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汉时贾谊《新书·胎教》曰：“胎教之道，书之玉版，藏之金柜，置之宗庙，以为后世戒。”金匮，金柜也，金色之盒，用之盛物，以示其珍。故《黄帝内经》有《金匮真言论》，以喻其所论内容之珍贵。
要者，要领也，精要也；略者，韬略也，简略也。要略者，精华萃聚之义。以此可见，《金匮要略》一书所论，内容精要，价值非凡。
《金匮要略》，杂病辨治第一书，出自张仲景所著《伤寒杂病论》。仲景之书，因战乱而散佚，得王叔和编次而传世。目前较为公认的观点是：叔和将仲景《伤寒杂病论》中有关伤寒部分，单独编次传世；其杂病内容，由后世整理成《金匮要略》而得以流传。
宋《太平御览》所引高湛之语，成为后世考证叔和整理仲景著作的重要依据，曰：“王叔和，性沉静，好著述，考核遗文，采摭群论，撰成《脉经》十卷，编次《张仲景方论》，编为三十六卷，大行于世。”其立论之根据虽不可妄测，但隋有《张仲景方》十五卷行于世。又考《脉经》，源自仲景之内容竟占全书2/5篇幅，包括伤寒、杂病、妇产科、儿科、诊断（脉学）等，相当数量的条文乃现行《伤寒论》和《金匮要略》版本所无。据此而论，则叔和所编仲景著作，内容宏富，以伤寒、杂病为主体，包括脉学、妇科、儿科等，实是对仲景学术理论及经验的全面继承和总结，非特独为伤寒撰次也。该书问世以后，见于史志者，名之曰《张仲景方》或《张仲景药方》，计15卷，首见于《隋书·经籍志》。最早见于医籍者，则为《肘后备急方》所言之《张仲景诸要方》或《张仲景诸药方》。其后，该书以全本、伤寒本、杂病本分合隐现而传世，直至宋时先后定版，乃成后世之尊范。
既往研究表明，该书编排体例大略：伤寒部分居前，杂病部分居次，殿之以伤寒与杂病方。这种前论后方编次方法，作为《伤寒杂病论》主体编排形式，一直延续至唐。而现行《金匮要略》所出之源，宋代王洙所发现的《金匮玉函要略方》三卷，其体例即是上卷论伤寒，中卷辨杂病，下卷载方及疗妇人。以要略名之，殆为《伤寒杂病论》之节略传本。
林亿等人对此节略本进行删削校订并重新编次辑佚，题名《金匮要略方论》，而成后世通行的《金匮要略》。
据考证，宋校重编辑佚之《金匮要略》，分别于1066年及1096年，以大字本和小字本版式印行，惜乎已无存本。现存古本均为大字本系统，包括元时邓珍本、明时赵开美本、俞桥本、徐镕本和无名氏本，而以邓珍本为善。另有新发现的明初吴迁抄本，则属小字本系统，现藏上海图书馆。
因本书著述目的，偏重辨治内容，不尚文献考证，故所引原文，以五版教材为据，省却考证辨析之繁琐，其蓝本为明赵开美本。
林亿等人对王洙所发现的《金匮玉函要略方》三卷，进行删削校订并重新辑佚编次。因已校毕《伤寒论》，故删去论伤寒之上卷，保留辨杂病和妇人病的中、下卷。并将下卷相应方剂分列于证候之下，又采散在诸家之方，附于逐篇之末，仍编为上、中、下三卷，而成现时通行的《金匮要略》编次体例。
全书共分三卷二十五篇：卷上第一至第十篇，卷中第十一至第十九篇，卷下第二十至第二十五篇。
首篇属于全书总论，提纲挈领，对疾病的病因、病机、预防、诊断、治疗等方面，予以简要论述，而求举一反三。其后第二篇至第十七篇讨论内科病辨治，第十八篇讨论外科病诊疗，第十九篇讨论几种特殊疾病，第二十至二十二篇则专论妇产科疾病辨治，最后三篇为杂疗方和食物禁忌。
其主体部分前22篇中，计有原文398条，论及疾病40余种，载方205首（其中有名无方者5首），用药155味。
1．基于五行的整体观念
中医理论体系的两大基本特色，一者整体观念，一者辨证论治，二者在《伤寒杂病论》中体现尤为充分。作为主要论述杂病证治的《金匮要略》部分，以五行属性归类方法，为其整体观的体现形式，较之以外感辨治为主的《伤寒论》之三阳三阴系统整体观体现形式，有所不同。
五行者，木火土金水是也。揆其义，一则同气以求，物以类聚，是天地自然万事万物的属性区划，五类而尽赅之。一则表述不同属性事物之间相互依存相互制约的关系，有相生相克之顺，无相乘相侮之逆，毋太过，毋不及，如此则万物荣枯有序，万事兴衰有度，进而宇宙世间得以维系阴阳之平衡，动静之和谐。这种五行类属的整体观，在《金匮要略》中，体现在生理、病理、辨治等各个方面。
曰“人禀五常，因风气而生长”，强调人与自然的和谐与统一。传承经旨，将五时五味五色五液五脏等，悉类以五行，而为其阐论杂病之病理变化和证治规律，奠定了坚实的系统论基础。其“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”之说，即是这种系统论具体应用于杂病辨治过程中的充分展示。
2．基于脏腑的分证体系
与《伤寒论》之外感辨治体系所异者，《金匮要略》所论杂病证治规律，悉本五行系统而以脏腑定位分证论治，较之外感六经表里分证体系侧重邪气强弱而言，更为重视脏腑气血阴阳之盛衰。
就全书谋篇布局而言，大略内外妇科分类以论，而其分篇，则多以脏腑为据。如肺痿肺痈咳嗽上气病，类属肺系；胸痹心痛胸满惊悸病，多关心主；腹满寒疝宿食病，必涉脾家；消渴溲涩淋痛病，常及肾元。黄疸之病，胃热脾湿并肝胆失疏；水气之泛，肺闭脾壅而肾关失司；痰饮之根，上下不调而三焦失运；呕利之因，脾肾失职而升降反作。虚劳病涉多脏而以脾肾为本，女科事关冲任而以肝肾为基。更有五脏风寒积聚之类，水在五脏症现多端之论，虽病证纷繁，缘由百端，总以五脏气血阴阳之盛衰偏颇为本，内外痰饮水血之停蓄瘀滞为标，分类辨析，去伪存真，同中见异，异中求同，审其标本主次，论其缓急先后；明其寒热虚实，定其温清攻补。
3．病发内外的三因学说
杂病之源，或因外邪久羁而正气伤损，或缘内伤劳倦而阴阳失调，或因情思忧恚而气血违和，病机关键在于内在之脏腑气血阴阳失调或虚损，以此异于外感热病之邪气盛实为其矛盾主体者。故而一般而论，杂病病势迟缓，病情复杂，变化较少。而外感病势急速，病情单纯，变化较多，以其病理过程中正邪标本主次之不同是也。
论曰：千般疢难，不越三条，一者，经络受邪入脏腑，为内所因也；二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室、金刃、虫兽所伤。其言病在脏腑深处者，为内所因，病在肢窍血脉者，为外所中；其意之大略，邪自外来，因其所羁所伤有别，而有内外之分野。而房室劳倦伤于内，金刃虫兽伤于外，此则与前论邪由外之内或壅塞于外者，皆有不同，故属发病之另一途径。然无论何种因由，必致五脏元真之失畅、四肢九窍之壅塞、形体气血之伤损，乃得而为杂病之发生，此其病机之窍要也。
仲景此义，得宋时陈无择揭则明之，以六淫为外感、七情为内伤、饮食劳倦跌仆金兽诸伤为不内外因，而成系统完整之三因之说，简明扼要，为世所重。
4．病证结合的辨证方法
《伤寒论》外感热病的六经辨治体系，虽有太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴六经病之名谓，究其实质，仍以病理阶段特性为主，更多表现为证候或证候群之特质。六经病证之间彼此承继，相互转化，进而呈现出外感热病之完整病理进程。
而在《金匮要略》杂病辨治体系中，病名诊断则具有独立之意义。每种疾病，以其基本病机对病理全程的影响，而有相对独立的临床特征，且有别于其他疾病。且各种疾病之间，难以构成明确的承继与转化之关系，因而与六经辨治体系中的病名诊断，有着显著区别。
仲景辨识之法，无论伤寒杂病，皆是首辨其病，次鉴其证，而后审其标本主次，以为立法遣方之指归。此病证结合之辨识思路，自上而下，由面及点，始于宏观之全局，终于微观之细节，整体与局部有机结合，可透彻阐明其病理本质及演化规律。
如辨胸痹之病，则知阳微阴弦病机一以贯之。在此基础上，更辨其痰浊瘀滞之轻重，阳虚寒凝之偏颇，而有证候之多端，治方之不同。再如黄疸之辨，湿困为本，故曰“黄家所得，从湿得之”，明其病，则知其机。然湿有寒化热化之兼，人有老幼肥瘦之异，故有寒湿之黄，湿热之黄，瘀热之黄等诸般不同证候，因有不同治法之选。若奔豚之病，气冲胸咽，休止无常，亦有肝热气逆、寒气冲逆之别。仿此而论，则其例不胜枚举。
杂病辨识如是，而伤寒亦非例外。如辨太阳之病，外邪犯表，营卫失调，而有卫强营弱之中风，卫闭营郁之伤寒。辨阳明之病，胃家实是也，亦有邪热弥漫之经热，燥热结聚之腑实。少阴之病，心肾虚衰，气血不足，是其义也，而随其心肾水火之偏，而有虚寒虚热之辨。
由此可知，病证结合之辨识方法，是《伤寒杂病论》诊疗体系的一大特色。
5．标本分明的治疗理念
夫病常兼夹，证有聚合，因有主次之辨，标本之分。这种病证之间的标本主次关系，决定着治法方药的确立与选择。
夫病之与证，证属枝末为标，病乃全局为本，而其治疗之原则，则不外治病求本而已。故曰病痰饮者，当以温药和之；曰诸病黄家，但当利其小便……此皆求其本也。
据病之本而定其大法，以贯穿于本病之治疗全程。同时因其证情之异，而灵活应对，是谓复从其标。故痰饮之病，溢饮者发越之，痰饮者渗化之，悬饮者攻逐之，支饮者降泄之，治虽有别，而大多不逾温法之界。其间或有郁热结聚者，以攻逐泄热等法以斡旋之，实乃权宜之计，而其后必当回归于温法之门也。盖痰饮者，阴邪也，非温无以绝其根，故温化即是求本之治。此治法之标本主从，可窥而见之矣。
又先病为本，后病为标，而曰：当先治其卒病，后乃治其痼疾也。又曰：见肝之病，知肝传脾，当先实脾。此据先后标本之关系，审时度势，而先治其标，复求其本。
又表病误下而泻利清谷，曰先救其里，后攻其表。此虽表病在先，里病于后，然以顾护正气为本为先。故知病证之主次，因情而定。而治法之标本，亦当顺势而论。
6．方药运用的灵活多变
仲景遣方用药之道，妙在审时度势，活法圆机，奇正相合，寓巧于拙，具有极高的临床借鉴意义。
方药剂型多样化，既有汤、丸、散、酒之内服，亦有熏、洗、坐、敷、摩之外用，为临床运用提供了极大的便捷性。在慢性病的长期治疗过程中，尤其在急症救治方面，优势突出。如鳖甲煎丸之于疟母、大黄䗪虫丸之于干血内结、薯蓣丸之于虚劳，可为慢性病证简便守方之示例。而头风摩散之于头风急痛、乌头赤石脂丸之于心背彻痛、赤丸之于寒气厥痛等，则是急危重症快捷救治之典范。
一方可治多病，贵在谨守病机。如肾气丸之治虚劳、脚气、痰饮、消渴、转胞，其病各异，症象不同，然内在病机均以肾气虚乏为关键，故可一方而治。又如葛根汤之治太阳病表实或太阳阳明合病下利，并治痉病无汗者，悉以其肌腠闭郁营卫不畅之机而用之。他如五苓散治太阳病蓄水与痰饮病巅眩、青龙汤之治外感表寒与杂病溢饮……俱是谨守病机而不拘病种用方之例，实即异病同治之理。
异病可同治，而同病亦可异治，其缘由仍当系之谨守病机。故痰饮病之治，因其病情、病位、病势诸般不同，而有大小青龙之发散、苓桂术甘之温化、小半夏之降逆、泽泻汤之渗利、己椒苈黄、厚朴大黄之攻泄，更有一病之中，征象相类，而有多方之选者，可谓之同证异方，唯求病机之寒热虚实与治法之温清攻补大体相符，不必刻意于丝丝入扣，即可遣方治之，因而与临证之实际更为贴近。《伤寒论》曰太阴病当温之宜服四逆辈，便是明证。故溢饮有大小青龙之任选、微饮有苓桂肾气之互换、小便不利有蒲灰散滑石白鱼散之代用，充分体现出临证用方之灵活性。
余如方剂之加减、剂量之调整、药物之炮制、汤剂之煎煮、服用之宜忌等，仲景之论，至今仍具极强之指导意义。