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药对是由两味或三味药物配伍组成，因此，它与单味中药之间有着密切的关系。在中医药发展的漫长历史中，中药与药对之间表现出羽翼相协的关系：随着单味药物的出现，相继就有相关药物的配对运用；伴随药物配对运用的不断增加，单味中药的功效也被不断发现。因此，可以说单味中药是药对产生的基础，而药对的临床广泛运用促进了对中药性能的进一步确定或新的发现。
单味中药与药物的配对运用间还表现出复杂的整合关系。一般来说，病情比较单纯时，选用一味针对性较强的药物即能获得疗效。如妇女气血郁瘀证，张仲景单用红蓝花一味活血行气，化瘀止痛；妇女血虚或血虚兼有瘀滞的月经不调、痛经、经闭轻症，可单用当归治疗。但若病情较重或病情比较复杂，因单味药的药力有限，难以全面兼顾治疗要求；或因有的药物具有毒副作用，单味应用难以避免不良反应，故而常常需要配合应用。这种配合应用所形成的药对，其功用一方面以其组成的单味中药的药性和功用为基础，如补血活血调经的当归与行气活血的川芎配对，则具有行气活血调经的作用，川续断与杜仲相伍则奏补益肝肾、止血安胎之效。另一方面又表现出药物通过配伍而产生的有别于前者的特殊整体效用，即沈括在《良方自序》中所言“有相使者，相反者，有相合而性易者”。如大黄为泻热通便要药，主治实热便秘，然其与最善破血行瘀之桃仁配对，则专入血分，共奏破血积、下瘀血之功，用于治疗瘀热互结之痛经、闭经及产后恶露不下之少腹疼痛。由此可见，药对虽由两味中药配伍组成，其功用绝不是简单的两味中药的药效相加，即前人所言“方之既成，能使药各全其性，亦能使药各失其性”。
方剂是在辨证审因、决定治法之后，选择合适的药物，酌定一定的用量、剂型，然后按照组方原则妥善配伍，是用于防病、治病的工具之一。药对与方剂既有区别，又有联系。两者都由单味中药配伍而成，都有自己特定的组成、功用与应用规律。但药对以“七情和合”为配对原则，强调两味药、三味药之间的配伍关系，是临床最小中药配伍单位。方剂则以“君、臣、佐、使”为组方原则，方中药物的配伍强调主次分明，且其应有特定的剂型、剂量和用法，因此它是中药配伍的高级形式。药对与方剂虽有一定区别，但两者又互相联系。很多药对，实际上就是一首独立的小方，如当归补血汤、二妙散、佛手散。而一首组织严谨、疗效可靠、具有较好的临床适应性的方剂，则大多包含若干药对，或以某一药对为主组合而成。如四物汤中便有“熟地黄-白芍”“当归-川芎”“当归-白芍”“熟地黄-当归”等多个药对。因此，可以说药对是组成方剂的基础，是方剂最小的组织单位。所以，进行药对的研究不仅有利于促进对方剂的研究，而且在此基础上能够更准确地使用方剂，并灵活化裁，从而获得更好的临床效果。