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野生灵芝一般单生或丛生于枯树干或木桩上，通过分解木材中的木质素和吸收树木中其他营养物质作为养分而生长，灵芝属真菌大多生长在有一定散射阳光、树林较稀疏的地方。很多阔叶树的腐木上或土下枯死的树根均能为灵芝提供充足的营养。只有少数种类对基质的要求比较专一，如闽南灵芝生长在松树桩上，橡胶灵芝生长在橡胶属的植物和棕榈科植物上，松杉灵芝生长在落叶松属和铁杉属植物上，有些灵芝如奇异灵芝可以生长在活的大树高处，还有些灵芝的种兼有寄生的习性，既能从活树上吸取营养物质，也可从枯树上吸取营养物质，如树舌灵芝等。
人工栽培灵芝基质有阔叶树木材、木屑、棉籽壳、玉米芯、玉米秆、甘蔗渣、中药渣、桑树木屑、一些果树木屑等。为了获得高产还需要添加适量的营养丰富的辅料，如玉米粉、麦麸、细米糠、花生麸、豆粕等。同时，水也是灵芝生长的重要基质，没有适宜的水分，灵芝生长受阻，甚至无法生长。