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“伏气温病”理论首见于《黄帝内经》，如《素问·阴阳应象大论》言“冬伤于寒，春必病温”，《素问·金匮真言论》亦言“夫精者，身之本，故藏于精者，春不病温” [8] 。晋代王叔和在《伤寒论·伤寒例》中言：“中而即病者，名曰伤寒。不即病者，寒毒藏于肌肤，至春变为温病，至夏变为暑病。”此即为后世的“伏寒化温”学说。明代医家汪机，在伏邪温病的基础上首次提出了新感温病的概念 [9] 。至清代，伏邪的概念得到了扩充，如刘吉人在《伏邪新书》中言：“感六淫而不即病，过后方发者，总谓之曰伏邪。”他指出六淫邪气潜藏于内，过时而发均为伏邪 [10] 。《王氏医存》曰：“伏匿诸病，六淫、诸郁、饮食、瘀血、结痰、积气、蓄水、诸虫皆有之。”它将伏邪的病因从外感六淫扩充到一切潜伏而不即病的致病因素。因此，《中医大辞典》将伏邪定义为：藏于体内而不立即发病的病邪。
仝教授指出“伏气温病”是机体在受邪后未及时发病，邪气潜藏，郁而化热，或者机体脏腑失调，以致痰、热、瘀等病理产物（包括病原微生物、肿瘤、结石等停留于人体内的病理产物或代谢产物）聚而生热，潜藏于内。在人体正气尚足时，伏邪潜伏体内，正邪相争，正气尚可压制邪气，故邪伏而不发。而当机体再逢外邪侵袭、饮食不节、劳倦过度等因素时，正气受损，不能制约邪气，邪气由内而发，由于邪气郁结日久，故初发即表现为里热证候。
杨栗山在《伤寒温疫条辨》中言：“发热恶寒恶风，头痛身痛，项背强痛，目痛鼻干，不眠……在温病，邪热内攻，凡见表证，皆里证郁结，浮越于外也，虽有表证，实无表邪，断无正发汗之理。”由于邪气伏藏于内，易积热化火，形成内热，由气分、营分、血分而出，波及于表，此时的表证实为内伤疾病的外在表现。因此这类疾病的急性发作，虽然有恶寒发热等表证，然非外邪所致，而且这类表证往往很短暂，很快就出现气分、营分、血分的证候。临证辨治本病，需抓住疾病本质，莫为表证障眼，勿用辛温类解表之药发表，以免助火。而应从气分、营分入手，直捣其穴，并精确辨明病位是在脏、在腑、在营、在血、在上、在下。因此，凡泌尿系感染、肺炎、肠炎、过敏性紫癜、药疹等疾病急性发作，虽有表证，皆应注意从其本病治疗，以清里热为主，里热一清，则表气自透。