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本书描述的灵芝形态包括灵芝菌丝体、灵芝子实体及灵芝孢子的形态特征，分述如下。
灵芝菌丝体是由许多细胞串连而成的丝状物体，宏观观察到菌丝在斜面培养基上呈贴生，起初菌丝培养物为白色绒毛状，培养皿或试管斜面培养保存时间延长后（生长后期表面菌丝纤维化）会变成浅白色膜状，此阶段活力下降，一些菌丝甚至会呈浅棕色且质地紧实，用于扩大接种时，也不容易分切。显微镜观察菌丝呈无色透明状，具有分隔及分枝，组成灵芝菌丝体的菌丝依其形态和来源可以分为初级菌丝（初生菌丝或一次菌丝）、次级菌丝（次生菌丝或二次菌丝）和三级菌丝（三次菌丝）。初级菌丝是由灵芝孢子萌发生长而成的单倍体菌丝（单核菌丝），在每个细胞内只有1个细胞核，菌丝较细，一般不具有结实性，它是产生可形成子实体的次级菌丝的基础阶段。当两个不同性别的初生菌丝体融合交配后，核质发生变化，细胞核由单核变成了双核，并且形成具有结实性的次级菌丝体。次级菌丝体的生长特征是生长速度快，生长旺盛，能够形成子实体。次级菌丝体生长到一定阶段达到生理成熟后，有些菌丝就会在基质的表面上扭结形成原基，由原基再发育成子实体，这些构成子实体的菌丝就是三级菌丝。三级菌丝的菌丝体结构与次级菌丝体有很大差别：三级菌丝的菌丝体间隙较小，并出现组织和器官的分化，如菌柄、菌盖等。根据其形态及生理功能，可划分为生殖菌丝、骨架菌丝和联络菌丝3种。菌丝体从培养基中吸取营养，供子实体生长发育。
自然条件下，灵芝科真菌大多为一年生，少数为多年生。灵芝子实体大小差异甚大：最大的树舌灵芝（ G. applanatum ），直径可达l米以上；最小的灵芝子实体直径只有2～3厘米；人工盆景艺术栽培的大灵芝直径可超过1米。菌盖的质地为革质、木质或木栓质，形状有圆形、半圆形、马蹄形、漏斗形等，其表面颜色多种多样，有或无漆样光泽，有或无辐射状皱纹与环带。菌肉木材色、浅白色或褐色，子实体腹面有菌管。有柄或无柄，菌柄着生方式有侧生、偏生、中生等。菌柄木栓质或木质，常具坚硬皮壳，有漆样光泽。人工栽培时，由于管理措施和种性的差异，子实体的大小、形状、颜色有很大差异，这为盆景艺术栽培提供了生物学基础。
1.菌盖
菌盖大小除与品种特性相关外，主要与单个灵芝生长所占有的培养基量的多少及生长环境条件有关，菌盖大的可以超过1米，小的只有几厘米。在合适的环境条件下，灵芝子实体原基从瘤状逐步发育成短鹿角状，赤（灵）芝在此阶段颜色多为金黄色、浅黄色、黄白色，紫（灵）芝为土白色、浅褐色或红褐色。原基逐步生长，在原基顶端形成菌盖，并逐渐长大。随着菌盖的生长，菌盖中间位置颜色逐渐加深，并逐步向边缘发展，从菌盖中心位置到边缘颜色由深变浅。此阶段赤（灵）芝类品种菌盖颜色多以鲜红色为主，有些略带橙黄色，紫（灵）芝为紫红色或紫黑色。菌盖停止生长前，赤（灵）芝菌盖边缘（生长圈）始终保持浅黄色或浅白色，紫（灵）芝菌盖边缘为浅黄色、污白色或紫红色。菌盖停止生长后，成熟的子实体质地为木栓质或木质，表面组织革质化，菌盖为半圆形、近圆形或近肾形，表面有漆样的光泽。赤（灵）芝颜色通常为红棕色、红褐色，紫（灵）芝菌盖表面为紫褐色或紫黑色。各种灵芝菌盖表面几乎都有同心环纹、环沟、环带或放射状纵皱。赤（灵）芝菌盖腹面（有菌孔面）有黄色、浅黄色、浅褐色或浅白色，紫（灵）芝菌盖腹面为浅褐色或淡白色（与品种和成熟度有关）。同一品种灵芝的子实体菌盖形状与生长环境有很大关系。通过改变氧气、二氧化碳浓度可以控制菌柄和菌盖的生长，再加上光照强度和光照方向调节，可以培养出形状各异的灵芝，这就使灵芝造型栽培成为可能。如今灵芝造型栽培已成为灵芝产业的重要组成部分。
2.菌柄
灵芝菌柄呈不规则圆柱形，有时稍扁且有些弯曲。菌柄侧生或偏生，生长中的2个菌柄一旦接触就很容易合成1个粗的菌柄。菌柄表面有漆样光泽，赤芝菌柄呈紫红色或紫黑色，紫芝菌柄通常为紫黑色至黑色。通常菌柄颜色比菌盖深一些，向光的一侧颜色较深。菌柄的粗细、长短随生长环境条件的不同而改变：营养充足时，菌柄发育较粗，反之，发育较细；在通气良好的条件下，菌柄发育很短甚至无柄，在氧气不足、二氧化碳浓度大时，菌柄发育细长，直至不长菌盖而呈鹿角状。一些灵芝的菌柄很短，看起来似无柄。
3.结构
灵芝子实体的菌盖由皮壳层、菌肉层及菌管层构成。菌柄由皮壳层、菌肉层构成。它们结构分述如下。
（1）皮壳层。由三层构成。外层是由许多排列紧密、比较粗的菌丝组成。菌丝的尖端向外平行排列成栅状，与菌盖垂直，细胞壁较厚，内充满树脂及色素，构成盖面的颜色及油漆状的光泽。中层是由粗大的厚壁菌丝交织排列而成，菌丝内部有棕红色的树脂质，可使菌盖呈现颜色。盖面颜色呈紫红色的子实体，其中层较厚；发育不够正常、盖面颜色较浅的子实体，其中层较薄。内层是由一些不含有树脂质或色素的菌丝交织组成，其细胞壁也比较厚，是皮壳到菌肉的过渡带。
（2）菌肉层。由一些液泡体积较大的菌丝交织组成，由于这些菌丝排列松散，稀疏地交织在一起，间隙较大，使菌肉呈现出木栓质的特征。菌肉层切面为浅褐色、浅紫色或木色，白肉灵芝菌盖和菌柄切面都是浅白色，放置时间久了呈米黄色或土黄色。
（3）菌管层。由许多平行排列的管状结构组成。菌管壁是由许多菌丝平行排列而成，这些菌丝末端皆膨大如茄（梨）形担子，担子壁很薄，细胞质稠密，内含2个细胞核。随着子实体的生长，担子也逐渐成熟；担子内的2个细胞核相互融合成1个，完成核配，继而连续进行1次有丝分裂，1次减数分裂，产生4个子细胞核。同时，担子小梗呈锥体状，顶端尖，在这个尖顶处又膨大产生1个卵圆形的孢子。当孢子发育成熟后，在孢子与担子小梗尖处产生1个液泡；液泡吸水膨胀至破裂，孢子则被液泡破裂时产生的机械力量释放到菌管的空腔中，并释放出去。
灵芝孢子又称担孢子，是灵芝在生长成熟期从灵芝菌盖下面（腹面）释放出来的极其微小的卵形生殖细胞，即灵芝的种子。灵芝孢子的个体非常细小，大小约为8微米×5微米。大量未破壁的灵芝孢子聚合在一起，肉眼看呈棕红色粉末状，足够干燥的未破壁孢子粉用手抓，感觉爽滑，会从指缝滑出；在普通显微镜下，未破壁的灵芝孢子卵圆形，可见孢子里边大部分被半透明浅黄色的油滴占据；在电子显微镜下，可见其个体似卵形，外壁平滑，表面布满小孔，顶端平截处为萌发孔。灵芝孢子外部为双壁结构，未破壁的孢子粉中多糖和三萜类化合物等有效成分被坚韧的几丁质纤维素组成的外壁包围，可以被人体吸收的成分比例较小，因此为了能最大限度吸收灵芝孢子粉的有效成分，需要将灵芝孢子粉用科学方法破壁。经破壁的灵芝孢子粉呈红褐色，比未破壁灵芝孢子粉颜色深，充分破壁的灵芝孢子粉脂肪含量达到25%～30%，甚至更高，用手抓时容易成团，且有油腻感。充分破壁的灵芝孢子粉在光学显微镜下观察，呈粉碎状，电子显微镜观察呈碎片状。