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综合既有研究对历史制度主义的特征描述，我们确立了其在发展政治学研究中的三个显著特征：以案例研究为基础、对宏大问题的多重因果分析以及秉持“时间性”的核心特质。
“案例”是历史制度主义最为普遍的研究单元，换言之，历史制度主义往往通过对有限案例的深入分析而得出重要结论。所谓“案例”，意味着“一种具有时空界限且富有理论意义的现象”，可能由包括国家、组织、社会团体、事件或个人在内的各种要素组成；“案例研究”是对单个案例或小规模案例的深入研究，可以通过观察的数据与假设对更大规模的案例予以解释。
根据定义，案例需要被置于时间与空间这两个维度中予以选择和研究。在空间上，研究者需要注重以传统的地理边界来控制案例的背景条件和历史情境；在时间上，研究者需要通过对从自变量到因变量的整个因果机制进行动态比较，从而兼顾案例内和跨案例间的变化。
通过与理论的充分对话，案例研究不仅可以建立因果解释，还可以对现有的理论和假设进行证实与证伪。
案例的类型多种多样，在此我们仅列举几种较为常见的类型。（1）典型案例，即那些具有代表性的案例，它们往往最符合人们对某些概念与现象的认知，例如人们时常将美国民主政治的乱象视作西方自由民主政治内在矛盾的体现，这种做法其实就是将美国视作自由民主政体中的典型案例；（2）异常案例，即那些“偏离某种跨案例关系”的案例，对它们的关注有利于修正既有理论，例如，结构主义与理性选择主义的传统均认为地主阶级是阻碍民主的，然而菲律宾的案例表明地主是可以与民主政体共存的，通过研究菲律宾这个“异常案例”让我们重新思考地主与民主的关系，以及第三世界中普遍存在的“封建制民主”；
（3）最具相似性案例与最具差异性案例，前者如“为什么同为西班牙殖民地的拉美国家在独立之后发展水平有如此差异”
，后者如“为什么法国、俄国和中国等不同的国家都爆发了社会革命”
，这类案例广泛地应用于比较研究中；（4）路径案例（pathway case），指的是那些“在原因假设很清楚而且已经被跨案例分析证实的情况下，研究者最好关注某个因素的因果效应能够从其他潜在的干扰因素中分离出来的案例”，它有利于作者进一步识别因果机制，例如，学界有人主张新自由主义以及竞争性选举对发展中国家造成巨大破坏，研究者可以通过墨西哥这个案例进一步梳理联结这些因素的因果机制。
通过案例研究，历史制度主义可以拓展我们对现实世界的认识，许多经典理论也得到了补充与修正。例如，查尔斯·蒂利（Charles Tilly）有关“战争制造国家”的经典论述是基于西欧的历史经验
，而许多发展中国家的经验则展现了战争与国家形成之间更为复杂的关系：在拉美，“有限战争”的模式、弱中央政府以及外向型经济的结合使后殖民国家并没有遵循“战争制造国家”的经典道路
；在非洲，二战后形成的国家并非战争的产物，土地资源充足、人口密度较低且不宜居住的环境使得非洲在国家形成与发展模式上与欧洲有着天壤之别
；在东南亚，反而是国内冲突对国家能力的形成产生决定性的影响，当强烈的冲突威胁到府官员、中产阶级、商业精英与社区精英时，他们就会形成所谓的“保护契约”（protection pact），这种联合决定了日后的国家能力与威权韧性
，而不同的抗争类型，还会塑造不同的政体模式。
这些来自发展中国家的新经验修正并扩展了国家形成理论，也为当今发展中国家普遍存在的国家建设危机提供了新的思路。
为什么工业革命在英国首先发生？为什么有的国家走向了民主、有的国家走向了独裁？社会革命为什么以及如何发生？面对同样的全球化挑战，为什么资本主义国家采取了不同的应对方案？从这些问题或现象出发，历史制度主义者们一步步拨开看似杂乱无章的现象，展现制度变迁背后的逻辑结构。历史制度主义关注所谓的“第一阶问题”（first-order questions），这些问题直接源自社会生活中反复出现的、一直存在的紧张状态和混乱关系，同时对这些问题的关注状况也构成了评判学科发展进步的重要标准
。这在比较政治领域中最为普遍：历史制度主义的研究领域包括但不限于民主与威权主义，经济增长问题、市场导向的改革与规制、国家建设、民族主义与种族主义、暴力与国家崩溃、革命与社会变革、社会运动、选举与政党制度以及社会政策等诸多领域，都普遍使用了历史制度主义的方法。
可以说，历史制度主义研究几乎涵盖了比较政治领域最重要的研究议题，产生了许多时至今日仍被广泛关注的传世佳作。与此同时，历史制度主义在国际关系以及国内政治领域同样诞生了丰硕的成果：在国际关系理论，大理论的衰微、世界秩序变迁的需要以及国际关系同政治学、历史学的天然联系为历史制度主义的发展典型提供了契机
；在国内政治研究中，“美国政治发展”（American Political Development，简称APD）这一学术流派赋予国内政治研究长时段视野和比较视野，并促使学者们重拾那些被流行研究所忽视的制度、种族、阶级和性别等根本议题。
对于这些重大事件的研究，历史制度主义秉持了多重因果的思路。很显然，诸如经济增长、民主转型、政体变迁等现象都不可能是由单一因素所决定的。正如查尔斯·拉金（Charles Ragin）所言，社会现象之所以复杂且难以理解，并非源于太多因素可能对其施加影响，而是由于特定结果是通过那些与原因相关的不同条件的组合而产生的。
多重因果的思维需要我们对“原因”（causes）的类型有新的认识。既有研究认为，历史性解释通常存在五种原因类型：充要条件、充分条件、必要条件、INUS条件以及SUIN条件。
其中，必要条件与INUS条件尤其值得注意。加里·戈尔茨（Gary Goertz）等人认为，几乎所有社会科学研究中的重大议题都可以通过必要条件的方式提出假设。
必要条件意味着原因X的出现并不必然意味着结果 Y 的出现，但若缺少 X 则必然无法出现 Y，巴林顿·摩尔（Barrington Moore）在《专制与民主的社会起源》中所提出的“没有资产阶级，就没有民主”就是以必要条件的方式出现的。
图5-1 INUS条件的韦恩图
INUS条件由澳大利亚哲学家约翰·麦凯（John Mackie）提出，该原因类型表明，特定结果是由不同因素之间的结合导致的。
如图5-1所示，若原因X1与X2的交集构成了结果Y的子集，那么X1与X2则可称为Y的INUS条件。在历史制度主义研究中，许多原因都是以INUS条件的形式出现。例如《国家与社会革命》中，斯考切波认为：在受到更发达国家的外来强烈压力时，易于陷入行政和军事崩溃的政权组织和有利于普遍的农民反地主暴动的农村社会政治结构，二者结合起来，是造成1789年法国、1917年俄国和1911年中国社会革命形势的充分而独特的原因。
作为一种重要的原因类型，INUS 条件回应了来自量化阵营的许多质疑。格迪斯（Barbara Geddes）在有关“选择性偏差”（selection bias）的研究中认为，根据自变量选择案例可能会扭曲样本总体的情况，例如若将分析对象扩展至所有发展中国家，那么发展型国家研究中将劳工压制与经济增长联系起来的观点就不复存在。
这种看法在“因果效应”（cause of effects）定量传统中是适用的，“原因”仅仅被视作充分条件甚至是充要条件；但如果是基于INUS条件的视野我们则不难发现，劳工压制可能与其他因素——如廉价劳动力或自由的国际市场——相结合之后才能实现经济增长，但这并不能说劳工压制就不是推动那些国家经济增长的原因。
在当代社会科学研究中，同时关注“历史”与“制度”的学者并不在少数，如诺思和阿西莫格鲁等新制度主义经济学家对国家兴衰的长时段研究，贝茨（Robert H. Bates）等人倡导的“分析性叙述”（analytic narra-tive），以及福山（Francis Fukuyama）有关政治秩序的研究等。那么，这些研究算不算历史制度主义呢？
有研究者认为，无论是计量史学、分析性叙述还是对普遍理论的追求，这类研究通常会借鉴历史，但它们并不认真对待历史，对真正的历史研究以及更广泛的背景信息的有限接触导致历史感的严重缺位，进而极大破坏了研究的有效性。
不同于将历史视作背景材料的研究，历史制度主义将历史视作形成特定因果关系的根本动力。在方法论层面，历史制度主义的独特性在于，它能够巧妙运用那些围绕“时间性”所建构起来的分析工具来检验与生成理论。简而言之，“时间性”构成了历史制度主义的核心特质。以时间性为轴，历史得以通过不同的面向展现在研究者面前：历史可以作为“时段”（period）出现，这时它指的是政治现象在特定世界历史时期内所处的一段位置；历史可以作为“联结点”（conjuncture）出现，这时它指的是行动者、结构以及偶然因素在特定时间上的耦合；历史可以作为“时机”（timing）出现，这时它强调事件可能在不同的序列中以不同的速度展开；历史还可以作为“变迁”（change over time）模式出现，此时它既可能是单一因素的纵向轨迹，也可能是事件发展进程的变化与速度，还可能是一系列不同的相互关联的事件展开的具体方式。
表5-2 拉美分权化改革的类型与路径
注：A：行政分权；F：财政分权；P：政治分权。
资料来源：Falleti，Tulia G. Decentralization and Subnational Politics in Latin America. New York: Cambridge University Press，2010，p. 19.
表5-2是费勒缇（Tulia G. Falleti）对拉美分权化改革的研究，该研究展现了“时序”对政治发展的影响何其重要。作者通过对拉丁美洲的观察发现，分权化改革并不必然导致地方权力的增强，反而有些国家的分权改革增强了中央权力。她的解释是，分权改革需要细分为行政分权、财政分权与政治分权等不同维度，三种分权改革所发生的相对顺序决定了不同国家央地关系的差异。例如，阿根廷的分权化改革遵循了行政分权—财政分权—政治分权的路径，改革增强了中央政府的能力；而哥伦比亚的改革则遵循了政治分权—财政分权—行政分权的路径，改革增强了地方势力并削弱了中央权力。