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本次体质监测原始数据包括问卷调查数据及检测指标的测量数据两部分，为保证数据质量，减少统计分析的误差，数据处理分为两个步骤进行，即数据清理和统计运算。其中，在统计分析前对已录入数据库的数据进行整理和检验。
数据清理是原始数据筛选的最后一个环节，即对数据进行一次全面的逻辑判断，主要通过不同指标的逻辑关系判断和每个问卷问题的选项逻辑区间判断两类逻辑关系来实现。
通过对逻辑检查发现的可疑数据采取以下两种处理方法：
第一，问卷部分，如“是否参加体育锻炼”的选项与“参加体育锻炼情况”填写相矛盾，以及出生日期，测试日期不符合逻辑的答案等，予以直接修正。
第二，监测指标部分，逻辑软件筛查出的，在专家的经验判断基础上，进行有选择的删除。
召开专家集体修正会，对各监测指标，在参考2010年、2014年3倍标准差数据的基础上，进行最准确的缺省值界定标准；同时对“空项”“9.9”“99.9”“-99”进行统计缺省值定义。