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自身免疫疾病是指机体对自身抗原发生免疫反应而导致自身组织损害的疾病，最初由国外学者Donath与Landsteiner提出。尽管骨关节炎被公认为是由生物力学应力或衰老引起的最常见的退化性关节疾病之一，但国内外很多研究提示：某些免疫细胞可能参与了膝骨关节炎的发生发展，例如滑膜积液或关节肿胀与滑液中单核细胞的积累，免疫球蛋白浓度的增加以及骨关节炎滑膜组织中的巨噬细胞的极化相关。滑膜衬里细胞的增生和炎性细胞浸润到下衬层中，均强烈暗示了骨关节炎的慢性炎症特征，这些结果类似于类风湿性关节炎初期。
类风湿性关节炎是一种以关节病变为主的慢性全身性自身免疫性疾病。主要临床表现为小关节滑膜炎症所致的关节肿痛，继而软骨破坏、关节间隙变窄，晚期因严重骨质破坏、吸收导致关节僵直、畸形、功能障碍。在我国类风湿性关节炎的患病率为0.24%~0.5%，女性多于男性，任何年龄均可发病，以20~50岁最多。
类风湿关节炎导致的关节畸形
类风湿性关节炎患者体内自身免疫调节紊乱，导致诸多细胞因子的调节异常，其中包括白介素6（IL-6）。IL-6可以诱导破骨细胞的分化和激活，促进基质金属蛋白酶的产生，该酶消化软骨的胶原蛋白和蛋白聚糖。此外，IL-6的浓度不仅在受影响的关节中增加，而且在血清中也增加，可能诱发全身性骨质疏松症，这些生理病理上的改变，均可以加重关节软骨的老化和退变，促进骨关节炎的病变发展。
系统性红斑狼疮（SLE）作为另外一种常见的自身免疫性疾病，也常常表现出关节疼痛和关节畸形的症状。SLE是一种多发于青年女性的累及多脏器的自身免疫性结缔组织病，病因至今尚未明确，大量研究显示遗传、内分泌、感染、免疫异常和一些环境因素与此病的发病密切相关。在遗传因素、环境因素、雌激素水平等各种因素的相互作用下，T淋巴细胞减少、功能降低，B细胞过度增生，产生大量的自身抗体，并与体内相应的自身抗原结合形成相应的免疫复合物，沉积在皮肤、关节、小血管、肾小球等部位。在骨关节炎患者尤其是晚期骨关节炎患者的滑膜中，经常可检测到呈结节状的T细胞浸润，这些浸润通常是血管中心性的并与局部血管内皮细胞的激活有关。
尽管在骨关节炎发病机理中免疫应答的确切机制尚需进一步研究，但可以肯定的是，免疫反应在关节软骨降解过程中具有重要作用，免疫调节治疗也可能是治疗骨关节炎的一种有效方式。