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杰斐逊与汉密尔顿之间的争论，是美国两党制形成的重要根源。因为不论后来党派之间的组成和关系多么复杂，也不管这些政党的名称如何改过去又改过来，总可以从联邦派和反联邦派以及杰斐逊和汉密尔顿的争论中找到影子和线索。
当然，在制宪会议和批准宪法期间，无论联邦派还是反联邦派之间的斗争多么激烈，两者都还不能称为“党”，只能说是名副其实的“派”。而且，它们之间关于宪法的争议，随着1789年联邦政府的正式建立，毕竟是告一段落了。因此，在第一届国会（1789—1790）中，并不存在明显的政治派别，更不存在相应的组织和机构。但这并不等于说这两派势力及其思想消失了。只是由于联邦派在华盛顿政府中成了掌权派，他们一下子失去了以特殊方式来维持其派别的活动和理由，因而容易给人们留下该派别已消失的错觉。反联邦派则不同，他们在联邦政府建立之后成了非主流派，因而就有了以某种方式维持其派别的压力和理由，否则就会被认为这个派别已彻底失败。所以，在联邦政府建立以后，反联邦党人的派别活动反而更为频繁和发展了，他们在第二届国会中开始以“共和主义势力”闻名，而与汉密尔顿集团相对立。此间，《国民新闻》和《合众国新闻》则分别充当了两派的喉舌和工具。
1792年的总统选举，在两党特别是共和党的形成过程中，是一个极为重要的步骤。因为华盛顿已经表示愿意连任总统，所以副总统一职对于共和党人来说是志在必得。为了集中支持一个候选人，纽约、宾夕法尼亚、弗吉尼亚的共和党人加紧了活动，而合众国众议院书记约翰·贝克利则成了这个时期共和党运动最积极的领导人。选举结果，虽然原副总统约翰·亚当斯以77票重新当选，但共和党人提出的候选人克林顿仍获得了55张选举人票，成为共和势力开始组织起来的重要标志。虽然共和党人的竞选失败了，但人们已开始把麦迪逊看成是国会中共和党的核心，并把该势力称为“麦迪逊的党”。到1796年4月，当众议院为《杰伊条约》举行辩论时，共和党第一次正式召开了该党的“核心会议”，这意味着它企图为党的立法政策做出决定，是国会中共和党日益成熟的表现。
1796年的总统选举是联邦党人和共和党人的一场真正的较量，联邦党人以约翰·亚当斯为总统候选人，而杰斐逊则被共和党人推选为总统候选人。尽管杰斐逊早在1793年底就辞去国务卿职务而引退蒙蒂塞洛，这一次也不打算来竞选，但他还是被他的追随者拥立为总统候选人，以66∶71票屈居副总统位置。这次总统选举活动，从两党制形成的角度来看，有几点值得特别注意：一是在竞选中派性进一步发展，双方都加强了对候选人的宣传；二是改善了党的组织和竞选机构，共和党人还正式建立了地方组织。例如，宾夕法尼亚的共和党选举委员会经常雇有11个办事员，有一个由5人组成的小组委员会，有固定的会议制度。而约翰·亚当斯的政府，不仅总统是联邦党人，国会中多数议员也是联邦党人，共和党人从大多数政府机构中被排挤出去，是第一个具有明显党派性的政权。这样，共和党人成了真正的在野党，因而也就更加注重组织的巩固和发展。共和党在一些州如宾夕法尼亚，几乎在每一个县都建立了委员会，至1800年费城14个区也有了它的委员会，形成了严密的体系。在其他州，如纽约州、弗吉尼亚州等也是如此。不仅如此，在1800年时，国会中的共和党议员还正式建立了提名总统候选人的“核心会议”，并把它的决定变成全党的行动指南。所以，当1800年杰斐逊作为共和党总统候选人与约翰·亚当斯再度竞选时，他实际上早已胜券在握了。
1800年的胜利被杰斐逊称为“革命”，这从两党制形成和发展的角度来看也是恰当的，因为这一年的胜利确立了共和党一党统治的格局，而且维持了长达28年之久。这并不是说联邦党人从此就完全消失了，它在经过了“1800年革命”后一蹶不振，但从30年代初起开始以“辉格党”名义重新露面，尽管其成分已不完全是原来的联邦党人了。但“辉格党”这一名称和组织并没有保留下来，当1854年更加强大的代表工商资产阶级利益的共和党成立后，原来代表工商业者利益的联邦党和辉格党的一部分人便站到它的旗帜下，而另一部分则站到了原来称为“共和党”的民主党的旗帜下了。自1800年共和党人牢固地掌握了权力后，由联邦党的强大实力所促成的团结就削弱了，到杰斐逊第二任期间党内的派别活动加剧，1824年竞选终于使其分裂成两个党：一个是以亨利·克莱为首的“青年共和党”，另一个是以安德鲁·杰克逊为首的“民主共和党”。1828年杰克逊当选总统，最后结束了“弗吉尼亚王朝”并取消了“共和”的名字而改称“民主党”，青年共和党也取消了“青年”两字而改称“共和党”。它标志着美国两党草创时期的结束，或者说两党制的正式形成。
这个时期发生了一系列重大事件，而“路易斯安那购买”影响尤大。从1821年到1828年西部有6个州加入联邦，成年的白人男子都获得了普选权，有4个州降低了选举权的财产限制，人口（特别是工人人数）迅速增加，大量欧洲移民又带来了要求改革的社会压力，于是形成了1828年以后的“杰克逊时代”。在这个时代，州的选举成了第一级选举，如果哪个政党在哪个州获胜，也就获得了该州的全部选举人票，因此，为了获得该州的选票，党必须去发动群众，这样就产生了党的代表大会制度，而不再像过去那样由国会的“核心会议”去决定，从而扩大了民主的范围。
与西方大多数国家不一样，在美国形成的不是多党制而是“两党制”，第三党很难形成和取胜。这是因为美国实行的是总统制，只有总统是争夺的目标，于是产生了选举问题。别的国家是普选制，而美国实行的是两级选举，即每个州只有一票，如果谁得了某个州的多数票，就占了这个州的全部席位，其他党即使得了很多票，只要不是多数票，即等于零。所以第三党根本无法形成，只能形成两军对垒，争取绝对多数。这是美国两党制形成的原因，也是它的特点。