吴锦亚,1929年4月出生于常熟市辛庄镇金里村,自幼随父著名堂名艺人吴毓芝学习道教音乐及昆曲音乐,生旦净末丑行当俱全,并全面掌握各种乐器的演奏。
17岁起在常熟白茆乡和吴县沺泾乡两地组织两班人传授昆曲音乐,共收徒二十名,并带领“春和堂”在苏州常熟、昆山、太仓等地活动。
1949年后曾在浒浦乡文化站工作,1957年调往江苏省昆剧团,先后任乐队队长、人事科长、教务主任等,为培养“继”字辈一代昆剧艺人做出了一定贡献。
1958年参加中国戏曲音乐研究班学习,同年加入江苏省音乐家协会,后参加《江苏省民间音乐集成》工作;曾编写《工尺谱常识》。
1959年至1960年,任苏州地区戏校音乐班班主任,并兼管乐课。
1963年至1978年,根据数十年的实践经验,将面临失传的“昆剧锣鼓”加以整理记录。
1979年,中央音乐学院袁静芳、中央电台马淑英前往常熟,由吴锦亚参加组织,举办“昆剧锣鼓集训班”三个月,并为昆剧武打戏(六出)、吹打曲(四首)、十番锣鼓(五大套)录音。同年,经省文化局聘请,到省昆剧院戏曲研究室编写《昆剧锣鼓》。
1983年经苏州市文联聘请,参加《苏州民族音乐集成》编辑工作,同年参加由苏州昆剧传习所举办的“苏州堂名音乐学习班”,成员还包括:黄欣泉、顾小舟、徐伯钧、华国良、包元儒、包鲁儒、包根保、范云芳、周如英。
1990年受苏州大学中文系聘请,讲授“昆剧锣鼓”,编写《昆剧锣鼓的特色》《锣鼓段的用途》等讲义,并用直观教学讲解演奏技巧的难度,强调继承学习昆剧锣鼓的重要意义。
1992、1993年先后当选为苏州市道教协会第二届代表会议、江苏省道教协会第一届代表会议的代表。
2004年,受苏州教育学院艺术系(昆剧专业)聘请,教授唱念课和打击乐课,至2008年,培养了一批堂名表演的优秀学生,传授十番锣鼓三套,昆剧折子戏八折。
2006年下半年,前往北京、台湾地区和香港地区等地进行专场演出。