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宋朝任用官员，大都依循规章惯例，而绝少考虑个人意愿或才能。王安石期待任地方长官，愿望总是难以达成。在担任提点刑狱之后，王安石又被调去京城任集贤院校理
。宋代集贤院是其他官吏梦寐以求的地方，王安石却以家贫为由上书，请求任完该届提点刑狱。但不久，朝廷调他进京担任三司度支判官。
嘉祐三年十月，王安石任三司度支判官，处理各种财会账目。自此，曾经自认为“金谷之事，平生所不习”的王安石，不得不去跟“金谷”打交道。
此时，朝廷对国家榷茶立法非常关注，朝野上下一时议论纷纷。
茶在中国有悠久的历史，茶之事，可小可大，可浅可深。说茶事可小，因为茶与柴米油盐同列，是市民日常生活的内容；说茶事可大，是因为自茶事兴盛起，就一直被视为税收的重要来源，从中可以反映出王朝财税制度和兴衰起伏。
“榷茶”意思是“专卖茶叶”，也泛指征茶税或管制茶叶交易取得专利的措施。唐德宗建中四年（783）征收茶税，建立茶税法，引发暴乱，唐德宗逃奔奉天，追悔之后，诏罢茶税。但茶税的收入之利，已经被统治者记住，一有机会就重新征收。《旧唐书·穆宗本纪》载，长庆元年（821），“加茶榷（茶叶专卖税），旧额百文，更加五十文”。文宗太和九年（835）十月，王涯为相，极言“榷茶之利”，乃置榷茶使，征购民间茶园，规定茶的生产贸易全部由官府经营。此法令只保护政府的利益，无视茶农茶商的利益，结果民怨沸腾。推行不久，因王涯被诛而废止。虽然榷茶从建立起就充满血雨腥风，但因为其巨大的收入，引诱历朝历代政府在财税困难的时候打茶的主意。宋代出于增加财政收入和国防战略的双重目的，沿袭了唐代以来的茶叶专卖制度。两宋三百年间，茶法变更不已，在不同阶段分别采取了禁榷、通商、茶引法等几种形式，制定了详细的预防和处罚等法律措施。
针对当时反对开放茶叶贸易的议论，王安石提出相反的观点。他认为，应该取消榷茶法，由商人销售，政府收税。他在《议茶法》一文中说：“国家罢榷茶之法，而使民得自贩，于方今实为便，于古义实为宜。”他认为自由通商不仅合于古义，而且于今公私两便。这种观念，体现了王安石所主张“权时之变”“变更天下之弊法”以治天下的思想。他强调立榷茶之法“于方今实为便”，也就是要改变当时在茶叶交易上出现的“夺民之所甘”以及私贩严重的弊端，提出制定“善法”以治之。
可见，这时候王安石的经济思想，是主张通过税收代替政府垄断，倾向于自由交易。他不仅反对政府垄断，也反对巨商大贾和豪强地主的垄断。在《兼并》一诗中，王安石明确反对秦始皇鼓励兼并的政策，批判了那帮顽固派和兼并之徒。他认为俗吏不懂治国的方法，把横征暴敛的官吏当作人才。俗儒不懂得变通，竟以为不必去抑制兼并之害。其结果是，豪强继续兼并，而官府又加掠夺，百姓愈加可怜。在抑制兼并方面，王安石并不赞同强行剥夺富户的田产，而是要减少他们不合理的垄断收入，使贫民不至于过分受害。他认为，政府的理财官员应该把注意力放在自然界的财富上，动员天下人开发利用，通过生产增加财富的总量。如果不这样，自然资源便被豪强兼并之家窃取，像秦代寡妇巴清那样占有丹砂而世代富贵。真正善于理财的人，不是与巴清等豪强富户争利，也不是与百姓争利，更不是直接与生产者争利，而是通过开发天下资源扩大财富总量，通过扩大财富总量来实现政府财力的充盈，掌握财政权力。从这个角度，可以理解王安石既反对榷茶法却又主张实行中央集权的理财政策之间的矛盾统一。
到嘉祐四年（1059），王安石已做了17年官。在各地任职的过程中，他对天下大事有了直观的观察和体验，形成了治国理政的一套方案，主要体现在他进献给朝廷的《上仁宗皇帝言事书》中。这篇政论文，沉着顿挫，文简精辟，被梁启超称之为“秦汉以下第一大文”
，被看成王安石变法的早期蓝本。
《言事书》首先简明扼要地分析了北宋中叶面临的危急形势，准确地揭示了北宋王朝内外交困、财匮力绌的深重危机，指出其原因主要在于不知法度。宋朝明明制定了很多法律，为什么说不知法度呢？因为“方今之法度，多不合于先王之法度故也”。孟夫子说过：有仁心但老百姓却未受益（好心不讨好），就是因为没有正确理解、效法古代圣王的治国策略。从这里可以看出，王安石是讲究策略的，提出要在“法先王之意”的旗号之下来实现适应现实情况的变法图新。“先王之道”是古代治国施政的合法性基础，扛起“行先王之道”的旗帜，才有号召力。要真正效法先王法度，就需要进行全面改革。他以晋武帝司马炎、唐玄宗李隆基等人只图“逸豫”，不求改革，终至覆灭的事例，建议宋仁宗立即实施变革。
在确定了改革的必要性之后，王安石提出改革的首要任务，他明确提出“方今之急，在于人才而已”，认为要进行变法，必先有得力的人才，只有具备才能的人才能在推行朝廷法令的时候知道轻重缓急，优秀的人才能理解古代圣贤的真谛并与时代发展相一致。否则，朝廷下发的诏令，本意虽然很好，但在实施中，掌权的人尚且不能忠实执行，狡猾的官吏则可以乘机肆意妄为，以此侵扰百姓。所以孟子说“徒法不能以自行”，说明再好的法令也不会自行产生效果，需要得力的人来推行。所以，当今最为急迫的是人才的缺乏。人才缺乏的症结在于人才没有得到适当的“陶冶”和教养。所以，王安石认为变法先从采用适当的方法陶冶培育大量人才着手，他系统地阐述了人才思想，提出了教、养、取、任的一系列具体原则和措施，培育造就力能胜任的政治、军事、财政、经济等方面的人才，从而改造整个官僚体系，使其能够适应变法革新的现实需求。
《言事书》重点在于改革吏治，优化人才的培养、选任、考核制度，与王安石变法的“足兵、足用”目的还是有很大的距离。从论述中不难看出，王安石得出这一认识很大程度上是源于他的个人经历。例如，他渴望地方职位却每每被“奖励”到中央任职。他认为官员在一个职任上的任期应该延长，这样才能安心为地方的发展考虑，而他之前就曾因为常州任期过短而苦恼不已。
这时王安石的变法思想和措施，还显得比较简单，存在一些想当然的成分。人才的培养并不是一朝一夕的事情，培养人才是一种大多数人都知道的常识性策略，但在不改变当时社会氛围的情况下单单培育人才，太空泛而可行性不强，没有获得皇帝的重视。但《言事书》流传于世之后，王安石有了极高的声誉，奠定了在文坛上的地位。
在任三司度支判官时，王安石对国家财政方针有了比较深的了解，也进行了一些思考。嘉祐五年（1060），户部员外郎吕冲之请王安石为北宋历任三司度支副使名录写一篇《题名记》，王安石借此畅谈理财在国家行政中的重要性。他说：“夫合天下之众者财，理天下之财者法，守天下之法者吏也。”
他把理财当作治国的首要任务，为了做好理财工作，就要有适当的法规办法，而法令得以施行的关键在于地方官吏治理。他认为，必须把财政的开阖敛散之权集中在朝廷的手中。
如果不这样，则平民百姓都有可能获利，骄奢淫逸，蔑视皇权，不愿意服从政府的管理。所以，王安石主张全国财富的分配权要掌握在中央政府手中，这样政府才能借助财富自如地做一些事情，在社会上也不至于产生豪强兼并之家，以此削弱那些可能造成王朝弱化的势力。
让人哭笑不得的是，王安石的万言书没有得到仁宗皇帝的回复，但却被认为文采好，因此命他修起居注，替皇帝起草命令文稿。别人求之不得，王安石推得异常坚决。他一连写了十多道奏章推辞，可任命的诏书还是送过来了。王安石一概不收，送诏书的小吏为难得跪下磕头，王安石还是不收，转身躲进厕所。小吏急了，放下诏书就跑。王安石反应神速，从厕所里狂奔而出，追上小吏，把诏书又塞了回去。
虽然王安石一再拒绝，但皇帝下诏不许推辞，他不得不接受修起居注的职务，成为宋仁宗身边的近臣，向皇帝进言的机会多了。
嘉祐六年（1061），王安石又写了《上时政疏》。奏章的中心内容是分析晋武帝司马炎、梁武帝萧衍、唐明皇李隆基等古代君主，这几位君主在位时间长，没有内忧外患，便因循守旧，苟且偷安，只顾眼前，而不为长远打算，自以为灾祸不会落到自己身上，却在灾祸临头时后悔不及。王安石从历史教训中总结出“因循苟且，逸豫无为”必然招致危亡的结论，他强调变法革新的迫切性，“有为之时，莫急于今日。过今日，则臣恐亦有无所及之悔矣”。他要求立即着手变法，“众建贤才”“大明法度”。本着极强的忧患意识，王安石能从承平日久的气氛中发现潜藏的风险，提出立即改革的建议。但宋仁宗已经到了晚年，年老体衰，没有精力和心情进行改革，王安石上的奏书被搁置一边，不置可否。
后来，王安石又被任命纠察在京刑狱。在此期间，出现了著名的“鹌鹑命案”。
城里有一伙年轻人，游手好闲，不务正业。有一次，其中的一个青年淘到一只斗鹑，勇猛剽悍。他非常喜欢，向朋友炫耀。另一个青年也看中了这只鹌鹑，死乞白赖地向他要。这个青年不肯给，那人仗着平时在一块吃喝玩闹惯了，抢过鹌鹑就跑。这个青年恼了，追上去猛踢一脚，没想到踢中要害部位，致使朋友当场倒地昏迷不醒，经郎中抢救无效死亡（有的记载说是用刀捅死）。主管东京治安的开封府把这个打死人的青年抓了起来，判处死刑。案情报到上头，被王安石驳回。他的理由是：“按照法律，偷也好，公开抢夺也好，未得主人允许就拿别人的东西，都属于盗窃。死者未经主人同意，强抢鹌鹑，已犯了盗窃罪。主人有权追他、打他。即使把罪犯打死，按今天的法律也不能处罚他。”不仅如此，王安石反过来告开封府犯了“失职罪”，把不该治罪的人治了罪。开封府不服，又把事情告到审刑院、大理寺。最后会审，判定开封府是对的。这么一来，王安石犯“失职罪”了。幸好皇帝知道王安石的脾气，下令不处分王安石。皇帝开恩，按规矩，被免罪的人得跪在皇宫门前谢恩。御史台多次出面勒令王安石谢恩，可王安石一口咬定自己没错，不去谢恩。为了这事，王安石失去了监督京城司法的职务。
同时，由于与当朝宰相韩琦意见不合，工作氛围压抑，王安石在京城越待越不痛快。司马光在笔记中写道，王安石“言事多为韩公所沮”，很多时候他不参与朝政。
对此，林语堂说，王安石那样气质的人，不管身居何处，总愿自为首领。在偏远的外县身为地方主官，仍不失自己做主；但在京师担任官职，想变动成规，照自己的想法办事，便会受到诸多掣肘，人不顺事不遂。
在二十年的官宦生涯中，我们可以很清楚地发现，王安石的理想并不在于当多大的官，而在于能不能实行他的理念。如果不能实现抱负，在朝廷当官还不如老老实实待在地方上做一个父母官，治理地方。但事与愿违，王安石不得不选择了韬光养晦，选择了蛰伏。他耐心地等待，等待有一天，新的皇帝能够认同他的变法理念，通过变法让帝国变得更加强大富饶，让大宋重现汉唐盛世时万邦来朝的盛大场面。
“大鹏一日同风起，扶摇直上九万里”，如同一只蛰伏着的大鹏，王安石在等待风，等待可以让他扶摇九万里的大风。