1960年至1966年,靳瑞受广东省卫生厅指派,每年都有几个月去兴宁、梅县、潮汕等地区救治乙型脑炎。他在学校的教学和研究工作也继续进行。1966年,因为发表在医学刊物上的文章较多,靳瑞被点名参加周恩来总理主持成立的“523”医疗队,进行脑型疟疾的救治和研究工作。这个时期,靳瑞躬身力行地将古典医著中的精华鞣合于针灸临床,运用针灸和中西医结合技术,救治大量危急重症患者,积累了丰富的临床经验。对脑炎和疟疾的研究,使靳瑞的兴趣开始转向脑病的治疗,他用大量的时间和精力研究脑病临床治疗规律,在实践中获得不少深刻体会。这几年的经历也为他后来从事脑病的进一步研究打下了基础。
靳瑞的“三针”之名也是在海南进行脑型疟疾救治和研究工作过程中获得的。当时,靳瑞每年有半年时间在海南从事脑型疟疾研究以及医疗活动,因替一位患过敏性鼻炎十多年的领导治疗,三次治愈,获得“鼻三针”之雅号,并逐渐流传扩大,这是靳三针疗法得名的契机。
靳瑞回校工作后,总结了十年以来的工作经验,并继续临床和教学工作。1979年,靳瑞获“广东科学大会科技先进工作者”奖。1980年,广州中医学院成立针灸系,靳瑞为第一任系主任,他主持了院系大楼的设计、科目的设立、教学计划的安排等工作。广大教师群策群力,让针灸系从只有一个实验针灸学教研室开始,逐步扩展成研究经络腧穴学、刺法灸法学、针灸治疗学、针灸医籍选等多门学科,并增加了经络研究室、气功研究室和图书资料室等多个教研室,成为一个体系门类比较齐全的学术机构,规范了针灸医学的基础、教学和临床建设,奠定了针灸事业的坚实基础,使广东的针灸事业不断发展壮大。在《针灸医经类编》基础上,靳瑞主编了全国统一第五版教材《针灸医籍选》。该书于1986年由上海科学技术出版社出版,是融汇靳瑞针灸古典医籍学术造诣的经典之作。
20世纪80年代,是靳三针疗法不断丰富的时期。这期间靳瑞使用颞三针治疗中风后遗症、智三针治疗儿童智力障碍、启闭针治疗孤独症、定神针治疗注意缺陷多动障碍、老呆针治疗阿尔茨海默病等。这一时期靳瑞也明确了靳三针疗法治疗脑病的主攻方向。
20世纪80年代中后期,靳瑞治疗中风后遗症、鼻炎、视神经萎缩等病症已颇有名气,慕名而来的患者越来越多,其中一位就是当时广东省儿童福利会的会长。他因中风后遗症就诊,在靳瑞的治疗下逐渐康复。有感于针灸的疗效,这位会长向靳瑞提出一个问题:“能不能用针灸治疗一些智力障碍儿童?”受强烈的社会责任感驱使,靳瑞开始了对儿童脑病的研究。他甚至开设了专门治疗智力障碍儿童的门诊。在长期临床实践中,他发现,除了少数患儿是因先天基因致病,多数患儿发生智力障碍与孕妇怀孕和生产期间的因素有关。基于对患儿病因的观察,靳瑞根据脑功能代偿理论开始选取头部腧穴进行针刺,希望能够通过正常脑组织的代偿作用弥补受损脑组织的功能。经过一段时间的临床观察,靳瑞认为这种做法是行之有效的,于是带领助手开始研究智力障碍儿童的治疗、护理和康复的整套治疗方案。经过多年不懈努力,靳瑞的团队形成了一套以四神针、智三针为主,配合药物、特殊教育等方式的综合疗法,疗效显著。
1987年,为了庆祝新中国成立40周年,靳瑞受命于国家中医药管理局,负责总结、整理新中国成立40年来针灸临床研究的成果。以此为契机,他系统地查阅了近40年来各种书籍、杂志上发表的针灸临床相关文献,同他的研究生一起将新中国成立以来全国最有代表性的针灸临床研究资料输入电脑,分析文献中的针灸取穴规律。此举已经具有今天利用数据挖掘技术进行针灸研究的意味。在分析过程中他发现,临床上应用的相当一部分腧穴是古今针灸医家常用的:针灸治疗每一种疾病时,都会有3个腧穴起主要作用。于是他循着这条线索,结合自己多年的临床经验,从治疗各种疾病的针灸取穴中精选出最常用的3个腧穴,作为临床常用的固定针灸取穴配方,应用于临床,不断检验、完善,逐步丰富发展最后形成了靳三针疗法体系。因取穴数量少,疗效令人满意,靳三针疗法受到患者和家属的欢迎。
靳三针疗法初步形成后,靳瑞带领他的学生对部分穴组进行深入研究,一方面继续深入临床实践,另一方面非常积极地开展系列科研,通过指导硕士研究生和博士研究生,投入大量人力、物力和财力,结合生物化学、分子生物学、细胞学、电生理学、基因学、影像学、免疫学、脑功能学等学科及高新科技手段,进行针灸原理研究和靳三针疗法的临床和实验研究,取得了丰硕的成果。教学、科研和临床三结合,相得益彰,靳三针疗法也获得各方面的认同。1996年,颞三针疗法获得世界卫生组织(WHO)、世界针灸学会联合会WFAS、AAA联合颁发的金奖。1993年靳瑞获得广东省人民政府授予的“广东省名中医”称号。1997年“针刺颞部穴位治疗脑血管意外后遗症的临床与实验研究”获得广东省科学技术进步奖二等奖。1998年“智三针为主治疗儿童精神发育迟滞的临床观察与研究”获得国家中医药管理局中医药科学技术进步奖三等奖。同年,靳三针疗法被国家中医药管理局定为国家级中医药继续教育项目。