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《毛诗考异》有著者手稿本两种与刊本两种存世，兹说明如下。
现藏台北“国家图书馆”（索书号：103.200313），收入台湾古籍影像检索资料库。共四册，不分卷。封面题“毛诗注疏毛本阮本考异”，半页十行，行二十二至二十四字，双行小字字数同。天头多有批注，字数不一。稿纸版心白口，双鱼尾，上方刻“赌棋山庄”。有“玉父”“遐庵经眼”“恭绰”“王氏二十八宿研斋秘笈之印”“国立‘中央图书馆’收藏”等印。此稿本以墨笔双面抄写，纸背渗墨严重，加之多有涂抹，识读不易，当是谢氏之初稿。另，初稿本第一册末附有谢氏《尔雅义疏跋》，亦多处涂改，当是跋文草稿，谢氏偶书于此。
现藏台北“国家图书馆”（索书号：103.200312），收入台湾古籍影像检索资料库。共四册，四卷，附《春秋左氏传毛本阮本考异》一卷。封面题“毛诗注疏毛本阮本考异”，半页十行，行二十四字，双行小字同。天头多有批注，字数不一。稿本版心白口，双鱼尾，上方刻“赌棋山庄”。有“赌棋山庄”“赌棋山庄著录”“江田生”“国立‘中央图书馆’收藏”等印。此稿本行距疏朗，少有涂抹。初稿本与此本笔迹一致，因此二稿本当出自一人手笔。将二稿本笔迹与影印出版的《赌棋山庄稿本》比对，可知二稿本确是谢氏手稿。此外，初稿本中书于天头的文字，在此本中皆收入正文，誊写清楚。如“故于嗟乎叹今公子”条校记，前后一百余字，初稿本以行楷小字书于天头，又多有涂改。而在此本中，该校记则被规整地抄入正文，眉目清晰，全无改动痕迹。因此，此本当为誊清本（参见图1、图2）。
图1 初稿本
图2 誊清本
现藏北京大学图书馆（典藏号：X/093.2/0408），1943年北平古学院朱印本。纸捻装，一函三册。此书为该书古学院刊本的校样校改本，书内粘有大量朱印校改字样的纸条，天头地脚有墨笔校改内容。此书各册书衣均有郭则沄等人题记及钤章。据第一册书衣郭则沄墨书“十月十九日雪中校讫”可知，是年冬，郭则沄已经完成了此书的校订工作。北京古学院是二十世纪三四十年代郭则沄等人在北海团城组织的学术团体，其日常活动主要是搜购刊印古书
。此本正值修缮，笔者未亲见。
北京大学图书馆有藏（典藏号：Y/9100/4469/10-11），1944年北平古学院刻本。线装，共二册，四卷。封面题“毛诗注疏考异”，半页十二行，行二十二字，双行小字同。版心白口，单鱼尾，上方刻“敬跻堂丛书”，版心刻书名及页数。此本为郭则沄校订之后最终印本，1985年中国书店据此本重印。
图3 朱印本
图4 丛书本
关于《毛诗考异》的撰写缘由，谢章铤自序云：
余治《毛诗》凡数次，始用汲古阁本，继用文选楼本，而多从《校勘记》之说。虽时觉乖午，特私臆太傅博洽名海内，惧吾见之不逮也，而不敢议。其后参互考订，决知其误，盖自甲子至今，又十年矣，乃始条件而录之。太傅之于《诗》亦云勤矣，而其著《校勘记》有巨弊四：好立条例，强书就我，一也；袒护宋刻，游词失真，二也；喜谈不可见之本，而多为臆断，三也；轻视元明以下之刻，而尽忘其佳处且诬之，四也。
从自序可知，谢章铤在研究汲古阁本（毛本）和文选楼本（阮本）《毛诗注疏》过程中，逐渐发现了阮元《毛诗注疏校勘记》存在不少问题，因此决意作《毛诗考异》以正阮校之失。《毛诗考异》以汲古阁本《毛诗注疏》与文选楼本（阮本）对校，比勘毛本、阮本异同。卷内又以毛本《毛诗注疏》分卷为基本单元，题“卷某之某”。校勘《毛诗注疏》的经文、传笺、疏文和《释文》，并在每单元末专门校勘阮元《校勘记》中误字。每条校勘记先标出文在汲古阁本中的页码，再标出文具体位置（经、传、笺、《释文》、标起止、章句），再录出文，最后以双行小字撰写校勘记。校勘记文字长短不一，从内容上看，主要包括四种类型。今以《敬跻堂丛书》本《毛诗考异》卷一之一部分为例略作说明。
（一）单纯比勘毛本、阮本异文。如：“《释文》毛义若隐略：阮本毛作其。”
此条校勘记中的“《释文》”提示出文的具体位置，“阮本毛作其”则单纯比勘毛本、阮本异文，并不涉及按断。
（二）就毛本、阮本异文略作按断。若谢章铤认为毛本、阮本的异文正误判然，则会在校勘记中作简要按断。《毛诗考异》的按断有两种形式，一种是在比勘异文时径言“某误某”，如：“九自由作者有别：阮本者误不。”
一种是比勘异文后，再作简短按语，如：“十一且非世所须故也：阮本世作此，不误。”
（三）征引“魏校本”校勘意见，略作分析按断。所谓“魏校本”，是谢章铤同乡先贤魏本唐对阮刻《毛诗注疏》作的校改本
。《关雎》疏“三十六：《蒹葭》传又云”：“毛本、阮本又俱作文，魏校本改作又，当从之。”
宋十行本以下并作“文云”，而检“《蒹葭》传文云”上疏文有“《蒹葭》、《谷风》笺并云”，此处作“又云”，则是以“文”“又”形近，亦通。
（四）驳正阮元《毛诗注疏校勘记》。如“十四左传卫侯飨苦成”：
阮本重成字。阮云：此盖以苦成为邑，成为谥。前人亦多言郤犨谥成者，其《左氏传》旧解欤？按：《左传》只称苦成，此成字自是误重，阮特一宋本故为之辞，然其说尚可通也。
此条校勘记为阮本“苦成”下重“成”字而发。阮校认为，“苦成成叔”不误，“苦成”为邑名，下一“成”为郤犨之谥号。谢氏认为，《左传》只作“苦成叔”，并不作“苦成成叔”，“成”字定是误重。阮校以底本不误，乃是认定底本是“宋十行本”而偏袒，即谢氏自序所谓“袒护宋本”。检《毛诗要义》，此处亦不重成字，当以不重成字为确。谢氏此类校勘记是本书中最具学术价值的条目。