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作为大学的首席教授和博士生导师，靳瑞指导大批研究生实践和研究靳三针疗法，靳三针疗法体系进一步发展壮大。2001年，广州中医药大学成立靳瑞优秀博士论文奖学金。2003年“靳三针治疗脑病系列研究”获广州中医药大学科技大会一等奖和科技突出贡献奖。2004年，靳三针疗法通过国家中医药管理局组织的鉴定和验收，被列为国家中医药管理局首批适宜诊疗技术，列入国家星源计划并摄制成光盘，向全世界推广。很多学者撰写了关于靳三针疗法的文章和书籍来推广普及靳三针疗法，使靳三针疗法在国内外声誉日隆。2005年，靳瑞学术思想、经验传承研究列入“十五”国家科技攻关计划，名为“基于信息挖掘技术的名老中医临床诊疗经验及传承方法研究”。
“活到老，干到老”，靳瑞古稀之时，除了每年春节前十天、后十天，平时几乎每天都进行一定量的针灸临床诊治活动，同时作为国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定的全国继承老中医药专家学术经验指导老师，继续指导大批博士研究生和数名学术继承人，跟随靳瑞学习靳三针疗法的海内外学生不计其数。桃李不言，下自成蹊。靳瑞常说：“我的学生不能只是看穴位如何，凡是跟我学习过的，并真正地运用我的方法去开展医疗实践、为患者服务的，我都承认他是我的学生和传人。”靳瑞常常鼓励学生，并给予学生充分的信任，只要学生是真正勤奋钻研、认真攻读的，靳瑞在物质和精神方面的支持都不遗余力。在靳瑞门下学习的弟子也受其精神感召，充满信心，敢于进取，因而取得成就者不在少数。海内外靳三针弟子继续在靳瑞指引下，发展靳三针疗法，弘扬祖国医学，继续向人类医学的一个又一个难题进军，为保护人类健康而努力。
靳瑞去世后，靳三针疗法发展的脚步也没有停歇，靳三针疗法的传承人或丰富其内容，或扩展其应用范围，或深研其作用机制，不断将靳三针疗法推到新的高度。其中，靳三针疗法流派传承工作室负责人庄礼兴教授秉承传统靳三针疗法的理念，专注于脑病研究，针对痉挛型中风后瘫痪的临床特点，带领团队研究并创立了挛三针、开三针等新的有效穴位组方；还结合三十余年临床经验，进一步发展靳三针的治神思想，形成了一套以神志病为主要治疗对象的针法，概括为“庄氏调神针法”，临床疗效确切。
靳瑞虽出生中医世家，治学却不局限于中医，他既能融汇中医经典，又能借助现代技术进行研究，为中医的现代化注入活力。靳瑞多年如一日勤奋刻苦的治学精神，为社会无私奉献的精神，影响了一代又一代岭南针灸学者。现在，靳三针已经成为岭南中医一面鲜艳的旗帜，在国内以及海外都有影响。“靳子守杏林心存天下，瑞星临橘井利济苍生”是著名书法家区潜云先生送给靳瑞的一副对联，也正是靳瑞一生的写照。
