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长江一线战事激烈，工部左侍郎吕贤基领旨离京赴皖，其身份是在籍绅士。1853年被钦派回籍办团的现职官员，还有内阁学士许乃钊、兵部尚书孙葆元、兵科给事中袁甲三、刑部员外郎孙家泰、刑部郎中李文安、翰林侍读吕锦文、翰林侍读孙锵鸣、翰林院编修李鸿章、高邮州知州魏源、曹州府游击刘玉豹、宿州龙山汛千总李际广等。在籍前官员中也有人接到圣谕，他们是前礼部侍郎曾国藩、前礼部侍郎侯桐、前左都御史沈岐、前宗人府府丞温宝谆、前闽浙总督季芝昌、前闽浙总督刘韵柯、前广西巡抚周天爵、前广西巡抚邹鸣鹤、前广东巡抚黄恩彤、前浙江巡抚梁宝常、前浙江提督李廷钰等。这批人一共58人，分别去往江西、湖南、安徽、江苏、福建、贵州、河南、山东、直隶9省。
皇帝对吕贤基寄托厚望，期待他在安徽前线打开局面。1853年2月2日，吕贤基在工部左侍郎任上递呈《奏陈江防吃紧请饬择要安置折》，抨击两江总督陆建瀛未积极组织防御便退守南京。他还就长江防线提出战略设想，认为南京必须扼守要隘东、西梁山；巢湖是梁山上游，可与梁山互为犄角，应招抚此方土匪武装以防其投敌；巢湖的资源还可利用起来办水师，“向来江北用兵，多于巢湖练习水师”。庐州为江淮门户，江皖水陆皆恃此为屏蔽，可招募游勇散匪为劲旅作为江皖援应，由此“宜令重臣驻扎庐州府”。吕贤基还举荐前广西巡抚周天爵主持安徽军事。奕詝接到奏章后，觉得吕贤基的想法与他不谋而合，当天连发两道谕令，一道是《谕内阁著将周天爵赏加兵部侍郎衔会同蒋文庆等办理防剿事宜》，一道是《谕内阁吕贤基著即驰前往安徽会同蒋文庆等办理防剿事宜》，把安徽的战事托付给蒋文庆、吕贤基和周天爵。
吕贤基尚未启程，长江北岸的军事重镇安庆就被太平军攻陷，安徽巡抚蒋文庆兵败自尽。蒋文庆早在1851年就提出安徽应尽早布防，奕詝迟至1853年1月太平军攻陷武昌时，才考虑部署安庆、芜湖防线，2月2日下谕令周天爵协同蒋文庆办理安徽防剿，这对蒋文庆而言已为时太晚，他没有足够的兵力守住安庆，城破之后只能选择自杀。
安庆失守与两江总督陆建瀛有关。陆建瀛曾在翰林院供职13年，曾轮值上书房，久在宫中使其待人十分强势。1852年10月太平军入湘攻鄂，安徽驻军接到派遣1000人驰援湖北的命令，陆建瀛判断太平军应进攻吉安，让蒋文庆将这1000人调往江西，蒋文庆考虑到安庆、潜山500名绿营官兵已启程赴鄂，不宜改变行军路线，便让尚未出发的徽、宁营兵500人改赴江西，增援两省的军队，随后募足千人。这样的安排兼顾两省十分周全，陆建瀛却认为蒋文庆有意冒犯他，而他之所以让蒋文庆派兵去江西，是因其老家在吉安。蒋文庆预判太平军势必进攻安徽省城安庆，全省仅有6000兵力且分散在各地，安庆兵力空虚难以防守，上疏奏请尽早举办团练和军队共同守城，必要时调派江苏驻军援皖，这是为长江防线全局着想，陆建瀛却认为巡抚未和他商议，自作主张径自上疏，“以文庆张皇，渐生异议”。
大敌当前督抚不和，是安庆失陷的重要原因。
吕贤基同情蒋文庆，缺兵少将且受总督掣肘，这个巡抚怎么当？奉旨脱下朝服回籍办差，圣谕中有“会同安徽巡抚办理团练军务事宜”一句，这巡抚就是指苦命的蒋文庆，皇上拟旨之日他还活在安庆军中，侍郎在北京接旨那天，巡抚已不在人间。吕贤基面对孤灯难以入眠，回籍办团岂非步蒋文庆后尘。安徽无兵无团，去了也就是灯蛾扑火，赴死之时方知上折奏言时的轻率孟浪，血腥战场远非文士挥笔献策那么简单。前高官现缙绅吕贤基在榻上辗转反侧，家人自然也是夜不能寐，反正睡不着觉便都坐起来，内宅的哭声随了夜风在花窗屋梁天井照壁打转，不祥之兆弥漫漆黑的吕府。
吕贤基临行奏请翰林编修李鸿章、刑部员外郎孙家泰、候补主事朱麟祺等，随他回籍帮办团练，已在籍的五品衔武生张瑞庆、前东河通判徐启山听他调遣，奕詝都答应了。吕贤基抵安徽时，周天爵继任巡抚主持安徽军务。周天爵、吕贤基要求增加更多办团缙绅，皇帝一概允准，一批又一批皖籍官员接到上谕脱下官服成为在籍士绅：淮北同知李安中、宿迁知县候补同知林德泉赶赴安徽，前江南河道总督潘锡恩回籍办理皖南太平府捐输团练事务，江南道监察御史、兵科给事中袁甲三赴凤阳筹办淮北团练，广东潮州府遗缺知府赵畇赴安庆组建皖中团练……安徽成了推行地方军事化的示范点。
吕贤基选择皖中重镇宿州督办全省团练，和周天爵联名上疏，“练本邑之兵，团本乡之勇，因本地之粮，以守本地之土，各固藩篱，永免征调”，
提出团练不跨区域作战，设有团练的地方，永远免除征兵征粮。这是对帝国兵役、税赋制度的挑战，几乎就是地方主义宣言，“上韪之”。但皇帝只能表示同意，长江两岸诸多城市陷落敌手，军队战败节节后退，能顶上去的唯有汉人绅团。此时顺天府府丞张锡庚上疏提出重赏有功团练成员，“有能团练丁壮杀贼立功者，文武举人赏给进士，贡监生员赏给举人，军民人等赏给把总外委”，
吕贤基、周天爵为防止本地军事人才流失，上奏提议团练成员因功升职后留在本籍，不得离开本土去外地任职。
皇帝给予吕贤基与巡抚“联衔上奏”并“筹备一切”的权力，使他可以节制地方官员和调动军队。问题在于安徽军队数量太少，几无兵力可调，不但没有可战的主力部队，连驻防各地的军队都数量不足，分派到各县的防军平均下来只有二三十人。据《颍上县志》统计，该县守城士兵总共30名，城墙长约13000米，约7714个垛口，1名士兵守约430米城墙257个垛口，就这样兵力还得分出一部分去守河岸汛塘。兵力如此空虚，调动军队的权力只是空话。
吕贤基无军可调，虽理论上可指挥安徽一省团练，实际情况却非常糟糕，各地团练武装自行其是，根本不听他的命令。各地略有规模的团练都由当地缙绅把控，如前工部都水司员外郎马瑞辰绅团、前直隶布政使光聪谐绅团。马瑞辰设立团练局自任总董，其子马三浮任局董。为筹集经费马瑞辰要求桐城富绅捐资，当地78名士绅以团练局逼捐为由联名具文报官，吕贤基为取得马瑞辰支持，准许团练局处决9名抗捐富绅。见吕贤基支持士绅办团，一些团绅要求吕贤基奏准朝廷赏给他们官品职衔，甚至要求吕贤基给他们钦差令箭，用以节制军官并握有生杀之权。地方绅力迅速膨胀，统治格局发生裂变，是吕贤基不曾料到的。
当地团练桀骜不驯，州县官员也好不到哪里去。吕贤基策论之一是“择精干牧令，稍假威权”，即州官县令与地方士绅同舟共济，支持士绅组建团练。到了地方才知道，昏聩的地方官从来不缺，偏就缺少精干牧令。以兵家必争之地桐城为例，先后三任知县都是庸官贪官。清人方江在《家园记》中述及这些知县：“宋某常住离县百里外的枞阳，‘事不与闻，资不取给’；宫某因团练经费，险些被悍勇捉而‘裂裤’；成某索贿受贿，为‘局’勒捐。”地方官府从不向团练提供经费，还以团练名义勒捐，团练武装针锋相对，逮捕地方官百般羞辱。随着地方士绅武装的强大，地方政府趋于弱势以至于整体性坍塌，整合全省团练用于战争只是庙堂朝官一厢情愿的策论。
临危受命匆匆回籍的吕贤基，已经没有时间处理这些棘手之事了，强大的叛军正向桐城迅速靠近。1853年10月16日，太平军胡以晃部自安庆北上进攻桐城。10月28日，总兵恒兴绿营、在籍户部主事朱麟祺绅团在北峡关迎敌，全军覆没。胡以晃部进攻桐城西南重镇练潭，清军参将松安逃遁。守桐城的仅剩下马三俊团练，太平军兵分两路攻城，团练不敌弃械逃散，溃勇“回望桐城城头，已有无数黄旗”。
挥舞这些黄色军旗的披发提刀者攻入桐城“杀掠数千人”，团练局总董马瑞辰在城郊唐家湾被捕处死。胜利者遍搜桐城团练领袖大宅，在光聪谐宅邸搜出五万两白银，宅主避居杭州躲过一劫。
知道桐城难守终不免失陷，吕贤基冒雨赶到舒城布防。在舒城得知桐城战败，他欲哭无泪痛不欲生。桐城盛产桐油，古称桐国，桐城又是文都，戴名世、方苞、刘大櫆、姚鼐被称为桐城四祖。这样的桐城失于自己手中，还有何颜面回京面圣，吕贤基决定以死谢罪。1853年11月14日，胡以晃部攻打舒城，吕贤基知道城将不保，让随他在籍办团的徐启山出城避难，徐启山说公如死节，我何忍独生？11月29日舒城失陷，徐启山携手吕贤基投水而亡。徐启山回籍前是东河通判。而随吕贤基回籍办团的前户部主事朱麟祺已在桐城失守前阵亡于北峡关。
吕贤基对军事完全外行，他把外省援皖军队与本地团练绝对分开，要求军队野战，团练全力守城。这是对坚壁清野的片面认识，军队不能歼灭大量敌人有生力量，仅靠团练守城是非常危险的。他和周天爵主持安徽军务，对部队实行非常严厉的惩罚措施，“大帅驻营去贼百余里外，立即逮问”
，试图以此震慑怯战的将官，让他们全力进攻敌人。狼山镇总兵王鹏飞部在安庆战败撤到桐城，周天爵奏准宫中将王鹏飞处死。安徽署按察使张熙宇、清将恒兴部先后战败于集贤关、六安、练潭、北峡关，张熙宇、恒兴均被阵前正法。但清军与太平军力量对比悬殊，即使军法严厉也无法歼敌于安徽。
战时的安徽乡土士绅纷纷自发办团，宿州有牛斐然、牛师韩父子，蒙城有李华南，凤台有苗沛霖，亳州有李承谟，阜阳有吴祺树等；庐州（合肥）有张荫谷及其子张树声、张树珊、张树屏，刘铭传，李鸿章之弟李鹤章，周盛华、周盛波、周盛传弟兄，谢先亮，周沛霖等；庐江有吴廷香、吴长庆父子。吕贤基若能及时将其整合统带，安徽战局或能改变，但他和周天爵制定了团练筑堡为战之策，规定民兵食本地之粮守本地之土，不逾越藩篱跨区作战，如此保守僵化的军事思想，遇到惯于打运动战的太平军自然惨遭失败。
作为钦授筹备一切防堵事宜的回籍办团缙绅，吕贤基缺乏统筹战局的经验和能力。数量不多的军队只能自杀性地近敌搏杀，不能依靠坚固城池、深长战壕与敌作战；地方民兵散沙一般用于守城，局限一地一乡一堡，难以协助军队寻战歼敌。吕贤基规定团练经费由士绅自筹自用，任何人不得向办团之地征用粮饷，清廷又没有调拨库银给他，这样一来他能掌握的军费少到仅有“日钱三百”，能直接指挥的只有“随勇六十人”。
练本乡之勇守本地之土永免征调论，使吕贤基作茧自缚，一切都是内卷且封闭的，无兵无饷赤手空拳的办团钦差怎么守得住安徽。然而皇帝鼓励在朝大吏脱下官服回籍办团的初衷，不正是基于国家无兵无饷的残酷现实，发动各省绅民自筹资金办团御敌，为他减轻难以承受的重负吗？
“安徽境内无大枝劲旅，团练亦散漫无可恃。”
吕贤基该做的或应是不计较一城一地之得失，拉起一支劲旅结束皖省团练状如散沙的局面，其途径是回老家皖南宁国府旌德县，以其为根据地组建地方大族私属武装，进而以实力统筹指挥全省兵勇寻机打赢一至数个战役，扭转完全被动挨打的态势。但一切都太晚了，这位在籍绅士、前工部左侍郎没有这样的想法，或许，他以为自沉守节才是最好的归宿。