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各登记地区收到各报告单位上报的肿瘤发病资料后，剔除非报告病种，根据户籍将病例进行分类，非本地户籍病例用于数据交换。对本地户籍病例，检查报告卡书写情况，发现漏填、项目不完整、非法值和内容可疑的，退回报告单位核实修改。
对通过质量控制程序的原始发病资料，肿瘤登记工作人员进一步查重整合记录，识别和标记多原发肿瘤，必要情况下通过核查病历资料解决记录信息不一致的问题。多原发个案，每个肿瘤都会被保留下来。最后进行ICD 10和ICD-O-3编码等。
最后，新发数据库会将病例分发给相应地区的基层医疗机构进行随访，核实个人基础信息，定期随访跟踪，以获取生存结局信息。基层医疗机构会反馈随访信息给肿瘤登记地区，更新维护肿瘤数据库。
为减少漏报，除医疗机构、登记地区开展漏报检查外，肿瘤登记地区会定期收集肿瘤死亡资料与肿瘤发病资料进行核对，对只有死亡卡而没有病例报告卡（即发病漏报）的病例进行追溯调查，获得相关诊断信息（肿瘤的部位、病理学类型、诊断日期等），补充填写肿瘤发病卡。
质量控制贯穿于肿瘤随访登记工作的全过程。评价肿瘤随访登记工作通常从可比性、完整性、有效性和及时性4个方面进行。可比性是指各登记地区采用一套通用的标准和定义，涉及肿瘤病例范围、疾病编码标准、发病时间定义、偶发病例、多原发肿瘤病例定义等；完整性是指肿瘤登记系统捕捉到所有新发肿瘤病例的程度；有效性是指肿瘤数据库中肿瘤个案信息的真实准确；及时性是指肿瘤登记地区收集、处理肿瘤病例资料，最终形成完整准确的肿瘤数据库的速度。
广东省疾病预防控制中心工作人员根据《中国肿瘤登记工作指导手册（2016）》并参照国际癌症研究中心（IARC）、国际癌症登记协会（IACR）《五大洲癌症发病率》第9卷对登记质量的有关要求，使用数据库软件Microsoft Excel以及IARC/IACR的IARCcrgTools软件，对肿瘤登记数据的完整性和有效性进行评估。对审核过程中发现的质量问题，及时反馈给各肿瘤登记地区，并根据登记地区再次提交的数据核实情况，对数据再次进行评价，直到数据达到基本要求。