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咸丰十年 （1860），清军江南大营彻底崩溃。朝廷举目四望，不得不依靠湘军来镇压太平天国。于是，清廷一改“靳而不与”曾国藩督抚实权的政策，授曾氏两江总督，随后又令其统辖东南四省军务。久苦于不得督抚实权的曾国藩，终于集兵权、财权和人事权于一身。湘军借此迅速发展，终在次年取得安庆之役的重大胜利。加以李鸿章率淮军从上海逐渐克复苏南地区；左宗棠带兵入浙，收复杭州等地。至同治三年 （ 1864） 六月十六日，久围天京 （江宁/南京） 的湘军曾国荃部一举攻破城池，持续十数年的太平天国运动随之被清朝压平。与此同时，两江总督终于在多年之后可以赴其驻地江宁就任。六月二十四日，曾国藩从安庆登上轮船，次日抵达金陵。
可以说，曾国藩出任两江总督后，权责统一，措置得当，与湘、淮军的壮大和太平天国的覆亡关系密切。而曾氏削平太平天国的身份，既是湘军领袖，更是两江总督。故手握重兵、广揽利权的曾国藩进入南京坐镇后，江督自然成为彼时政局的一大重心，清廷和曾国藩系统的关系也就到了最微妙的时刻。如果说朝廷对曾国藩早有防范之心，那么他此时遭到疑忌就是势所必至了。加以湘军攻入天京后烧杀抢掠，也让清廷和江苏京官及绅民非常不满。以故，自恃首功的曾国荃不仅赏赉甚薄，还颇受裁抑。为了持盈保泰，也因为湘军暮气已深，而由湘军脱胎而来的淮军已成劲旅，可以“有恃无恐”，故曾国藩决定“裁湘留淮”。
问题是，已经主动大幅裁军的曾国藩，可否稳坐江督？答案是否定的。同治三年十月，曾国藩入驻金陵还不到四个月，朝廷就命他带兵到皖豫鄂交界地区剿捻，令江苏巡抚李鸿章署理江督。此事让曾氏的核心幕僚赵烈文感到“咄咄可怪”；南京同僚的反应则是：“江督天下大缺，枢廷、部臣衣食所系，安肯令湘乡公 （曾国藩） 久居。”
事实上，这道上谕同时令漕运总督吴棠署理江苏巡抚，而以满人富明阿署理漕督，“皆无明发”，相当秘密。
曾国藩自然不满，“意殊寥落”。
结果，他以种种理由拒绝亲赴前线，并以请辞试探。
十一月初三日，曾国藩已与李鸿章完成交接。两日后，终又奉到后命，曾、李分别还任江督和苏抚。
于是，此番调动风波暂告平息。
然而，仅仅半载，剿捻的科尔沁亲王僧格林沁在山东曹州阵亡。清廷大为震动，急召曾国藩督师北讨，复令李鸿章署理江督。按理说，曾氏兄弟的湘军已大部裁撤，而江苏巡抚李鸿章的淮军正兵强马壮，故直接调李鸿章率部剿捻，岂不更善？清廷计不出此，必欲将曾国藩调离两江，其意何居？原来，尚有后手。同治四年 （1865） 九月，曾国藩北上仅仅三个多月，朝廷就命李鸿章带兵剿灭豫西捻军，兼顾山、陕门户。重要的是，以漕运总督吴棠署理江督。显然，清廷有意将平定东南的湘、淮军领袖曾国藩和李鸿章一齐调离东南。此时淮军军饷主要依靠苏、沪厘金。
此前李鸿章坐镇南京，筹饷尚不致掣肘；然一旦江督易主，身在前敌的曾、李必大感不便。所以，曾国藩坚决反对，李鸿章则巧妙抵制。清廷正依靠曾、李剿捻，权衡之后，终于取消吴棠署理江督的任命。
此后由于曾国藩剿捻无功，同治六年 （ 1867）正月李鸿章接任剿捻钦差大臣，曾国藩回任江督。然而不久之后，袁世凯的叔父袁保恒就奏请召曾国藩“入赞讲帷”。
军机大臣李鸿藻透露，这是在保举曾国藩入军机。
只是清廷并未采纳。
不过，随着高层对同治七年 （ 1868） 中外修约的焦虑有所缓解，
加之捻军渐灭，曾国藩再度不能安于江督之位。同治七年七月二十日，捻军甫平，清廷就调曾国藩为直隶总督，以闽浙总督马新贻补授江督。不久前，负责长江水师的湘军元老彭玉麟也开缺回籍。
赵烈文不禁感慨：长江下游“同时去楚军中两尊宿，朝廷虑患，可谓疏矣”。他对曾国藩说：“朝廷用人，自有深意，以疮痍未复之两江，加之反侧不安之民气，遽移人心胶固之重臣于闲地，诚非草茅所能窥度其权衡之道。”
与此同时，江苏绅士呈请曾国藩留任，由江苏巡抚丁日昌入奏。结果，不仅无济于事，丁日昌还受到申饬。
了解内情的领班军机章京朱学勤在密信中透露，此次调动由军机大臣沈桂芬和文祥联手促成。他说：“南丰 （曾国藩） 之调任三辅，出自休文 （沈桂芬） 之意。潞公 （文祥） 于夏初曾与弟商之，极力阻止。而扶风 （马新贻） 与休文同年至好，此番扶风来，想嫌八闽瘠苦而大绅之难处，故休文极力推毂，而潞公为所愚耳。”
原来，早在当年夏初，文祥已有调动曾国藩之意，但为朱学勤劝阻，此番终由沈桂芬怂恿而成。由此可见文祥、沈桂芬不欲曾国藩久居江督的心思甚明。据曾国藩亲身观察，当日“时局尽在军机”，恭王等几位军机大臣“权过人主”。
所以他们能够做出调离曾国藩的决策。
那么，文祥、沈桂芬为何毅然决然调曾国藩督直？从表面看，这固然因为畿辅久不得人，有“借重其勋望，坐镇畿辅”，并“借重其经验，整顿练军”的考虑。
确实，时任直隶总督官文不甚得力，“官民俱有烦言”，军机处“亦嫌其怯”，换人实为必然。但这并不意味着必须调动曾国藩。不久前，朱学勤预测此席非“临淮 （李鸿章），其东壁图书 （文煜） 乎？”
可见直隶总督也并非曾国藩不可，至少李鸿章就未尝不可。
所以，朝廷欲改变内轻外重局面，故不愿曾国藩久任江督的意图亦不可忽略。
早在同治四年，李鸿章就批评都中“但以内轻外重为患，日鳃鳃然欲收将帅疆吏之权”。
从同治七年的局势看，修约问题既经就绪，捻军亦平，中原已治已安，故“都中无事，宴会颇多，有升平气象”。
在清廷看来，此时正是“削藩”收权的良机。朝廷或许并不担心曾国藩有意“造反”，但实忧虑他久任坐大，不易控制。况且曾国藩对朝廷的供应颇不积极。当清廷避开他，私下专向江苏巡抚丁日昌索取神机营饷银时，曾国藩向丁日昌传授应付朝廷之法。当道员孙士达向中枢报告江苏财政宽裕时，曾国藩斥其“妄有所陈”，非常不满。
因此，为加强东南财赋之区的掌控，也有必要调开曾国藩。
进言之，调动曾国藩也是清廷处理湘、淮勇营整体部署的一个重要步骤。就在曾国藩调动的同时，朝廷也令李鸿章“尽撤淮军”。
朱学勤就说：“临淮 （李鸿章） 之军悉行裁撤，可以优游鄂渚，西事已有咏史 （左宗棠） 任之。从此休息，谅不至再有勾当公事矣。”
随后，沈桂芬等还推动李鸿章督办云贵军务。曾纪泽私下评论此事谓：“朝廷之使李相，缓缓迁移，步步追紧。从旁观之，甚有趣也” 。
只是因同治九年 （ 1870） 初，湘军大将刘松山于西北前线阵亡，在李鸿藻、朱学勤极力斡旋下，才令李鸿章改援陕西。沈桂芬对此极为不满。
因此，曾国藩调任直隶总督，李鸿章回任湖广总督，马新贻补授江督，也是朝廷裁撤湘、淮勇营，努力将东南财赋之区控制在手的一盘大棋。可以说，这是镇压太平天国以来朝廷一直想要达到的目的。
至于为何选择马新贻，主要是沈桂芬等军机大臣的主张，而非如一般所言，由李鸿章举荐。
马新贻固然与李鸿章是进士同年，但他与沈桂芬也是同年至好。更重要的是，这是当时清廷用人倾向的反映。李鸿章就说：马新贻“调两江尤出意外。军事稍定，喜用圆软之人”。
在陈兰彬看来，“中外既和，且大盗甫平，人心不遽思乱，断可无事”。故“封疆大吏能专拔用安静悃愊之吏，与民休息”，则治象可以渐成。
马新贻“宽深静细，为政从容”
，正是这种类型的疆吏。
不过，相较于曾国藩和李鸿章，马新贻的弱点也甚明显。不仅朱学勤担心他“资望稍轻，不能指挥如意”
，李鸿章也认为其“虚名威望，似未足制中外奸人”，担心“长江从此多故”。
在此背景下，马新贻表面谨守曾国藩旧章，“无少更动”
，实则担心“楚军不可独用”，故“奏调淮北旧部将，召标兵三千”，在金陵置营教练，以临淮军领袖袁甲三之侄袁宝庆领之。
可见，马新贻并非简单的萧规曹随。同时，他筹措协饷，兼顾湘、淮，两不得罪。曾国藩对左宗棠西征军饷“每多介介”，马新贻却“不待催请而自筹”，令左宗棠很是赞赏。
淮军更仰仗江南军饷，从李鸿章与马新贻的信函往来看，也大体合作无间。看来清廷用非湘非淮的马新贻出任江督，倘若没有剧烈的局势变动，已经悄然解决了曾国藩系统盘踞江南的“大患”。
然而，同治九年 （1870） 震惊中外的天津教案和刺马案，令局势陡然而变。清廷意识到畿辅防卫和对外交涉的严峻形势，于是急调手握重兵、擅长外交的李鸿章兼程赴直。极为离奇的是，马新贻在七月二十六日竟被刺身亡。在此情况下，以李鸿章调补直隶总督，令曾国藩南下坐镇，就是最稳妥的安排。
于是短短七年中，曾国藩第三度以江督身份入主金陵。
综上，从同治三年 （1864） 以来曾国藩不得久任江督的情形看，这一时期督抚虽然权力增大，但朝廷实际握有调遣督抚的大权。不过，朝廷的大权也颇有限度，至少受制于两大条件，一是中外平和无事，二是隐伏在江南的骚动尚未爆发。可以说，正是由于朝廷需要在稳定东南半壁和防止曾国藩系统尾大不掉之间进行微妙平衡，结果曾国藩被频繁调动，不能稳坐江督。湘人江督格局自然难以形成。
但曾国藩未能久任江督的影响不可轻忽。首先，这无疑延缓了东南的洋务新政。就在调任直隶总督前夕，曾国藩刚刚视察了江南制造局。更重要的是，他与丁日昌、彭玉麟等东南要员正在雄心勃勃地筹划建设南洋、北洋、闽粤三支海军。
马新贻继任后，长于综核吏治，而洋务新政推进不足。从同治七年 （ 1868）初马新贻反对公使入觐和遣派驻外使节以及反对电报、铁路的保守论调看，或许他也并无意愿推进洋务。
后来，身在直隶的曾国藩有些无奈地说：“东南新造之区，事事别开生面，百战将士尚不乏有用之才，饷项足以济之，制器、造船各事皆已办有端绪，自强之策，应以东南为主。”因此，曾国藩叮嘱湖广总督李鸿章对于东南洋务新政，不妨“引为己任，不必以越俎为嫌”。
迨同治九年 （1870） 曾国藩回任江督后，幼童留美等新事业才终于实现。此外，频繁调动无疑影响了曾国藩的健康状况。曾氏治兵十余载，备极劳苦；“其莅两江，七年之间凡三往返，心力俱困”。
加以天津教案为国受谤，外惭清议，内疚神明，精神大损。所以，曾国藩再任江督仅一年多，就于同治十一年 （ 1872） 二月初四日溘然长逝。于是，由谁继任江督成为朝野关注的头等大事。