；滑石、大理岩、花岗岩、石灰岩、萤石及鸡血石等具有较大开发潜力。