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南京是1853年3月19日失守的，现在这里成了太平天国首都天京。太平军继续扩大战果，3月31日攻破镇江，4月1日占领扬州，统治区域延拓至中国最富庶的南方省份。这是新时代的开始，中国境内并存大清帝国和太平天国。
南京居民并无首都居民的荣耀感，当地市民鄙视信仰古怪、口味异样、穿着俗艳的占领者。新政权的回应是在南京推行政教合一的保甲制度，1个伍长管4个人，1个两司马管5个伍长，建立公共粮仓和公共礼拜堂，两司马住在礼拜堂，礼拜日伍长领人到礼拜堂讲听道理。他们还在文昌阁建立印刷作坊，让数百名工匠抄录或刻版印制《圣经》。讲道理的地方除了礼拜堂还有高坛，天国官员击鼓鸣锣聚集群众，宣传宗教信仰和政治主张。为了庆祝进入南京还举行了盛大的游行活动，市民接到命令聚集到户外听讲道理，场地周围插满彩旗。金陵人的傲气很快就杳无踪迹，他们绵软成秦淮河水触舔占领军的皮靴，如同先人在1645年屈膝仰望八旗兵的马刺。现在他们承认自己是天京人，习惯用天历计时，在周六安息日休息，在周日礼拜天听讲道理，旧历法是不可以再用的，老皇历简直就是妖历。
广西桂平紫荆山捣毁民间神祇运动照搬到南京，佛寺道观应拆尽拆，神龛圣像应毁尽毁，一些僧侣道士遭到杀害。天国领导层坚执一神论，严禁任何偶像出现在控制区域，对不供奉偶像的清真寺采取容忍态度，在南京的伊斯兰教徒没有受到攻击，清真寺也获准保存。天主教因偶像崇拜被视为异端，南京城中的两百多位天主教徒被新政权视为敌人，太平军攻入城中时至少有30名天主教徒被烧死在家中或陈尸街头，一些教徒的私宅被征用为将军宅邸，财物被没收纳入圣库。对儒教的政策作了微调，目的是争取当地士人的支持，一些人受官方邀请就建都、更换地名、书刊印行发表意见，并被允许阅读部分太平天国版本的儒学经典。最令南京士绅鼓舞的是太平天国官制源自儒学经典《周礼》，按等级分为天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官，他们生发归顺现政权的冲动，期待成为体制中人。在洪秀全的神学思想中，基督信仰并非由西方传入，而是中国原本就有的本土信仰，北方蛮族入侵者不断地破坏这样的信仰，满人就是这样的异教徒。南京的汉族知识分子还了解到，太平天国信仰系统含有儒家和道家的学说，所谓太平时代就出自《易经》，汉族沙文主义在一些士人心中苏醒，他们指斥北方政权君臣是清妖汉奸。
并非所有政策法规都为南京市民接受，禁欲主义与军事体制结合的分馆模式就受到强烈抵制。金田起事时洪秀全下达团营令，密令拜上帝会会众集结分作男营女营，以这样的军事化建制提高战力。南京居民分馆制度源自金田分营模式，现政权颁布《天朝田亩制度》予以法律化。民居被政府没收改为馆，以馆为居住、生产基本单位，取代原先的社会基本单位家庭、作坊、商铺。馆照顾到行业特征，如建筑、纺织、烹饪、医药、消防、运输等，依不同行业组建不同的馆。男性工匠编入男馆，女性织工裁缝划归女馆。现政权奉行均贫富政策，取消私有制实行公有制，废除货币分发实物。由于性别隔离制度过于严苛，尤其是摧毁了传统家庭制度，人们从情感到生理都难以接受，夫妻、父母、儿女时常冲破阻扰，在把他们分隔开来的地界悲泣号哭。这种禁欲主义的分馆制度，在1855年后才被取消。
对于底层客家知识分子建立的南京政权，英国人最初的反应是抵触的。1853年2月26日，英国驻上海领事阿礼国密函英国公使文翰，建议武装干涉太平天国运动。文翰没有贸然同意，而是在4月27日乘英舰去南京，与新政权官员接触后再作决定。接见他的是北王韦昌辉，后者向他转交了杨秀清的亲笔信，主管天国事务的东王以居高临下的腔调称：你们英国人不远千里来归顺我朝，不仅天朝将士兵卒踊跃欢迎，天父天兄也会嘉奖你们的忠义，降谕准许英国酋长带着你们的人民自由出入太平天国，无论是协助太平军天兵歼灭清妖，还是与天国通商营业悉听其便。深切地期望你们跟随我为天王做事，建立功业报答上帝的恩情。太平天国把英国定位为番邦属国，把英国人视为信仰相同的洋兄弟，在禁止鸦片进入太平天国辖地的前提下允许与英国通商贸易。英国外交官认为就目前局势而言，南京政权尚且不会干涉中英贸易，这已经是最好的结果了，他们决定对中国内战持中立立场。英国国内也出现倾向南京政权的舆论，认为反对清政权的起义者抱有争取进步和全面改革的激情，他们使用新的历法便是见证，如果基督教国家参与镇压这场运动将是很悲哀的。欧洲人不要卷入中国内战中的任何一方，避免与南北政权在政府层面产生瓜葛。英国对中国内战的立场是不选边站，西方各国仿效这种做法，紧随英国外交官之后，法、美驻华公使也去南京访问，他们都得到太平天国允其国商人正当通商的承诺。西方各国使臣不断地去南京谈判通商，奕詝在宫中茶饭不思如坐针毡，倘若反叛者和西方列强联手，爱新觉罗氏建立的清帝国也就到头了。内战的源头是中英战争，英国逼使中国开放口岸与其通商，还索取了巨额赔款，以至于华南遍地会党流民溃军残勇，花天量库银难以平叛。将反叛军歼灭在两江区域自然最好，最起码也要将其阻截在安徽境内，不使其继续北进抵近直隶。只是战争早已残酷地证实帝国军队不堪一击，八旗兵在满城也成被宰羔羊，绿营兵疲软到去哪败哪，尚有点精气神的就剩各地绅团民兵；而在满人皇帝眼里这些汉人真的就是乌合之众，指望他们打进南京歼灭敌酋，不是猴年马月的问题，而是缘木求鱼煎水作冰。