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只有狭义上的机能主义刑法学在理论上表现出其方法论优势，实务界才有必要将其用于刑事案件的裁判过程。它属于实质解释论的阵营，因此，首先要与形式解释论进行对比分析。不过，考虑到机能主义刑法解释论已经完成从存在主义向功能主义的理论转型，它也有别于传统的实质解释论。
一般来说，形式解释论是一种在阐明犯罪构成要件的含义时，优先进行形式判断，往往借助文义解释来对刑法条文用语予以严格解释，否定不利于被告人的扩大解释，着重发挥犯罪构成自由保障机能的方法论。它的特点并不在于进行解释时是否需要价值判断，而是形式判断在解释过程中所占的权重或分量，
即能否通过正面的形式判断对实质判断形成的中间结论给予有力质疑甚至彻底推翻。这既是区分形式解释论和实质解释论的核心标准，又决定了二者在解释立场确定、解释方法选择等问题上的一系列差别。
形式解释论是在形式判断的基础上进行实质判断，将符合法律文本的形式特征但不具有处罚必要性的行为排除在构成要件之外，
因而贯彻了体系性思考，有利于实现刑法的稳定性，但又因为排除不利于被告人的扩大解释，所以有时会忽略问题的思考，不利于实现处罚的必要性。在法学中，一个体系通常具有逐步演绎、逻辑一致、概念独立、终局概括的特点，主要起到固定结构元素、形成统一整体、涵摄生活事实、引导规范定位等作用。因此，在刑法学中进行体系性思考就能发挥减少审查案件的难度、提供平等且有区别地适用法律的条件、简化法律并加强其可操作性以及作为深化法学研究路标的功能。
但是，由于形式解释论不允许实质解释占据支配地位，自然排斥在刑事政策的目的导向之下进行概念定义、选择解释方法、展开利益衡量和比较解释方案，过度重视体系框架的形式约束而在问题解决的实效性上做出让步。此时，问题的思考可以通过适当的重构，将问题带入一种预先确定的、多少有些明确、多少有些广泛的演绎推导关联结构中，由此推断出答案。
换言之，作为一门旨在寻找论题或论点位置的学科，论题学以努力解决问题为导向，首先在“论题目录”下收集各种观点，然后在个案中对争议见解展开充分研讨，直至最终获得一个最为妥当的解释结论。机能主义刑法解释论就是采取问题思维，并将其充分展现在适应性和目的性特征中。
相比形式解释论，机能主义刑法解释论的优点有三。第一，以目的作为刑事政策与刑法体系的沟通管道，由此找到了刑法体系向刑事政策开放的钥匙。即机能主义刑法解释论借助目的概念容纳了法益保护目的和预防犯罪目的，并完成了刑事政策与刑法体系价值对接的艰巨任务。第二，根据经验主义认识论、价值相对主义和社会主义核心价值观，运用实质合理性标准展开目的解释。即机能主义刑法解释论借助社会学、政治学、价值哲学和刑事政策学的考察，最终为刑事政策目的和刑法目的注入了价值内核。第三，强化刑法社会机能的发挥，可以提高解释结论的可接受性。即机能主义刑法解释论通过将刑事政策考察引入刑法体系内的分析框架，以目的作为刑事政策和刑法体系规范运作的衡量标尺，消减刑事政策法外适用和刑法体系封闭适用的司法乱象，实现法律效果和社会效果的协调统一。
在传统意义上，实质解释论是一种在阐明犯罪构成要件的含义时，优先进行实质判断，倾向于通过灵活运用各种解释方法去探寻刑法条文用语的可能含义，并允许进行不利于被告人的扩大解释以追求处罚的适当性，注重协调发挥构成要件之法益保护机能和人权保障机能的方法论。它不是强调以刑事政策目的为指导的解释理论，并未将犯罪论各阶层予以机能化，所考虑的是对构成要件的解释是否达到值得科处刑罚的程度，实质判断在此过程中起到了主要作用。
即实质判断能够直接得出结论或完全否定形式判断形成的中间结论，即使二者的看法一致，形式判断也不过是对实质判断的消极确认。
实质解释论以具体法条的保护法益为指导，在其用语可能具有的含义内确定构成要件的内容，能够将字面上符合构成要件但实质上不具有可罚性的行为排除出去，只会在遵循罪刑法定原则的前提下做出不利于被告人的扩大解释。
可见，对于实质解释论认可将缺乏形式规定而实质上具有处罚必要性的行为入罪的批判意见，并不能成立。一是，该说仍然奉行罪刑法定原则，不能认为，形式解释论一定符合罪刑法定原则，而实质解释论可能违反罪刑法定原则。这与罪刑法定原则的历史演进和内涵变化有关。在对罪刑法定原则进行形式理解的同时，实质的罪刑法定的思考方法主要是受到英美法的影响，在法律主义、自由主义之外，还将“法律内容的适正”作为问题来对待。解释的实质性的容许范围与实质的正当性（处罚的必要性）成正比，与法律条文的一般语义之间的距离成反比。
二是，该说进行的是有限度的不利于被告人的扩大解释，不能认为，形式解释论只能作有利于被告人的解释，而实质解释论只会作不利于被告人的解释。然而，只允许进行有利于被告人的解释，既不符合我国刑事立法，也不利于司法机关惩罚和预防犯罪，所以，即使是不利于被告人的解释，但只要是正确的解释，法院也可以用于解释刑法规范。
简言之，机能主义刑法解释论和传统实质解释论的共同点是，在不违反罪刑法定原则的前提下，通过运用以目的解释为中心的相关解释方法，尽可能地拓宽刑法条文用语含义的边界，不会片面追求法律的安定性价值。二者的区别则表现在，前者公开表示接受刑事政策的目的指引，并对犯罪论体系进行了全面的机能化，以此实现了刑事政策和刑法体系的高度贯通。后者没有明确承认刑事政策的价值导向，出于对体系论、方法论上的客观归责论、机能责任论存在不足的警惕，仍然根据古典的犯罪论体系展开行为定性的判断，刑事政策并未完全作为刑法体系的内在参数发挥作用。易言之，比起传统实质解释论，机能主义刑法解释论属于一种刑事政策目的指导下的实质解释论，将思维重心从犯罪论体系构建的精细化、整合性思考转向具体犯罪类型认定的个别化、合理性思考，更有助于实现刑法机能的协调统一。