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基于以上文献回顾不难发现，现有相关主题研究的文献在为本研究夯实基础的同时，仍然存在以下三个亟待解决的理论缺口。
（1）现有虚拟企业理论研究对于生产型虚拟企业这一特定组织形式的基本运作规律缺少足够的重视。首先，现有经济与管理类研究文献对虚拟企业特征及运行机制的解释多为泛化的一般性解释，涉及产业领域甚广，而忽略了对生产型企业如何发展协同式虚拟企业的考量。协同式生产型虚拟企业本质是制造及商业自动化的整合，即把产业的供给面和消费者需求面进行全面的整合利用，是一种顺应时代发展的高效率、低成本的组织模式，因此引起了诸多生产型企业的关注。特别是在《中国制造2025》的政策背景下，生产制造业作为创新的主战场，是保持产业竞争实力和创新活力的重要源泉，国内生产型企业不断加快智能制造的探索与实践。对生产型企业发展协同式虚拟企业的观察和探索，无疑呼应了我国自主创新驱动战略大环境的现实需求。其次，尽管许多学者从多角度对虚拟企业的运行机制展开研究，但较为碎片化，缺乏大规模样本实证研究支持。伙伴如何选择，协同过程中沟通协调机制、协调成本及协同绩效如何评估，这些都是协同式生产型虚拟企业成功与否的关键因素。采用信息网络结合企业的传统关系网络，探讨信息科技支持的协同式生产型虚拟企业模式建构，无疑将深化对协同式生产型虚拟企业运行机制的理解。本书目这一系列既传统又具有挑战性的命题，将是本研究希望填补的第一方面的理论缺陷。
（2）现有虚拟企业理论缺乏对协同式生产型虚拟企业情景下知识创新的理论解释。相关学者往往以中立第三方的角色，从某一视角或针对某一类虚拟企业的运行特点、基础和影响要素及其相互关系提出虚拟企业的知识创新框架模型，且偏重从信息技术角度来考察和阐释问题，虽具有参考借鉴意义，但针对性及实施性相对较弱。由于协同式生产型虚拟企业不同于协同研发或协同生产等，它具有复杂性和特殊性，知识创新管理过程应根植于协同式生产型虚拟企业情景。包括虚拟企业在内的跨组织协同合作模式的兴起，促使组织之间为了更好的协调而进行信息、知识与技术的相互交流，为组织外部知识资源的获取提供了高质量的通道。但在知识创新相关研究中仍甚少有探讨如何在跨组织情境下管理建构知识创新的环境，以及如何提升知识创新活动所产生的价值。因此，在虚拟企业协同合作关系下，组织间如何通过不同的合作机制，协助知识创造活动产生新知识，以及支持新旧知识的管理与链接，是值得讨论的议题。这是本研究希望填补的第二方面的理论缺陷。
（3）现有研究都重视ICT工具对虚拟企业运行的重要作用，但更多是从供应链、生产规划等角度分开来设计研究，这种研究范式对于单独的信息管理领域来讲，有利于更加垂直化、深入解决问题，但缺乏对虚拟企业知识创新系统的研究。基于ICT工具或平台的开发可广泛用于任何类型的业务协同，企业间共享先进的知识和信息有助于企业更精简、更敏捷和更具创新性。因此，为了促进合作伙伴之间的知识共享，生产型虚拟企业需要建立一个基于ICT或基于网络的知识创新系统，以提高生产型虚拟企业的协同知识创新效率。基于此，在填补第一、第二方面的理论缺口基础上，本研究希望通过讨论协同式生产型虚拟企业的知识创新系统需求，进而设计研究协同式生产型虚拟企业跨组织的知识创新系统，填补虚拟企业知识创新系统发展的欠缺之处。