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为了适应复杂病情，或发挥出药物的更大效用，妇科临床往往选用多味药物组成方剂应用。随手剖析一首方剂的组织结构，我们不难发现，其间或多或少含有一组或数组药对。这些药对既可以作为某一方剂的主体结构，也可以作为方剂的次要部分。
用作方剂的主体结构时，方剂的功用、主治与其基本保持一致，在方剂加减变化时切不可将其去除。例如完带汤，正因为以“白术-山药”为主要部分，该方才具有健脾燥湿止带之功，主治脾虚湿浊下注之带下；温经汤之所以重在温经散寒，就是因为以药对“吴茱萸-桂枝”为主。其他如青蒿鳖甲汤中的“青蒿-鳖甲”、桂枝汤中的“桂枝-白芍”、易黄汤中的“山药-芡实”等都属同一类型的应用方式。
药对用作方剂的次要部分时，其意义或为加强方剂主体部分的功效，或为兼治次要病机或症状，或为减弱消除主要部分的毒副反应，或为引经报使。例如：药对“生姜-大枣”在桂枝汤中有助“桂枝-白芍”调和营卫之功；药对“柴胡-白芍”在完带汤中是针对次要病机肝气郁结而设；而药对“当归-川芎”在妇科调经基础方四物汤中的意义有三：一助“熟地黄-白芍”补血，二能针对次要病机“血滞”，三可制约地、芍之滋腻。正如医家张秉成所言：“补血者，当求之肝肾，地黄入肾，壮水补阴；白芍入肝，敛阴益血，两味为补血之正药。然血虚多滞，经脉隧道，不能滑利通畅，又恐地、芍纯阴之性，无温养流动之机，故必加以当归、川芎辛香温润，能养血而行血中之气者以流动之。”至于药对“柴胡-升麻”则在补中益气汤中被用作使药，以升阳举陷。
药对配入方剂中应用还表现在对方剂的加减变化上，增加药味时可考虑选用药对，以最大限度地提高方剂的疗效。如前人在使用四物汤时，或加“桃仁-红花”成为桃红四物汤，或加“黄芩-黄连”成为芩连四物汤，或加“炮姜-肉桂”成为姜桂四物汤，或加“人参-黄芪”成为圣愈汤。减少药味时应尽可能避免拆散有效药对。
药对配入方剂中应用一般为数个药对的联合应用。药对的联合不是随意凑合，而是在中医药理论的指导下，针对一定病、证的治疗需要，选择适当的药对，按照一定法度组合。由于药对之间存在交叉配伍关系，因此临床运用时既要善于利用交互作用所产生的多种功能，在减少药味的同时，通过协同增效，扩展全方功用，增加其临床适应性，又要避免那些不利于治病的药物拮抗作用或毒副反应的产生。